Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,470,830 | G→A | 9.1% | V118M (GTG→ATG) | PP_2165 → | two‑component system response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,470,830 | 0 | G | A | 9.1% | 115.5 / 3.2 | 44 | V118M (GTG→ATG) | PP_2165 | two‑component system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/22); new base A (2/2); total (20/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 |
CGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATG > NC_002947/2470683‑2470976 | cGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTg > 1:137251/1‑150 (MQ=255) ggtcagCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTgcgccg > 2:775485/1‑150 (MQ=255) gcgagcgTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGccc > 2:330458/1‑150 (MQ=255) gagcgTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTc > 1:225492/1‑150 (MQ=255) gcgTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGa < 2:1043053/150‑1 (MQ=255) gccgcAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGATGCGCCGCGCCCTCGACCGCTc > 2:689898/1‑150 (MQ=255) gccgcAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGATGCGCCGCGCCCTCGACCGCTc > 2:689813/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCtt > 1:644422/1‑150 (MQ=255) tGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGGGGGAGCGGTGCGGCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGGGCTgg > 1:892281/1‑150 (MQ=255) ggTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTAc > 2:677148/1‑150 (MQ=255) gCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACcgc < 2:532385/150‑1 (MQ=255) ggCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGAc < 2:855451/150‑1 (MQ=255) gTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCCCGCCTTGTGCTGGAGAGCCTCCGCTAGCGCGACAAg > 2:238617/1‑150 (MQ=255) tCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGc < 2:769526/150‑1 (MQ=255) aTGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTc > 1:1126305/1‑150 (MQ=255) tGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAgc < 2:372452/150‑1 (MQ=255) aTGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCAGT‑GCAGACGTGTGCTCTTC‑CGATACATTCGGTGCGCCTCGTCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAgccg < 1:524002/150‑1 (MQ=255) gAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACcgc < 1:1108944/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTg > 1:986778/1‑150 (MQ=255) gcCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAgg < 1:330458/150‑1 (MQ=255) gcgcCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGcc < 2:184085/150‑1 (MQ=255) cgccgcCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCt < 1:238617/150‑1 (MQ=255) cgccgACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCa < 2:687792/150‑1 (MQ=255) gccgACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGATGCGCCGCGCCCTCGCCCGCCTGCACATTGTGCTGCAACGCCTTCTCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCAc < 1:689898/150‑1 (MQ=255) gccgACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGATGCGCCGCGCCCTCGACAAATACCCGATAGTGCTGGAACGCCGGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCAc < 1:689813/150‑1 (MQ=255) aCCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGc < 2:117725/150‑1 (MQ=255) cTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCag > 1:649362/1‑150 (MQ=255) tcatcaAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAg > 1:960817/1‑128 (MQ=255) tcatcaAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAg < 2:960817/128‑1 (MQ=255) atcaAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCaggag < 2:137251/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAAcc < 2:715966/110‑1 (MQ=255) gCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAAcc > 1:715966/1‑110 (MQ=255) gCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCaggag > 2:586645/1‑145 (MQ=255) gCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCaggag < 1:586645/145‑1 (MQ=255) gCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCa < 2:225492/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACCCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCa < 1:50544/150‑1 (MQ=255) gCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGAc < 2:986778/150‑1 (MQ=255) ggAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCaggag > 2:1113696/1‑139 (MQ=255) ggAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCaggag < 1:1113696/139‑1 (MQ=255) aCCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTc > 1:343532/1‑150 (MQ=255) cTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGc > 2:348526/1‑150 (MQ=255) ttCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGa > 2:3150/1‑122 (MQ=255) ttCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGa < 1:3150/122‑1 (MQ=255) tCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATg < 1:775485/150‑1 (MQ=255) | CGTCAGGTCAGCGAGCGTGCGCCGCAGTTGCCGGTGATCGTGGTGTCCGGTGCCGGCGTCATGAGTGATGCGGTGGAAGCGTTGCGCCTGGGCGCCGCCGACTACCTCATCAAGCCGCTGGAAGACCTG‑GCCGTACTCGA‑GCATTCGGTGCGCCGCGCCCTCGACCGCTCGCGCCTTGTGCTGGAAAACCAGCGCTACCGCGACAAGCTCGAAGCCGCCAACCGCGAACTGGAGGCCAGCCTGCACCTGTTGCAGGAGGACCAGACCGCCGGTCGCCAGGTGCAGATGAACATG > NC_002947/2470683‑2470976 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |