Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,732,498 | C→A | 8.8% | A472S (GCC→TCC) | PP_1526 ← | beta‑(1‑3)‑glucosyl transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,732,498 | 0 | C | A | 8.8% | 135.4 / 2.1 | 45 | A472S (GCC→TCC) | PP_1526 | beta‑(1‑3)‑glucosyl transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/23); new base A (2/2); total (20/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
GCAGTAGTCCGAGTCGATTACCGCGATCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGTTTCACCATCTCAGGTGGCTCGTTGTAGCACGGCACATGCACCGACACCT > NC_002947/1732355‑1732647 | gCAGTAGTCCGAGTCGATTACCGCGATCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAg > 2:304789/1‑150 (MQ=255) cGAGTCGATTACCGCGATCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGGTCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCca > 1:793516/1‑150 (MQ=255) gAGTCGATTACCGCGATCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCcac > 2:1126629/1‑150 (MQ=255) aGTCGATTACCGCGATCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGACTTGAGCGGCTCCcaca > 2:928195/1‑150 (MQ=255) aGTCGATTACCGCGATCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGACTTGAGCGGCTCCcaca > 2:361827/1‑150 (MQ=255) gATTACCGCGATCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGc > 1:913168/1‑150 (MQ=255) aTTACCGCGATCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGcc > 1:781499/1‑150 (MQ=255) ccGCGATCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGt > 2:897186/1‑150 (MQ=255) ccGCGATCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGt > 2:108085/1‑150 (MQ=255) aTCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAGTTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTg > 1:365095/1‑150 (MQ=255) aTCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTg < 2:468369/150‑1 (MQ=255) aTCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTg < 2:913168/150‑1 (MQ=255) aTCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGACCGGGTCCTTg < 2:106443/150‑1 (MQ=255) cGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGtgttgttgt < 1:1126629/150‑1 (MQ=255) tttGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTg < 1:975266/135‑1 (MQ=255) tttGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTg > 2:975266/1‑135 (MQ=255) ttGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCa < 1:108085/150‑1 (MQ=255) cGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTc < 1:1008533/150‑1 (MQ=255) cAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGTACGCAGACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTc < 1:577069/150‑1 (MQ=255) tAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGACTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCgggg < 1:361827/150‑1 (MQ=255) tAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGACTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCgggg < 1:928195/150‑1 (MQ=255) aTTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTa < 1:973605/150‑1 (MQ=255) aGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCgggg > 2:51805/1‑144 (MQ=255) aGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCgggg < 1:51805/144‑1 (MQ=255) aGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTcc > 1:855742/1‑150 (MQ=255) aGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTcc > 2:234433/1‑150 (MQ=255) cgcgcCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAg > 2:170283/1‑150 (MQ=255) ccACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGggcg < 1:155793/150‑1 (MQ=255) ccACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGAAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTCGTCCAGggcg > 1:145068/1‑150 (MQ=255) cccTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCgg < 1:598956/133‑1 (MQ=255) cccTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCgg > 2:598956/1‑133 (MQ=255) ttGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAgg < 2:855742/150‑1 (MQ=255) ggCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAg < 1:170283/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTTTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGTCGGCCAGGGCGTCCAgg < 1:304789/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAgg < 1:897186/150‑1 (MQ=255) gcgcGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGtt < 1:380304/150‑1 (MQ=255) gACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGTTTCAc < 2:188955/150‑1 (MQ=255) agaaCTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGTTTCACCATCTCAg > 1:448812/1‑150 (MQ=255) gaaCTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGTTTCACCATCTCAgg < 1:234433/150‑1 (MQ=255) aaCTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGTTTCACCATCTCAGGt < 2:545460/150‑1 (MQ=255) ttGAAACGCTAGCCAAGCTTTTCGCAGAGGGCCTTGAGCGGCGCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGAGACTGTTTCACAATATCAgataga > 2:279814/1‑145 (MQ=255) cTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGTTTCACCATCTCAGGTGGCTCGTTGTa < 2:920637/150‑1 (MQ=255) ccAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGTTTCACCATCTCAGGTGGCTCGTTGTAGCAc > 1:1047641/1‑150 (MQ=255) gaGTGGGCCGTGGGAGGATCACACGGGCCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCCGCACTTCGTAGTCGGGTTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGTTTCACCATCTCAGGTGGCTCGTTGTAGCACGGCACATGCAcc < 2:342440/149‑1 (MQ=255) tGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGTTTCACCATCTCAGGTGGCTCGTTGTAGCACGGCACATGCACCGac < 1:739716/150‑1 (MQ=255) ccTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGTTTCACCATCTCAGGTGGCTCGTTGTAGCACGGCACATGCACCGACACCt > 2:204021/1‑150 (MQ=255) | GCAGTAGTCCGAGTCGATTACCGCGATCACTTCGGCGTCCTTTGCCGTGTGCGGGATCAGGTAATTCAGCGCGCCACCCTTGAAGCCGGCCAGTGGCGCGACGTGGAAGAACTTGAAGCGCTCGCCAAGCTTTTCGCAGTGGGCCTTGAGCGGCTCCCACACGGCCGGGTCCTTGGTGTTGTTGTCGATCACCAGCACTTCGTAGTCGGGGTAGTCCAGGGCGGCCAGGGCGTCCAGGGTCTGTTTCACCATCTCAGGTGGCTCGTTGTAGCACGGCACATGCACCGACACCT > NC_002947/1732355‑1732647 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |