| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,094,951 | C→T | 10.2% | V14V (GTG→GTA) | htpX ← | protease HtpX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,094,951 | 0 | C | T | 10.2% | 100.5 / 3.2 | 39 | V14V (GTG→GTA) | htpX | protease HtpX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/19); new base T (2/2); total (18/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
CACTTGGAGATGAACAGCGAAACGAGGGAGCCGGCAAAGCCGAACACGGCGCAGAACACCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAGGGGCCTGCCGCGCCGATTCAATCGGGGGACTATTTCAAACTGTGTACGGCGGA > NC_002947/2094802‑2095098 | cACTTGGAGATGAACAGCGAAACGAGGGAGCCGGCAAAGCCGAACACGGCGCAGAACACCCGCAGGCTGCTGAGGTTAAGGTCGACCCCGTTGGCTGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGcacc < 1:136041/150‑1 (MQ=255) aCTTGGAGATGAACAGCGAAACGAGGGAGCCGGCAAAGCCGAACACGGCGCAGAACACCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGcacca > 2:310617/1‑150 (MQ=255) ggAAACGAGGGAGCCGGCAAAGCCGAACACGGCGAAGAACACCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTCGCGGCCATGAACCCGCTGCGCGCGCGGCAGCGGACGGTGGTTCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGc < 1:192918/149‑1 (MQ=255) gAGGGAGCCGGCAAAGCCGAACACGGCGCAGAACACCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTacaaa > 2:979224/1‑150 (MQ=255) gAGGGAGCCGGCAAAGCCGAACACGGCGCAGAACACCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTacaaa > 1:72843/1‑150 (MQ=255) ggAGCCGGCAAAGCCGAACACGGCGCAGAACACCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTacaaacaa < 2:686607/150‑1 (MQ=255) gAACACGGCGCAGAACACCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGAGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGcatcat > 2:98296/1‑150 (MQ=255) acacGGCGCAGAACACCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATgg < 2:72843/150‑1 (MQ=255) ctcGGGGCAGAACACCAGGAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACCGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACGAACAACAGACTGCGCATCATGgt < 2:549883/148‑1 (MQ=255) gAACACCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGtt < 2:1067804/150‑1 (MQ=255) gAACACCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGtt < 1:98296/150‑1 (MQ=255) cacCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTtctc < 2:871652/150‑1 (MQ=255) acCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGATAGATACAAACAACAGAATTCGCATCATTGGTGTTACGTTCTcc > 2:560387/1‑150 (MQ=255) ggCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGACCCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGa < 1:560387/150‑1 (MQ=255) gctgctGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGAt < 2:643706/150‑1 (MQ=255) gctgctGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGAt < 1:310617/150‑1 (MQ=255) tgctgAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAGCCCGTTGAAACCGAACAGGCTCCGGGTAATGCGTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCCTCATGGTTGGTACGTTCTCCTGACGGATGa < 2:847335/150‑1 (MQ=255) tgAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAAt < 2:200194/112‑1 (MQ=255) tgAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAAt > 1:200194/1‑112 (MQ=255) 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cGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGta < 1:546502/150‑1 (MQ=255) cGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGt < 1:393379/149‑1 (MQ=255) cGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGt > 2:393379/1‑149 (MQ=255) cggcCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAg < 1:712607/150‑1 (MQ=255) ggcCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAgg < 1:111085/150‑1 (MQ=255) ccGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAGGGGCCTGCcgc > 2:277968/1‑150 (MQ=255) gAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAGGGGCCTGCCGCGCCGATTCAAt > 1:972995/1‑150 (MQ=255) aCAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAGGGGCCTGCCGCGCCGATTCAATCg < 1:968296/150‑1 (MQ=255) cTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAGGGGCCTGCCGCGCCGATTCAATCGGGGGa > 1:284581/1‑150 (MQ=255) cTTGCAACCAGCACTACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAgg < 2:255102/110‑1 (MQ=255) cTTGCAACCAGCACTACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAgg > 1:254278/1‑110 (MQ=255) cTTGCAACCAGCACTACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAgg > 1:255102/1‑110 (MQ=255) cTTGCAACCAGCACTACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAgg < 2:254278/110‑1 (MQ=255) cTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAGGGGCCTGCCGCGCCGATTCAATCGGGGGACTATTTCACACt > 1:189249/1‑150 (MQ=255) cTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACAGCTGTGTAATCTGGTACTGCGTAGTATATAAGGGGCCTGCCGCGCCGATTCAATCGGGGGACTATTTCAAACt > 1:131798/1‑150 (MQ=255) aaCCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAGGGGCCTGCCGCGCCGATTCAATCGGGGGACTATTTCAAACTGTGTa > 1:818767/1‑150 (MQ=255) cAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAGGGGCCTGCCGCGCCGATTCAATCGGGGGACTATTTCAAACTGTGTAcgg > 1:716396/1‑150 (MQ=255) accaccGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAGGGGCCTGCCGCGCCGATTCAATCGGGGGACTATTTCAAACTGTGTACGGCGGa > 2:430853/1‑150 (MQ=255) | CACTTGGAGATGAACAGCGAAACGAGGGAGCCGGCAAAGCCGAACACGGCGCAGAACACCAGCAGGCTGCTGAGGTTCAGGTCGACCCCGTTGGCGGCCATGAACCCGTTGAAACCGAACAGGCTCAGGGTAATGCTTGCAACCAGCACCACCGCGAGGTTGGTGGCTACAAACAACAGAATGCGCATCATGGTTGTTACGTTCTCCTGACGGATGAGTTGTCGCTTACTGCGGGGTATATAAGGGGCCTGCCGCGCCGATTCAATCGGGGGACTATTTCAAACTGTGTACGGCGGA > NC_002947/2094802‑2095098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |