Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,647,558 | C→T | 8.1% | L402L (CTG→CTA) | oprB‑II ← | carbohydrate‑selective porin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,647,558 | 0 | C | T | 8.1% | 137.0 / 2.8 | 49 | L402L (CTG→CTA) | oprB‑II | carbohydrate‑selective porin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/22); new base T (2/2); total (25/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
CGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATAGGCAGGGTTGACGTGCACGCGGGCCAGGGCGAAACC > NC_002947/1647410‑1647695 | cGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACa < 1:55481/150‑1 (MQ=255) gTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCGCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCgg > 2:753860/1‑150 (MQ=255) tCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGgc > 1:1119836/1‑150 (MQ=255) ttAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCTACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATATAGCTCGGCGCTGTACTCGgt > 2:522391/1‑150 (MQ=255) gAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCAGGTTGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTc < 1:131400/150‑1 (MQ=255) aaCTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCt < 1:5926/150‑1 (MQ=255) aCTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTg > 1:123509/1‑150 (MQ=255) tctGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAATTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTg < 1:818697/150‑1 (MQ=255) tGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGc < 1:508121/150‑1 (MQ=255) tGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGc < 1:753860/150‑1 (MQ=255) ggATCGTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCa < 2:94920/150‑1 (MQ=255) gccgccGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCgg < 2:123509/150‑1 (MQ=255) ggCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCgtc > 2:308754/1‑100 (MQ=255) ggCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGgc < 1:308754/102‑1 (MQ=255) ggCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGACGCCCGGGTTGTCGTAGTc > 2:349901/1‑150 (MQ=255) cATCGACCTGCGCCAAAACAACTGGGGGGCGGATGTACTGCAGGTGGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGGTGTCGTAGTCATaga > 2:542430/1‑150 (MQ=255) tCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAgg < 1:836998/150‑1 (MQ=255) gACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGTGGGGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGcc > 1:852282/1‑150 (MQ=255) gACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGcc > 2:1015362/1‑150 (MQ=255) gACCGGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATATAGCTCGGCGCTGTACTCg < 2:948116/103‑1 (MQ=255) gACCGGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATATAGCTCGGCGCTGTACTCg > 1:948116/1‑103 (MQ=255) 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2:588216/103‑1 (MQ=255) acgGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAg > 1:588216/2‑103 (MQ=255) cgGGCGGCGGAGGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGACGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAg < 2:508071/150‑1 (MQ=255) gATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAggcgg < 2:358903/145‑1 (MQ=255) gATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAggcgg > 1:358903/1‑145 (MQ=255) gTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCtt > 1:626813/1‑150 (MQ=255) tGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGa > 2:484312/1‑150 (MQ=255) gCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGAt < 2:378614/150‑1 (MQ=255) cAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATa < 2:760908/150‑1 (MQ=255) aGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCACGCGCGCGTTCTTGCGAtcg > 2:903957/1‑148 (MQ=255) gTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATAGGc > 2:360540/1‑150 (MQ=255) gCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATAGGCAGGGtt > 1:1072121/1‑150 (MQ=255) ccGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCCTAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATAGGCAGGGTTGACGt > 1:291754/1‑150 (MQ=255) ccGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATAGGCAGGGTTGACGt < 1:903957/150‑1 (MQ=255) gTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATAGGCAGGGTTGACGTGCACGCGGGc > 1:558477/1‑150 (MQ=255) gCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATAGGCAGGGTTGACGTGCACGCGGGCCAgg < 1:919307/150‑1 (MQ=255) cAAGTGAATGCCGTAATATAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATAGGCAGGGTTGACGTGCACGCGGGCCAGGGc < 1:522391/150‑1 (MQ=255) tGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATAGGCAGGGTTGACGTGCACGCGGGCCAGGGCGaaa > 2:988304/1‑150 (MQ=255) aaTGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATAGGCAGGGTTGACGTGCACGCGGGCCAGGGCGAAAcc > 2:659439/1‑150 (MQ=255) tAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGccc < 2:788834/48‑1 (MQ=255) tAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGccc > 1:788834/1‑48 (MQ=255) tACAGCGCCGAGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCgg < 2:792565/47‑1 (MQ=255) tACAGCGCCGAGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCgg > 1:792565/1‑47 (MQ=255) cAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAggcgg < 1:805607/88‑1 (MQ=255) cAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAggcgg > 2:805607/1‑88 (MQ=255) | CGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTTGACCAGGCGGGCGTTCTTGCGATAGGCAGGGTTGACGTGCACGCGGGCCAGGGCGAAACC > NC_002947/1647410‑1647695 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |