| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,888,487 | T→A | 7.4% | I610F (ATC→TTC) | PP_1695 ← | sodium‑solute symporter/two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,888,487 | 0 | T | A | 7.4% | 148.5 / 4.6 | 55 | I610F (ATC→TTC) | PP_1695 | sodium‑solute symporter/two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/23); new base A (2/2); total (29/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.29e-01 | |||||||||||
CACCAGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTG > NC_002947/1888338‑1888631 | caccgGGTGCAGGGTCTGGTCGACCACGCTGATGCCATGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGAt < 2:81884/150‑1 (MQ=255)caccaGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGAt > 2:393310/1‑150 (MQ=255) accaGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATg > 2:847752/1‑150 (MQ=255) accaGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATg > 2:149604/1‑150 (MQ=255) aGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGgcc < 1:1127150/150‑1 (MQ=255) gTGCGGGTTCTGGTCGCCCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTTGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGgccgc < 2:457204/150‑1 (MQ=255) gTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGCTGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCATTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGgccgc > 2:87213/1‑150 (MQ=255) gTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGGTCTCGATGGCGCCTTGGAGCCGGGAGCGGTTTCACTTCAGCACCTCACTGCCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCATTCGATGgccgc > 2:92670/1‑150 (MQ=255) tGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTCaccacc > 2:305678/1‑150 (MQ=255) gTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACcgc > 1:508880/1‑150 (MQ=255) gTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACcgc > 2:377090/1‑150 (MQ=255) aCCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTCACCACCGCGCgg > 1:445451/1‑150 (MQ=255) cACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGt > 1:777211/1‑150 (MQ=255) aCGCTGATGGCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGCCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTc < 1:220040/150‑1 (MQ=255) cTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTcgac < 1:546324/150‑1 (MQ=255) ttGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTAcc > 1:353477/1‑150 (MQ=255) gTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAg > 1:977484/1‑150 (MQ=255) tGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATgg > 1:876220/1‑111 (MQ=255) tGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATgg < 2:876220/111‑1 (MQ=255) tGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCa < 2:353477/150‑1 (MQ=255) gTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCCATGGCTTAGCCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCAcccc > 2:830992/1‑150 (MQ=255) tctcGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCAcc < 1:527009/146‑1 (MQ=255) tctcGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCAcc > 2:527009/1‑146 (MQ=255) ctcGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTCCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGc < 2:367992/150‑1 (MQ=255) tcGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGcc > 1:35630/1‑150 (MQ=255) ggCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCACGGCcagcag < 2:777211/150‑1 (MQ=255) cagcagGGCGCGGTTGAACCGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGgt < 1:542572/150‑1 (MQ=255) agcagGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGgtg < 1:1003039/150‑1 (MQ=255) gggCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATTGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCt > 2:135135/1‑150 (MQ=255) cgcgGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGa < 1:377090/150‑1 (MQ=255) ggTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATcc > 2:677159/1‑150 (MQ=255) ggTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATcc > 2:989270/1‑150 (MQ=255) gCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCATCGAGGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGGCGCCATCGGCGTTCTGGTTa > 2:432801/1‑150 (MQ=255) ttCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGTATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAgg > 2:335864/1‑150 (MQ=255) ttCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTggg < 2:35630/150‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGGTAgg < 1:830992/150‑1 (MQ=255) tCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTg > 2:710594/1‑150 (MQ=255) gCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGaaa < 1:393310/150‑1 (MQ=255) aTGCGCACCACGTCTTCCAGTTGTATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAAccc < 1:335864/150‑1 (MQ=255) cacGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTg > 1:169593/1‑150 (MQ=255) cGTCTTCCAGTTGCAGGCCGCGGACTTCGAGGGCCGCCTTGACCCCCGCGCGTCTCGACGAGGTACCCAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGGGTGCTCGAGCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAACCCCTTGCCCTGGc < 2:236374/150‑1 (MQ=255) cTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGt < 2:977484/150‑1 (MQ=255) tCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAg < 1:149604/150‑1 (MQ=255) tCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAg < 1:847752/150‑1 (MQ=255) gTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCaa < 1:17794/150‑1 (MQ=255) aTGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCgg > 1:794014/1‑150 (MQ=255) tGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGa < 1:677159/150‑1 (MQ=255) aaggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCg > 2:848183/4‑100 (MQ=255) aaggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCg < 1:848183/97‑1 (MQ=255) ggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCg > 2:941463/2‑133 (MQ=255) ggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCg < 1:941463/132‑1 (MQ=255) gcgGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGaa > 2:958493/1‑150 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTg < 1:540231/150‑1 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTg > 2:417269/1‑150 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTg > 1:1003686/1‑150 (MQ=255) aTGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAggg > 2:926538/1‑102 (MQ=255) aTGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAggg < 1:926538/102‑1 (MQ=255) | CACCAGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTG > NC_002947/1888338‑1888631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |