Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,101,429 | G→C | 6.7% | T135T (ACG→ACC) | msrC → | free methionine‑(R)‑sulfoxide reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,101,429 | 0 | G | C | 6.7% | 165.6 / 2.3 | 53 | T135T (ACG→ACC) | msrC | free methionine‑(R)‑sulfoxide reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/25); new base C (2/2); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCGGCGGCAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAA > NC_002947/2101280‑2101578 | gcggcgGCAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACg < 1:370029/150‑1 (MQ=255) ggcAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCgg < 2:473771/150‑1 (MQ=255) ccAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGc > 1:1083468/1‑150 (MQ=255) ccAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACCGTCGGGCTGTCCAggtccag < 1:314655/150‑7 (MQ=255) tGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGTTTCCATCAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGt < 1:965703/150‑1 (MQ=255) aGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTgg < 2:1083468/150‑1 (MQ=255) gATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGAGGACCAGGTgggg > 2:601345/1‑150 (MQ=255) tGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCt < 2:156533/150‑1 (MQ=255) tGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCg > 1:46120/1‑150 (MQ=255) aTTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGtt < 1:521178/150‑1 (MQ=255) tCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTgg < 1:699134/150‑1 (MQ=255) gCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCTCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGa > 2:835298/1‑150 (MQ=255) gCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTg > 2:21614/1‑150 (MQ=255) aCAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTtga < 1:282486/150‑1 (MQ=255) tGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTtgactga > 2:363447/1‑150 (MQ=255) tGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTtgactga < 1:621727/150‑1 (MQ=255) gCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTtgactgac < 1:1055944/150‑1 (MQ=255) cAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGGGTTCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGActgctg > 1:202970/1‑150 (MQ=255) cAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGActgctg > 1:175066/1‑150 (MQ=255) cAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGActgctg > 1:637284/1‑150 (MQ=255) cAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATc < 1:253832/150‑1 (MQ=255) tGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTTGACCGCCCGACCGTCGGGCTGTCCAg < 1:748133/76‑1 (MQ=25) tGGTGATCACGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGc < 2:202970/150‑1 (MQ=255) gTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCt > 2:523163/1‑150 (MQ=255) aTCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAg > 1:291753/1‑150 (MQ=255) tCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGt > 2:656745/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCAGACGGTCGCGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCg > 2:98303/1‑150 (MQ=255) cGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCgg < 1:601345/150‑1 (MQ=255) gTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATGTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCctct > 1:397246/1‑150 (MQ=255) gTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCctct < 2:175066/150‑1 (MQ=255) gAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTc > 1:540996/1‑150 (MQ=255) aGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGc < 1:431626/150‑1 (MQ=255) gACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCCGAGAAGAGGACCCGGCCGCGTTGAGGTGGCTGGTGGTGATCGTGTTGGCGTGGTCGGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCtt < 2:679567/150‑1 (MQ=255) gACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCtt < 2:540996/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTggcggc > 2:781618/1‑90 (MQ=255) 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tGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCcg > 1:975116/1‑150 (MQ=255) tggacctggacAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGa > 1:994530/1‑150 (MQ=255) tggacAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc < 2:994530/150‑1 (MQ=255) aaccgCCCGACCGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGCAGAGGGCg > 1:566155/5‑150 (MQ=255) aaccgCCCGACCGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTAGATGGGTGGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCg > 2:432257/5‑150 (MQ=255) cAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGc < 1:180823/150‑1 (MQ=255) aGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGGGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTGGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCGGGca > 2:552659/1‑150 (MQ=255) ccGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCgg < 1:951679/124‑1 (MQ=255) ccGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCgg > 2:951679/1‑124 (MQ=255) ccGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAg < 2:975116/150‑1 (MQ=255) ccGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAg > 1:202300/1‑150 (MQ=255) ccGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAg > 1:194221/1‑150 (MQ=255) ggTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTaa < 1:812962/150‑1 (MQ=255) | GCGGCGGCAACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAA > NC_002947/2101280‑2101578 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |