Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 783,245 | C→G | 7.3% | G895A (GGC→GCC) | PP_0672 ← | sensory box protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 783,245 | 0 | C | G | 7.3% | 170.4 / 4.9 | 55 | G895A (GGC→GCC) | PP_0672 | sensory box protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/27); new base G (2/2); total (26/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 |
CCACGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAGGTGGGT > NC_002947/783096‑783390 | ccACGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCgc > 2:36301/1‑150 (MQ=255) tGGATGGCGCGGTTCCGGCCCATCTCTCGCGTGGGTGGTCGTTGCAGCAACAGGGTAAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGCCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCgccggcc < 2:9822/150‑1 (MQ=255) cgcgGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGc < 1:364339/150‑1 (MQ=255) gcgGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCC‑CGGAGAGACTACATTCTCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGcc > 2:870302/1‑150 (MQ=255) ttCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAgg < 1:956396/150‑1 (MQ=255) ttCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAgg < 2:425901/150‑1 (MQ=255) aGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAg > 1:378266/1‑150 (MQ=255) gCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCg < 2:632176/150‑1 (MQ=255) ccATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCCGGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGt < 2:31009/150‑1 (MQ=255) tttCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGCCGGCGACCGCATgctcaa > 1:495433/1‑133 (MQ=255) tttCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGCCGGCGACCGCATgctcaa < 2:495433/138‑6 (MQ=255) cACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCg < 1:429806/150‑1 (MQ=255) aCGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCgg > 2:1107630/1‑150 (MQ=255) aCGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGCCGGCGACCGCATgctcaag < 1:333018/135‑7 (MQ=255) aCGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGCCGGCGACCGCATgctcaag > 2:333018/1‑129 (MQ=255) ggTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGttt < 1:302044/150‑1 (MQ=255) ggTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGttt < 1:639130/150‑1 (MQ=255) ggggCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCGG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGaa < 1:785179/150‑1 (MQ=255) ggCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCCTGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGc < 1:197808/150‑1 (MQ=255) gcgcGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCg < 1:36301/150‑1 (MQ=255) cgcgGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCgg < 1:1090229/150‑1 (MQ=255) cagcaACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGt < 1:139569/133‑1 (MQ=255) cagcaACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGt > 2:139569/1‑133 (MQ=255) agcaACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCATTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCggtcgaggtcg > 1:407936/1‑150 (MQ=255) caACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCGGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGgtcgaggtcgag < 2:214034/150‑1 (MQ=255) aaCAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGtcgaggtcgagg > 1:82405/1‑150 (MQ=255) cAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGaa < 2:378266/150‑1 (MQ=255) ggTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACAt > 2:32771/1‑150 (MQ=255) tcgtcgCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGcacc > 1:494934/1‑150 (MQ=255) tcgCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCaccacc > 2:921077/1‑150 (MQ=255) tcgCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCaccacc > 2:188061/1‑150 (MQ=255) ccATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAg < 2:500603/136‑1 (MQ=255) ccATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAg > 1:500603/1‑136 (MQ=255) acATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCt > 2:1127375/2‑150 (MQ=255) cATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCtt < 1:1127375/150‑1 (MQ=255) cATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCtt < 1:197665/150‑1 (MQ=255) acgCGTGCCACCGTGGCGTCGTAATCCAAGCAG‑GCCAGCAGGCGAAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCAGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATAGGTTTGAAGCAGACGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCACGCCTTc > 2:228320/3‑150 (MQ=255) aCCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCg > 1:1094447/1‑150 (MQ=255) ccGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAAACACATCTCCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCgg < 1:870302/150‑1 (MQ=255) tgtCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCct > 2:775499/1‑150 (MQ=255) cACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGgtcgaggtcgag < 1:1057384/99‑1 (MQ=255) cACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGgtcgaggtcgag > 2:1057384/1‑99 (MQ=255) cACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGtt > 2:1084405/1‑150 (MQ=255) cagGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTGTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCATCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCAGCCTGCTGCAGGGCGTTGTTCAAActttt < 2:515551/150‑5 (MQ=255) gcgcAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTg > 1:247048/1‑150 (MQ=255) gggCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACa < 1:1107630/150‑1 (MQ=255) ccATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCggtcgaggtcga > 1:133425/1‑75 (MQ=255) ccATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCggtcgaggtcga < 2:133425/75‑1 (MQ=255) aTGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGtgtg > 1:792857/1‑150 (MQ=255) aTGTCCTTGAGCATGCGGGCGCCGGCCGCAGGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCGCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGtgtg < 2:80820/150‑1 (MQ=255) cTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGtt > 2:1128752/1‑150 (MQ=255) ttGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTg > 1:93344/1‑150 (MQ=255) aTGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAAc < 1:916911/66‑1 (MQ=255) aTGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAAc > 2:916911/1‑66 (MQ=255) aTGCGGTCGCCAGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAgg > 1:425477/1‑150 (MQ=255) tGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAGGt < 2:247048/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAGGTGGGt < 1:189488/150‑1 (MQ=255) | CCACGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAG‑GCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAGGTGGGT > NC_002947/783096‑783390 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |