New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4159113 = | 52 (1.200) | 5 (0.130) | 5/228 | NT | 11.0% | intergenic (+17/‑192) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 4159201 = | 34 (0.880) | intergenic (+105/‑104) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
GCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAATGCATCCGTCAGCCCCAAAGGC > NC_002947/4159061‑4159349 | gCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGt < 1:238521/150‑1 (MQ=255) ttACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGTTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCa < 2:1053275/150‑1 (MQ=255) tggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagtcggCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCCGTAGCCGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAg > 2:1007313‑M1/47‑150 (MQ=255) ggggTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCTGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGttttt < 1:204753/150‑1 (MQ=255) ctcAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCATGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTcaca < 1:1102662/148‑1 (MQ=255) gTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCg > 2:716169/1‑150 (MQ=255) gggCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTg < 2:44578/150‑1 (MQ=255) gCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGcc < 2:748271/150‑1 (MQ=255) cttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgaacccgcggctacgggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggtttacccgcgaagcagCCGACTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCca > 2:1007313‑M2/105‑150 (MQ=255) tGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCcac > 1:700097/1‑150 (MQ=255) ggTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAGGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCgg < 2:70770/149‑1 (MQ=255) ggCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTAtg > 2:963139/1‑150 (MQ=255) gctgctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAgcaggc < 1:1002936/91‑1 (MQ=255) gctgctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAgcaggc > 2:1002936/1‑91 (MQ=255) TGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTAtggtg < 2:876366‑M1/150‑1 (MQ=255) GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCaaa < 2:627175‑M1/150‑1 (MQ=255) TAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAaagaa > 1:627175‑M1/1‑150 (MQ=255) aCCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCg > 1:844692/1‑115 (MQ=255) aCCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCg < 2:844692/115‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGAt > 2:19543/1‑150 (MQ=255) ccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggtttacccgcgaagcagGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGgtgt > 1:1122095‑M2/72‑138 (MQ=255) ccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggtttacccgcgaagcagGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGgtgt < 2:1122095‑M2/67‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGtt < 1:758152/109‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGtt > 2:758152/1‑109 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATg > 2:283915/1‑150 (MQ=255) cGCTACTACAGGAGGGTGCAGACCTGAAGACGGCAACGCCCCTGTAGGAGCGGGGTCAACCATGAAGGGTTCACCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGt < 1:299401/150‑1 (MQ=255) tcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggttcacccgcgaagcagGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGtttt > 2:417804‑M2/68‑150 (MQ=255) ctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggtttacccgcgaagcagGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTAc > 2:786481‑M2/66‑150 (MQ=255) cTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTAc < 1:1082746/150‑1 (MQ=255) tACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTAcc > 2:863170/1‑150 (MQ=255) cAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCg < 1:876366/150‑1 (MQ=255) aGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCAAAAATGCTGTTACGTTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGc > 2:1112204/1‑150 (MQ=255) gtgggtgCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCAAAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGtt < 2:1106129/140‑1 (MQ=255) gtgggtgCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCAAAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGtt > 1:1106129/1‑140 (MQ=255) gctgcCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGaaa < 1:963139/150‑1 (MQ=255) ctgcCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGcaca < 1:227169/144‑1 (MQ=255) ctgcCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGcaca > 2:227169/1‑144 (MQ=255) cAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCaa > 1:913649/1‑150 (MQ=255) cccTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGc > 2:1089299/1‑139 (MQ=255) cccTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGc < 1:1089299/139‑1 (MQ=255) ccTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCGCAAGGATTTTCACAGCCCCCCTCGTCGCCGTCCCCATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGATTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATg > 2:410810/1‑150 (MQ=255) catGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATg > 2:218737/3‑150 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTACACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGtcat > 1:811400/1‑150 (MQ=255) aGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAAt < 2:913649/150‑1 (MQ=255) gCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGACTGCACTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAATg > 1:869880/1‑150 (MQ=255) acccgcgaagcagGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAATGCATCCGTc > 2:862903‑M2/14‑150 (MQ=255) ccgcgaagcagGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCCACGCCATGTCATCAATGCATCCGTCAg > 1:391976‑M2/12‑150 (MQ=255) cgcgaagcagGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGCTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGGCTTAGATGCCTCAACGCCAAAACATCAATGCATCCGTCAGc > 2:21550‑M2/11‑150 (MQ=255) cagGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAATGCATCCGTCAGCCCCAAAg < 1:662859‑M2/147‑1 (MQ=255) gGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAATGCATCCGTCAGCCCCAAAGGc < 1:786481‑M2/149‑1 (MQ=255) gGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAATGCATCCGTCAGCCCCAAAGGc < 2:606719‑M2/149‑1 (MQ=255) | GCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAATGCATCCGTCAGCCCCAAAGGC > NC_002947/4159061‑4159349 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |