| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,880,895 | G→T | 6.7% | G176V (GGC→GTC) | PP_1688 → | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,880,895 | 0 | G | T | 6.7% | 187.9 / 3.2 | 60 | G176V (GGC→GTC) | PP_1688 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/26); new base T (2/2); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
ACTGATCGTCGGGTTAACCATGCCCGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTAT > NC_002947/1880750‑1881026 | aCTGATCGTCGGGTTAACCATGCCCGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTACCAATTTCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATACCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTa > 1:869145/1‑150 (MQ=255) tGATCGTCGGGTTAACCATGCCCGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTAcc > 1:14887/1‑150 (MQ=255) tcgtcgGGTTAACCATGCCCGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGc < 2:936383/150‑1 (MQ=255) tcgtcgGGTTAACCATGCCCGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGc > 1:177393/1‑150 (MQ=255) tAACCATGCCCGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGa < 2:124471/150‑1 (MQ=255) ccATGCCCGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCCGTTCCCTGCAGATCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGCGGc > 2:456553/1‑150 (MQ=255) tGCCCGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCtt > 1:859695/1‑150 (MQ=255) tGCCCGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGAAATGAGACGCAGCGCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCtt < 2:820330/150‑1 (MQ=255) cccGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTgc < 1:456553/150‑1 (MQ=255) ccGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTCCAGCCTCACTCGGTTGCCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTgcg > 2:309445/1‑150 (MQ=255) gAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGcgcg < 1:124852/148‑1 (MQ=255) gAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGcgcg > 2:124852/1‑148 (MQ=255) gTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTAc > 2:604435/1‑118 (MQ=255) gTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTAc < 1:604435/118‑1 (MQ=255) gCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGgtgt > 2:1042496/1‑150 (MQ=255) cTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGttt < 1:403260/150‑1 (MQ=255) gcgcATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGc < 2:1106820/131‑1 (MQ=255) gcgcATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGc > 1:1106820/1‑131 (MQ=255) gcgcATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCg < 1:181076/150‑1 (MQ=255) ccccGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCgg > 2:209621/1‑150 (MQ=255) cccGCGGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGcgcg > 1:395216/1‑119 (MQ=255) cccGCGGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGcgcg < 2:395216/119‑1 (MQ=255) cccGCAGCTCGACGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGt < 2:977813/150‑1 (MQ=255) cccGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTg > 1:41330/1‑133 (MQ=255) cccGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTg < 2:41330/133‑1 (MQ=255) cccGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGt < 2:177393/150‑1 (MQ=255) cccGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGt > 1:303509/1‑150 (MQ=255) ccGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCTGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTg > 1:1039287/1‑150 (MQ=255) gCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTgg < 2:887185/87‑1 (MQ=255) gCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTgg > 1:887185/1‑87 (MQ=255) cAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGAt < 1:1042496/150‑1 (MQ=255) tCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGcc > 2:609716/1‑150 (MQ=255) tCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTAGTATTTCGCTATCCGGTGGATGGcc > 2:557250/1‑150 (MQ=255) gACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGgtg > 2:658769/1‑123 (MQ=255) gACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGgtg < 1:658769/123‑1 (MQ=255) cAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCAAATGGACCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTg > 1:11226/1‑150 (MQ=255) tgctgGCCGGGCGCATCGCCCGCATCACGTTCATTTGTTGTGCCCCACCCGGCTACCTGCAGAGCTCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTgcgcg > 2:219579/1‑149 (MQ=255) tgGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTGTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTggg < 2:104644/150‑1 (MQ=255) gCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGc > 1:27473/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCtt > 1:403490/1‑150 (MQ=255) gcATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGCCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGc > 1:246307/1‑150 (MQ=255) cATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGTCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCg < 2:288323/115‑1 (MQ=255) cATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGTCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCg < 2:288520/115‑1 (MQ=255) cATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGTCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCg > 1:288520/1‑115 (MQ=255) cATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGTCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCg > 1:288323/1‑115 (MQ=255) gCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCTGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGcc < 2:1039287/150‑1 (MQ=255) aTCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTg < 2:858650/150‑1 (MQ=255) tCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGATGGATGGCCGCTTCTTTCTCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTgc > 2:1029707/1‑150 (MQ=255) gTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGTGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGCTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCtt > 2:572418/1‑150 (MQ=255) aTTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGaa < 1:1084083/150‑1 (MQ=255) ttgttgTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGc < 1:473870/150‑1 (MQ=255) ccTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCg > 1:782758/1‑150 (MQ=255) tCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGc > 2:272411/1‑140 (MQ=255) tCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGc < 1:272411/140‑1 (MQ=255) cACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCa < 2:403490/150‑1 (MQ=255) ccGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGt < 2:553497/82‑1 (MQ=255) ccGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGt < 2:553435/82‑1 (MQ=255) ccGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGt > 1:553435/1‑82 (MQ=255) ccGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGt > 1:553436/1‑82 (MQ=255) ccGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGt > 1:553497/1‑82 (MQ=255) ccGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGGTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGt < 2:553436/82‑1 (MQ=255) gTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTAt < 2:1104697/150‑1 (MQ=255) | ACTGATCGTCGGGTTAACCATGCCCGTGAAGACGTTGACGTGAGCCTGCGCATTGCCCCGCAGCTCGAAGACCAGCTGCTGGCCCGGCGCATCGCCCGCATCCCGTTCATTTGTTGTGCCTCACCCGGTTACCTGCAGAGCGCTGGCGTACCTGCCACGCCCGAGGCCTTGCGCGGGCACCGTTGCCTGGTGTTTCGCTATCCGGTGGATGGCCGCTTCTTGCGCTGGGGCTTCATGCGGGACGGCCTGCGCTTCGAAGCGGAATTCGGCACTGTAT > NC_002947/1880750‑1881026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |