Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,318,392 | G→A | 10.5% | A197A (GCG→GCA) | PP_2039 → | acyl‑CoA dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,318,392 | 0 | G | A | 10.5% | 100.9 / 3.7 | 38 | A197A (GCG→GCA) | PP_2039 | acyl‑CoA dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/19); new base A (2/2); total (17/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
GCACGGCGGGAAGGTGAACACTATGTGCTGAACGGCGCCAAGCGTTACATTTCGGGTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGTGAGCAGGGGCAGGGTTTCAAGCTGGCGATGGGGCGTA > NC_002947/2318243‑2318534 | gCACGGCGGGAAGGTGAACACTATGTGCTGAACGGCGCCAAGCGTTACATTTCGGGTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTCAgcgcg > 2:358084/1‑150 (MQ=255) ggcggGAAGGTGAACACTATGTGCTGAACGGCGCCAAGCGTTACATTTCGGGTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGcctg > 2:598523/1‑148 (MQ=255) gggAAGGTGAACACTATGTGCTGAACGGCGCCAAGCGTTACATTTCGGGTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGA‑TTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCgggggg > 2:709257/1‑149 (MQ=255) tGAACACTATGTGCTGAACGGCGCCAAGCGTTACATTTCGGGTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATTCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGt < 1:23746/150‑1 (MQ=255) tGAACACTATGTGCTGAACGGCGCCAAGCGTTACATTTCGGGTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGt < 1:452545/150‑1 (MQ=255) acTATGTGCTGAACGGCGCCAAGCGTTACATTTCGGGTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGaaa < 2:340449/150‑1 (MQ=255) aCATTTCGGGTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGatt > 1:1071203/1‑129 (MQ=255) aCATTTCGGGTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGatt < 2:1071203/129‑1 (MQ=255) ttCGGGTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTgc < 2:215269/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATg > 2:354631/1‑150 (MQ=255) cccTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCggtggt < 1:217273/138‑1 (MQ=255) cccTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCggtggt > 2:217273/1‑138 (MQ=255) ccTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGAca > 1:1003416/1‑150 (MQ=255) tGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGAcatcat < 1:354631/150‑1 (MQ=255) cGACCTTGCGGGGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCGCGCCGTATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCt < 1:674057/150‑1 (MQ=255) cGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCt > 2:660451/1‑150 (MQ=255) aTTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTtgat < 2:1003416/150‑1 (MQ=255) gCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGAc > 2:771928/1‑150 (MQ=255) gctgctTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCg < 1:771928/150‑1 (MQ=255) ctgctTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCgg < 2:332491/150‑1 (MQ=255) ttGCAGTGACGGATTCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGc > 2:216731/1‑150 (MQ=255) gATCCCGGAAGCGGTGCCCAATGGATGTCGGCATTCGTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAAt < 2:63963/150‑1 (MQ=255) aTCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATc < 1:660451/150‑1 (MQ=255) cTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCa > 1:85665/1‑150 (MQ=255) tGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGAca > 2:697645/1‑110 (MQ=255) tGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGAca < 1:697645/110‑1 (MQ=255) tGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCAt > 1:83750/1‑150 (MQ=255) tGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCTGCGGCCAATCGCATTGGTGAgca < 1:705300/150‑1 (MQ=255) ccAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTACGAGCGTAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGTGAgcaggg < 1:800576/150‑1 (MQ=255) ccAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGTGAgcaggg < 1:208767/150‑1 (MQ=255) gCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCACCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGt > 2:217186/1‑129 (MQ=255) gCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCACCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGt > 2:217171/1‑129 (MQ=255) gCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCACCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGt < 1:217186/129‑1 (MQ=255) gCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCACCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGt < 1:217171/129‑1 (MQ=255) cttcGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGTGAGCAGGGGCAGGGTTTCAAGCTGGc < 1:709257/150‑1 (MQ=255) tcgtcgACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAACTGATTATTCGGTCATGTTCGGCGGTGGGGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGTGAGCAGGGGCAGGGTTTCAAGCTGGCGa > 1:22203/1‑150 (MQ=255) tcgACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGTGAGCAGGGGCAGGGTTTCAAGCTGGCGATgg < 1:216731/150‑1 (MQ=255) cTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGTGAGCAGGGGCAGGGTTTCAAGCTGGCGATGGGGCGt > 1:318866/1‑150 (MQ=255) tGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGTGAGCAGGGGCAGGGTTTCAAGCTGGCGAGGGGGCGTa > 2:611500/1‑150 (MQ=255) | GCACGGCGGGAAGGTGAACACTATGTGCTGAACGGCGCCAAGCGTTACATTTCGGGTGCGCCCTATGCCGACATTGCGGTGCTGCTTGCAGTGACGGATCCTGGACGCGGTGCCCAAGGGATTTCGGCATTCTTCGTCGACCTGAGCGCGCCGGGGGTAAGGGTTGAAAGTGATTATTCGGTCATGTCCGGCGGTGGTGCGCATGGCGACATCATGCTTGATGACGTTCGGGTGCCGGCGGCCAATCGCATTGGTGAGCAGGGGCAGGGTTTCAAGCTGGCGATGGGGCGTA > NC_002947/2318243‑2318534 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |