New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5158456 = | 43 (0.990) | 3 (0.070) | 3/246 | NT | 6.3% | coding (504/1833 nt) | PP_4542 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
? | NC_002947 | 5158532 = | 47 (1.120) | coding (580/1833 nt) | PP_4542 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
ATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATCGCAACGCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGACTA > NC_002947/5158391‑5158680 | atGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTAc > 2:468399/1‑150 (MQ=255) tGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATGGTCAGCTACa > 1:444595/1‑150 (MQ=255) tGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACa > 1:444940/1‑150 (MQ=255) aGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGGCGTGCAGGCGGAGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCCTCACCTCGGTGGTGCTGTTCGCCGAGGTCGACTGGCGCCTGATGCTACCGCTGCTGGCGTGGCTCGTCAGCCACATTg > 2:118371/1‑150 (MQ=255) aCCGGCAATTCGCTGCGAGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCa < 1:697973/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGGGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGtt < 2:18633/150‑1 (MQ=255) tGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACt > 2:378970/1‑150 (MQ=255) cgATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGt < 2:1117399/150‑1 (MQ=255) gccgTGCATGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACgg > 2:373767/1‑150 (MQ=255) gccgTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCCTCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCCTGCCACgg > 2:22279/1‑150 (MQ=255) gccgTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACgg < 2:519785/150‑1 (MQ=255) gccgTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACgg < 1:129713/150‑1 (MQ=255) gTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTc < 2:376678/150‑1 (MQ=255) acgaagtagaacagcgctgcaatgtagctgacGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCa > 2:311011‑M1/33‑112 (MQ=255) acgaagtagaacagcgctgcaatgtagctgacGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCa < 1:311011‑M1/80‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGa < 2:163565/150‑1 (MQ=255) cgcgCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCggt < 1:506196/150‑1 (MQ=255) gcgcTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCggtg < 1:378970/150‑1 (MQ=255) gcgcTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCggtg < 2:914336/150‑1 (MQ=255) gcTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCggtggt > 2:928603/1‑150 (MQ=255) tATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGgtgt > 1:359140/1‑150 (MQ=255) gCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTc < 1:1060077/150‑1 (MQ=255) tgtgCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGa > 2:959141/1‑150 (MQ=255) tgacgatccacgccagcagcggcagcatcaggcgccagtcggcctcggcgaacagcaccagcgaggtgatggcgtagatcGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGt > 2:311011‑M2/81‑112 (MQ=255) tgacgatccacgccagcagcggcagcatcaggcgccagtcggcctcggcgaacagcaccagcgaggtgatggcgtagatcGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGt < 1:311011‑M2/32‑1 (MQ=255) tGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCAc > 1:288960/1‑150 (MQ=255) gatccacgccagcagcggcagcatcaggcgccagtcggcctcggcgaacagcaccagcgaggtgatggcgtagatcGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACg > 1:1027673‑M2/77‑150 (MQ=255) ATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGt > 1:373767‑M1/1‑150 (MQ=255) CTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTc < 1:320869‑M1/150‑1 (MQ=255) aCGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCa > 1:508731/1‑150 (MQ=255) cGCCATCACCTCGCTGGTGCTCTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCaa < 2:508731/150‑1 (MQ=255) gCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGGCAAGGAGCGCTCGGTGGTGACTTCGGACGCACGTTCCacg > 2:64207/1‑148 (MQ=255) cATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCt > 1:167573/1‑150 (MQ=255) cACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGAt > 2:220902/1‑150 (MQ=255) cTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATggg > 2:646624/1‑150 (MQ=255) cGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGc < 1:200817/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCg > 1:175613/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTAtcgt > 2:703930/1‑150 (MQ=255) cTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTAtcgtc < 1:703930/150‑1 (MQ=255) cGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGAc < 1:940351/145‑1 (MQ=255) cGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGAc > 2:940351/1‑145 (MQ=255) cGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTa > 1:553330/1‑150 (MQ=255) ggCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTacac > 2:792340/1‑150 (MQ=255) gcGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCa > 2:189532/2‑150 (MQ=255) tGGCTCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCACGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTCTCGTCGACGGCTACACCAACATc < 2:553330/150‑1 (MQ=255) tGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTc < 2:1109468/75‑1 (MQ=255) tGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTc > 1:1109468/1‑75 (MQ=255) ccTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCt > 1:236529/1‑111 (MQ=255) ccTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCt < 2:236529/111‑1 (MQ=255) ccTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATCGCAAc < 2:359140/150‑1 (MQ=255) ccTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATCGCAAc < 2:726164/150‑1 (MQ=255) cTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATCGCAACg > 2:75360/1‑150 (MQ=255) gctgcCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATCGCAACGCTGaa > 1:987271/1‑150 (MQ=255) gctgGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCCGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATCGCAACGCTGAAGCTGTTCGc < 1:75360/150‑1 (MQ=255) ggATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATc > 2:872198/1‑122 (MQ=255) ggATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATc < 1:872198/122‑1 (MQ=255) gatcGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATCGCAACGCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGa < 1:646624‑M2/146‑1 (MQ=255) atcGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCTGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATCGCAACGCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGAc < 2:444940‑M2/147‑1 (MQ=255) atcGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCTGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATCGCAACGCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGAc < 2:444595‑M2/147‑1 (MQ=255) cGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATCGCAACGCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGACTa < 2:167573‑M2/149‑1 (MQ=255) | ATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCACGTTCCAAGCTGATGGGGCGTATCGTCGACGGCTACACCAACATCGCAACGCTGAAGCTGTTCGCCCATACCGACTA > NC_002947/5158391‑5158680 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |