Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,242,141 | G→C | 14.6% | noncoding (35/76 nt) | PP_t29 → | tRNA‑Ala |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,242,141 | 0 | G | C | 14.6% | 106.8 / 8.3 | 41 | noncoding (35/76 nt) | PP_t29 | tRNA‑Ala |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/18); new base C (2/4); total (19/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
GGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTC > NC_002947/2241992‑2242280 | ggACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTgcatgg > 1:1005994/1‑150 (MQ=255) acCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTgcatggcatg > 1:244960/1‑150 (MQ=255) ccTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGTGTGGTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGCCATGCaggc < 1:290905/150‑2 (MQ=255) cTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGCCATGCaggcg < 2:893955/150‑3 (MQ=255) aCGGCGGCAACAGGGGTTCGGGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTCCGTTTCGCAGGGCTTAAGATGGCTCGTCGCTTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAg < 2:597047/150‑1 (MQ=37) ggcggTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGTGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCg > 1:41187/1‑150 (MQ=255) ggcggTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCg < 1:319170/150‑1 (MQ=255) ggggTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATccc > 1:383274/1‑150 (MQ=255) gcgTCCCCTCGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGCTTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGACCAGCTGGGGGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGAGCCGGCTTAGc > 2:383158/3‑150 (MQ=37) gTCCCCTCGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGATCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTc < 1:53025/150‑1 (MQ=255) gggACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTc > 2:1025716/1‑150 (MQ=255) tGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCa > 1:1475/1‑150 (MQ=255) gCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCaa < 1:495082/150‑1 (MQ=255) ttttGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTg > 1:177517/1‑150 (MQ=255) tttGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGTCAGGGTTCACGCAAGTgg < 1:1025716/150‑1 (MQ=255) tGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGAt < 1:159611/150‑1 (MQ=255) cAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCt > 2:958232/1‑150 (MQ=255) aGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTa < 1:139447/111‑1 (MQ=255) aGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTa > 2:139447/1‑111 (MQ=255) aGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTcc > 1:576044/1‑116 (MQ=255) aGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTcc < 2:576044/116‑1 (MQ=255) aGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCtt > 1:205691/1‑150 (MQ=255) ttAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGa > 1:1053909/1‑150 (MQ=255) aaaaaGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAg < 2:177517/150‑1 (MQ=255) gCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACg < 2:205691/150‑1 (MQ=255) gATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCtt < 1:958232/150‑1 (MQ=255) gATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGAATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCtt > 2:835574/1‑150 (MQ=255) atgaGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTTACGCAAGGTGATCGTCTCTAAGGTTACGTCCCATTAGTCTAGt > 2:456757/1‑150 (MQ=18) cTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTa < 2:244960/150‑1 (MQ=255) ttttGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAg < 2:1005994/150‑1 (MQ=255) ttttGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAGTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTCGTGGCCTAg > 2:62484/1‑150 (MQ=255) ttGTTTCCGGCCTATACCTCAGCCGGCAGAACGCCCGCAATGCATGCATGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGa < 2:1088760/150‑1 (MQ=18) ggggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGcc > 1:622888/1‑150 (MQ=255) ggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCt < 2:622888/150‑1 (MQ=255) tCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTcg > 2:27998/1‑97 (MQ=255) tCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTcg < 1:27998/97‑1 (MQ=255) ctccTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGt > 2:1082475/3‑110 (MQ=255) ctccTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGt < 1:1082475/108‑1 (MQ=255) cgcCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTc < 2:383274/150‑1 (MQ=255) ccTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTcccc < 2:38149/98‑1 (MQ=255) ccTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTcccc > 1:38149/1‑98 (MQ=255) cTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGt > 2:829761/1‑107 (MQ=255) cTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGt < 1:829761/107‑1 (MQ=255) | GGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTAAAAAGGCTCGTCGATTATTGATGAGCCTTTTGTTTCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTC > NC_002947/2241992‑2242280 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |