| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,680,476 | A→T | 14.3% | A274A (GCT→GCA) ‡ | PP_2350 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,680,476 | 0 | A | T | 14.3% | 98.2 / 8.7 | 41 | A274A (GCT→GCA) ‡ | PP_2350 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/15); new base T (3/3); total (23/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
ACTGCTTGCCGGTGCTTGATGGCGACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTGCCTGCGGTACCCGCTCGAACACGCCGCTGTCCAGATAGGCCTGCA > NC_002947/2680330‑2680618 | aCTGCTTGCCGGTGCTTGATGGCGACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCt > 2:122869/1‑150 (MQ=255) cTGCTTGCCGGTGCTTGATGGCGACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTa < 1:122869/150‑1 (MQ=255) cTTGCCGGTGCTTGATGGCGACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCa > 1:66663/1‑150 (MQ=255) cTTGATGGCGACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCTGGTAGCTGCCGgcgcca < 1:999217/150‑3 (MQ=255) ttGATGGCGACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGTCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAgg > 1:447081/1‑150 (MQ=255) ggCGACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATcgc < 1:100715/150‑1 (MQ=255) cGACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCTGGTAGCTGCCGgcgcca < 2:179484/142‑3 (MQ=255) cGACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCTGGTAGCTGCCGgcgcca > 1:179484/1‑140 (MQ=255) gACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCgg < 2:1007041/136‑1 (MQ=255) gACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCgg > 1:1007041/1‑136 (MQ=255) gACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCgg < 2:1007024/136‑1 (MQ=255) gACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCgg > 1:1007024/1‑136 (MQ=255) gACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGaa < 2:1110639/150‑1 (MQ=255) cAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGGTCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCCGGATCGCGCAgg > 1:973148/1‑150 (MQ=255) gggTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCAAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAgg < 2:638053/150‑1 (MQ=255) ccAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGt > 1:826627/1‑150 (MQ=255) gaccgaccTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTcgc < 1:777986/150‑1 (MQ=255) tGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGt < 1:772236/150‑1 (MQ=255) aTCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTgg < 1:1034071/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGtt < 2:975119/121‑1 (MQ=255) tCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGtt > 1:975119/1‑121 (MQ=255) tCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCAGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTGCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAgg > 2:221865/1‑150 (MQ=255) gTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTc < 1:991733/150‑1 (MQ=255) tGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAg > 1:1087584/1‑150 (MQ=255) aGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGaa > 2:181091/1‑150 (MQ=255) cAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACt > 1:638764/1‑150 (MQ=255) aaGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTc < 1:296627/150‑1 (MQ=255) aTCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCgg > 2:192655/1‑150 (MQ=255) aTCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCgg > 1:668131/1‑150 (MQ=255) ttCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTGCCTGCg > 2:1097797/1‑150 (MQ=255) ttCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTGCCTGCg < 2:776525/150‑1 (MQ=255) ctggTCACAGCGCTGGGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTGCCTGCGGTACCCGCtg > 2:841104/3‑149 (MQ=255) ccAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTACCTGCGGTACCCTCTCGAacac > 2:255561/1‑150 (MQ=255) aCCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTGCCTGCGGTACCCGCTCGAACACGCCGCTGTCCa > 1:1004262/1‑150 (MQ=255) ccAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCAAGTTCGCGTGGGTACAAAAGGAAAGTGGGGTAGCTAAAGGCCGGTGGCTGCGTGTCACGCTCGAACACGCCGCTGTCCAg > 2:345811/1‑150 (MQ=255) gTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTGCCTGCGGTACCCGCTCGaa < 1:62439/132‑1 (MQ=255) gTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTGCCTGCGGTACCCGCTCGaa > 2:62439/1‑132 (MQ=255) gCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTGCCTGCGGTACCCGCTCGAACACGCCGCTGTCCAGATAGGc < 2:826627/150‑1 (MQ=255) ctgcgcCGGCTGGTAGCTGCCGGCGCCGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCgg < 2:884461/89‑1 (MQ=37) tgcgcCGGCTGGTAGCTGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTGCCTGCGGTACCCGCTCGAACACGCCGCTGTCCAGATAGGCCTg > 2:1028565/2‑150 (MQ=255) cgcCGGCTGGTAGCTGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTGCCTGCGGTACCCGCTCGAACACGCCGCTGTCCAGATAGGCCTGca > 1:153577/1‑150 (MQ=255) | ACTGCTTGCCGGTGCTTGATGGCGACAAGCTGGTGGGGGTGATCACCCAGACCGACCTGATCGCCGGCCTCAAGCGTCAGTTGCTCAGCAAGATCGAGGCTTCAGATAACCGGGTCCCAGCGTTGTGACCAGTCGCTGGCGCCGGCAGCTACCAGCCGGCGCAGGATCGCGAAGGCCTGTTGCAGGGCTTCGCTGTCGCGTTTGCGTGGGTACACCAGGAAGGTCGGGTAGGTGAACTCCGGTGCCTGCGGTACCCGCTCGAACACGCCGCTGTCCAGATAGGCCTGCA > NC_002947/2680330‑2680618 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |