New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2489095 | 47 (1.080) | 6 (0.140) | 6/246 | NT | 11.8% | coding (49/1578 nt) | PP_2184 | formate dehydrogenase subunit beta |
? | NC_002947 | = 2489113 | 44 (1.050) | coding (67/1578 nt) | PP_2184 | formate dehydrogenase subunit beta |
TGTGCCTGCTCGCCAGCGCTGGAGCTGGACGGCCAGGTGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCGACAGTGCGCAAGGGCGCCTGGGTTTCGGCCCGATT > NC_002947/2488964‑2489262 | tgtgCCTGCTCGCCAGCGCTGGAGCTGGACGGCCAGGTGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTg > 2:1051705/1‑150 (MQ=255) cgcccaaGCCCTAGAGCTGGAAGGCAAGGTGCACCCTCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAg < 2:10316/144‑1 (MQ=255) gCCAGCGCTGGAGCTGGACGGCCAGGTGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGGCGACCAGGtt > 2:797036/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGCTGGAGCTGGACGGCCAGGTGCACGCGCGCCTCACACCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGGCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGtt > 1:22357/1‑150 (MQ=255) aGCGCTGGAGCTGGACGGCCAGGTGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGcc > 2:894852/1‑150 (MQ=255) cgcTGGAGCTGGACGGCCAGGTGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGa < 2:489463/150‑1 (MQ=255) cGGCCAGGTGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTgcgc < 2:941191/150‑1 (MQ=255) ccAGGTGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAg < 1:461368/150‑1 (MQ=255) ccAGGTGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAg < 1:576227/150‑1 (MQ=255) ggTGCACGTGCGCCTCACCCCTGAGCGCGCGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGcc < 2:608589/150‑1 (MQ=255) gTGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGCACCCACG‑GCACG‑GGCTAccgaatcacagggaatatacagcttcag < 2:862651‑M2/142‑29 (MQ=255) gTGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGCACCC‑ACGGC‑ACGGGCTAccgaatcacagggaatatacagcttcag > 1:862651‑M2/1‑114 (MQ=255) tGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGa < 1:666629/150‑1 (MQ=255) tCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGtt > 1:692657/1‑150 (MQ=255) tCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGtt < 1:894852/150‑1 (MQ=255) aCCCCGGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGc < 2:285466/150‑1 (MQ=255) cccTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGa > 2:741637/1‑134 (MQ=255) cccTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGa < 1:741637/134‑1 (MQ=255) ccTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGc < 1:342441/150‑1 (MQ=255) tgcgcgcCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTg < 2:323019/147‑1 (MQ=255) tGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTg < 2:741948/150‑1 (MQ=255) cGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGCGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAgc < 1:1051705/150‑1 (MQ=255) gggACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAgcg > 1:594005/1‑150 (MQ=255) cTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCt > 1:831969/1‑134 (MQ=255) cTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCt < 2:831969/134‑1 (MQ=255) ttGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCa > 1:926322/1‑150 (MQ=255) tGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAg < 2:722671/150‑1 (MQ=255) aaCGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGGCCATGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTcgc > 2:1061439/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTcgc > 2:1061358/1‑150 (MQ=255) gaCTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCCCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTActggc > 2:875233/1‑150 (MQ=255) tCAGCATGCTGAAGCTGTCTATGCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCCCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTActggctgg < 1:335280/150‑1 (MQ=255) cTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTg > 1:144838/1‑150 (MQ=255) cTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAg > 1:830280/1‑150 (MQ=255) tataTTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGc > 1:1030481/1‑150 (MQ=255) tataTTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGc > 2:307149/1‑150 (MQ=255) atatTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCg > 1:386443/1‑150 (MQ=255) tatTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCGa < 2:692657/150‑1 (MQ=255) atTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGGGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCGAc > 2:418787/1‑150 (MQ=255) tgtgATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGccgaatcacagggaatatacagcttcagcatgctgagtcctcccggcaaccgttgaccaagtcccgcaggcgctcaggggtgaggcgcgcg > 2:1059714‑M2/1‑28 (MQ=255) tgtgATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGccgaatcacagggaatatacagcttcagcatgctgagtcctcccggcaaccgttgaccaagtcccgcaggcgctcaggggtgaggcgcgcg < 1:1059714‑M2/119‑92 (MQ=255) tgtgATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGa > 1:1084094/1‑86 (MQ=255) tgtgATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGa < 2:1084094/86‑1 (MQ=255) tgATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCGACAGTGCGCa > 2:470700/1‑150 (MQ=255) gATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCGACAGTGCGCaa < 2:144838/150‑1 (MQ=255) gATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCATGCGGCGCGAAAGCGTTCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCGACAGTGCGCaa < 1:561534/150‑1 (MQ=255) aTTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGccgaatcacagggaatatacagcttcagcatgctgagtcctcccggcaaccgttgaccaagtcccgcaggcgctcaggggtgaggcgcgcgtgcacctggcc < 1:107925‑M2/126‑103 (MQ=255) aTTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGccgaatcacagggaatatacagcttcagcatgctgagtcctcccggcaaccgttgaccaagtcccgcaggcgctcaggggtgaggcgcgcgtgcacctggcc > 2:107925‑M2/1‑24 (MQ=255) aTTCGGTAGCC‑CGCGT‑CGCGGGTGCGGCCTCGGTCGACAACGCACGGCTTCGCGACGCCGACCTCCGCCAGTTGCCGCTGCACACCAAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCCTTACTGGCGGGAGCCGATGAGCGAGCGCGGCAGTGCGCAAg > 2:561534/1‑150 (MQ=255) cGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCGACAGTGCGCAAGGgc < 2:830280/150‑1 (MQ=255) ggTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTActggc > 1:473683/1‑113 (MQ=255) ggTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTActggc < 2:473683/113‑1 (MQ=255) gc‑cgtgGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCGACAGTGCGCAAGGGCGCCTGGGTTTc < 1:495509/150‑1 (MQ=255) gTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCGACAGTGCGCAAGGGCGCCTGGGTTTCGGCCCGa < 2:424809/150‑1 (MQ=255) gCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCAACGGCACGCGTGGCCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCGACAGTGCGCACGGGCGCCTGGGTTTCGGCCCGAtt > 2:770003/1‑150 (MQ=255) | TGTGCCTGCTCGCCAGCGCTGGAGCTGGACGGCCAGGTGCACGCGCGCCTCACCCCTGAGCGCCTGCGGGACTTGGTCAACGGTTGCCGGGAGGACTCAGCATGCTGAAGCTGTATATTCCCTGTGATTCGGTAGCC‑CGTGC‑CGTGGGTGCCGACCAGGTTGCCGAGGCCCTGCTGCGCGAGGCCGAGCGCCGCCAGTTGCCGCTGGACATCCAGCGCACCAGCTCGCGTGGGCTTTACTGGCTGGAGCCGCTGATCGAGTGCGACAGTGCGCAAGGGCGCCTGGGTTTCGGCCCGATT > NC_002947/2488964‑2489262 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |