New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2282026 = | 34 (0.780) | 5 (0.120) | 4/240 | NT | 12.5% | coding (805/894 nt) | PP_2009 | 1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
? | NC_002947 | 2282071 = | 38 (0.930) | coding (850/894 nt) | PP_2009 | 1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
AAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGCCAGTAGCCCCAGCTGCCAATACGC > NC_002947/2281924‑2282217 | aaaTTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTc < 2:399621/150‑1 (MQ=255) aaTTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCg < 2:903406/150‑1 (MQ=255) tCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTac > 2:220877/1‑150 (MQ=255) aCTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCt < 2:198754/150‑1 (MQ=255) cTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTg > 2:918979/1‑150 (MQ=255) tGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCCCTATACCGCACCGGCTGCGATGACGTTGGGGGATGAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGc > 2:401907/1‑150 (MQ=255) cTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAggg > 2:1072429/1‑150 (MQ=255) ttCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAGGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAgggg < 1:928686/150‑1 (MQ=255) aTCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTTCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCgg > 2:953914/1‑149 (MQ=255) gcgacaacacgctgttgcgcatgctgccttacaagtaaccgcgtcgcccctgcgggccacccgtgtgtacgaaGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTc < 1:712805‑M1/48‑1 (MQ=255) gcgacaacacgctgttgcgcatgctgccttacaagtaaccgcgtcgcccctgcgggccacccgtgtgtacgaaGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTc > 2:712805‑M1/74‑121 (MQ=255) ggcgCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAg < 1:835671/150‑1 (MQ=255) gcatgctgccttacaagtaaccgcgtcgcccctgcaggccacccgtgtgtacgaaGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTc > 1:551053‑M1/56‑103 (MQ=255) gcatgctgccttacaagtaaccgcgtcgcccctgcaggccacccgtgtgtacgaaGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTc < 2:551053‑M1/48‑1 (MQ=255) gTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATgcgc > 2:677840/1‑150 (MQ=255) gTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGATTACTTGTAAGGCAGCATgcgc > 2:557871/1‑150 (MQ=255) cGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACa > 1:955117/1‑150 (MQ=255) cTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGc < 1:1072429/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCgt < 2:454331/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCgt < 2:390412/150‑1 (MQ=255) aGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCg < 1:978174/146‑1 (MQ=255) aGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCg > 2:978174/1‑146 (MQ=255) cccTCTATACCGGGAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGtgttgt > 1:267053/1‑150 (MQ=255) taCCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTc < 1:552613/76‑1 (MQ=255) taCCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTg > 2:686133/1‑150 (MQ=255) taCCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTAGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTc > 2:552613/1‑76 (MQ=255) tctGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATg < 1:790618/150‑1 (MQ=255) gCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGGATAGGGGAGGCGGGTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGc > 1:979917/1‑150 (MQ=255) cTTGCGTGATCAGGTTGCTGTCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACCCGGTTACTTGTAAGGCAGCATACGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGccc > 2:35242/1‑150 (MQ=255) gCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGc < 2:955117/150‑1 (MQ=255) gaagatcaggcggctgccgggcttgaacagcccggcagcaacctgatcTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATgc < 2:551053‑M2/55‑1 (MQ=255) gaagatcaggcggctgccgggcttgaacagcccggcagcaacctgatcTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATgc > 1:551053‑M2/49‑103 (MQ=255) gaagatcaggcggctgccgggcttgaacagcccggcagcaacctgatcTTCGTACACACGGGTGGCCCGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTcgc < 1:712805‑M2/73‑1 (MQ=255) gaagatcaggcggctgccgggcttgaacagcccggcagcaacctgatcTTCGTACACACGGGTGGCCCGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTcgc > 2:712805‑M2/49‑121 (MQ=255) GATCAGGTTGCGGCGGGGCTGTTCAAGGCCGGCAGCCGCCTGAGCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGGGGGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGt > 1:169930‑M1/1‑150 (MQ=255) TCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGtgc < 1:656318‑M1/150‑1 (MQ=255) AGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATa < 2:14434‑M1/124‑1 (MQ=255) AGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATa > 1:14434‑M1/1‑124 (MQ=255) AGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGtgcat < 2:480737‑M1/150‑1 (MQ=255) ggctgccgggcttgaacagcccggcagccgcctgatcTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCaa > 2:72011‑M2/38‑150 (MQ=255) tgcCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGcc > 1:963191/1‑150 (MQ=255) ccGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCGTGCAAGCCGa < 2:175645/150‑1 (MQ=255) cGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGAt > 1:190752/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACAACTTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGAt > 2:932878/1‑150 (MQ=255) gggCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGc < 2:360193/131‑1 (MQ=255) gggCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGc > 1:360193/1‑131 (MQ=255) ggCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCa < 1:918979/150‑1 (MQ=255) gCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAg > 1:1039404/1‑150 (MQ=255) gctCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGCCa > 2:275979/3‑150 (MQ=255) cAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGCCAGTa > 2:338110/1‑150 (MQ=255) aGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATACGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGCCAGTAGc < 1:35242/150‑1 (MQ=255) cccGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGtata < 2:1060580/112‑1 (MQ=255) cccGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGtata > 1:1060580/1‑112 (MQ=255) gCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGc < 1:400544/137‑1 (MQ=255) gCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGc > 2:400544/1‑137 (MQ=255) gCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGCCAGTAGCCCCAGc > 2:332779/1‑150 (MQ=255) tgatcTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGCCAGTAGCCCCAGCTGCCAATAc < 1:220877‑M2/145‑1 (MQ=255) gatcTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGCCAGTAGCCCCAGCTGCCAATACg > 2:1084397‑M2/5‑150 (MQ=255) atcTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGCCAGTAGCCCCAGCTGCCAATACGc > 1:723209‑M2/4‑150 (MQ=255) atcTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGCCAGTAGCCCCAGCTGCCAATACGc < 1:338110‑M2/147‑1 (MQ=255) | AAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCAAGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGCCAGTAGCCCCAGCTGCCAATACGC > NC_002947/2281924‑2282217 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |