Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 797,512 | G→A | 10.9% | intergenic (+33/‑44) | PP_0682 → / → PP_0683 | inner membrane protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 797,512 | 0 | G | A | 10.9% | 120.2 / 6.0 | 46 | intergenic (+33/‑44) | PP_0682/PP_0683 | inner membrane protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/21); new base A (3/2); total (23/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 |
CATGGATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTC > NC_002947/797365‑797657 | cATGGATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCCTGCACTCGCCCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggc > 2:942782/1‑150 (MQ=255) tGGATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGTTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggcgg < 1:692200/150‑1 (MQ=255) tGGATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggcgg > 2:382033/1‑150 (MQ=255) tGGATGCGCAGAACATCCCCTCCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggcgg < 2:202911/150‑1 (MQ=255) ggATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGACTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggcggg > 1:804487/1‑150 (MQ=255) tGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCAt < 2:804487/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCAt < 2:105686/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCAt < 2:105685/150‑1 (MQ=255) gcgtAGAACATCTGCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCTGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGA‑CAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGc < 2:163634/150‑1 (MQ=255) gcAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGcc > 2:368885/1‑150 (MQ=255) aGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGAGGCGAGCATGCCCg > 2:180575/1‑150 (MQ=255) cACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggc < 2:381757/129‑1 (MQ=255) cACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggc > 1:381757/1‑129 (MQ=255) cACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGa < 1:746274/150‑1 (MQ=255) cGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGatat > 1:94757/1‑150 (MQ=255) cGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCCCCca > 1:982697/1‑143 (MQ=255) cGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCCCCca < 2:982697/143‑1 (MQ=255) cTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGcccc > 2:207638/1‑131 (MQ=255) cTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGcccc < 1:207638/134‑1 (MQ=255) tGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTc > 1:132660/1‑150 (MQ=255) tGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGtt < 1:588707/150‑2 (MQ=255) tGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTg < 1:39368/150‑1 (MQ=255) caTGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCgtcagtca > 2:771366/1‑150 (MQ=255) cTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCtt < 2:132660/150‑1 (MQ=255) cTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCtt < 2:378230/150‑1 (MQ=255) ttCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTg > 2:340702/1‑150 (MQ=255) tCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTgc < 1:665161/150‑1 (MQ=255) tGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCa < 2:94757/150‑1 (MQ=255) ggCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTg > 2:646950/1‑122 (MQ=255) ggCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTg < 1:646950/122‑1 (MQ=255) aTGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCAt > 1:890383/1‑74 (MQ=255) aTGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCAt < 2:890383/74‑1 (MQ=255) aTGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACa > 1:589805/1‑150 (MQ=255) ggCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggcgg > 1:1058081/1‑67 (MQ=255) ggCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggcgg < 2:1058081/67‑1 (MQ=255) cTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAg > 1:582918/1‑150 (MQ=255) gACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGTCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGt < 2:582918/150‑1 (MQ=255) aCCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCACTTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTg < 1:1063509/150‑1 (MQ=255) aCCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTg < 1:340702/150‑1 (MQ=255) cAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGt > 2:757834/1‑150 (MQ=255) aaGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGtt > 1:1124342/1‑150 (MQ=255) aaGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCAGTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGtt > 2:690170/1‑150 (MQ=255) tGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCgtca < 1:791511/88‑1 (MQ=255) tGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCgtca > 2:791511/1‑88 (MQ=255) tCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGa > 1:654235/1‑150 (MQ=255) cccAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTg > 2:876504/1‑150 (MQ=255) cccAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTg > 2:823411/1‑150 (MQ=255) cccAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCACATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTg < 1:771366/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCTCACTGCAACTCCTGTTGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGc > 1:1048403/1‑150 (MQ=255) ccTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCa < 1:876504/150‑1 (MQ=255) cTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCAt < 2:554656/150‑1 (MQ=255) tGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGa < 2:349669/59‑1 (MQ=255) tGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGa > 1:349669/1‑59 (MQ=255) gtgGGAGCGGGCATGCCCGCCCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCATTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCt > 1:396715/1‑150 (MQ=255) tgGGGGCGGGCATGCCCGCTACCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGGGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCCTCGCTAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTc > 1:443071/1‑150 (MQ=255) | CATGGATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTC > NC_002947/797365‑797657 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |