| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,685,639 | T→A | 14.4% | Q709L (CAG→CTG) | PP_2354 ← | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,685,639 | 0 | T | A | 14.4% | 101.9 / 8.9 | 41 | Q709L (CAG→CTG) | PP_2354 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/16); new base A (3/3); total (22/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
AACACCACCGGCAGGCGGGGATACCGTTCGCGGGCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCGACTGACTGAGCACTGCTGGCACGGGTTCGTTCACCATC > NC_002947/2685498‑2685785 | aaCACCACCGGCAGGCGGGGATACCGTTCGCGGGCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCAcc < 1:154785/150‑1 (MQ=255)aaCACCACCGGCAGGCGGGGATACCGTTCGCGGGCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCACAcc < 1:802339/150‑1 (MQ=255) caccacCGGCAGGCGGGGATACCGTTCGCGGGCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCAGGCGCAcagc < 1:184648/150‑4 (MQ=255) caccGGCAGGCGGGGATACCGTTCGCGGGCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTa > 2:752047/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGGGATACCGTTCGCGGGCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTa < 1:142174/150‑1 (MQ=255) gTTCGCGGGCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACAt > 1:955599/1‑150 (MQ=255) gggCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGNCTa < 2:697402/150‑1 (MQ=255) gggCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTa > 2:169400/1‑150 (MQ=255) ggCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAg < 2:886727/150‑1 (MQ=255) ggCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAg > 2:353296/1‑150 (MQ=255) ccagcGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGt > 2:371372/1‑150 (MQ=255) gtgCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAggt < 1:500874/150‑1 (MQ=255) aTTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGgtcgtc > 1:1066357/1‑150 (MQ=255) aaCTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATGCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTcc > 1:388876/1‑150 (MQ=255) tCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTTGCGCACCAGGTGGTCGTCGTccacc > 1:280885/1‑150 (MQ=255) cGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTccacca < 1:353296/150‑1 (MQ=255) gCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACcagca < 2:203204/150‑1 (MQ=255) gCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACcagca > 1:999469/1‑150 (MQ=255) aTGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGt < 1:167760/150‑1 (MQ=255) tcagTAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTAt > 2:461293/1‑150 (MQ=255) tcagCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTa < 1:589350/99‑1 (MQ=255) tcagCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTa > 2:589350/1‑99 (MQ=255) tGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGa > 1:1087395/1‑150 (MQ=255) gtcATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCga < 1:635938/150‑1 (MQ=255) tCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGc < 1:285717/139‑1 (MQ=255) tCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGc > 2:285717/1‑139 (MQ=255) tCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCAGGCGCAca < 2:1093833/45‑2 (MQ=255) tCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCAGGCGCAca > 1:1093833/1‑44 (MQ=255) cAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGACGACGaccacctgg < 1:31340/109‑4 (MQ=255) cAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGACGACGaccacctgg > 2:31340/1‑106 (MQ=255) aaGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCGACTGACTGAGc > 1:35278/1‑150 (MQ=255) ggCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCGACTGACTGAGCAc > 1:161543/1‑150 (MQ=255) aaTGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCGACTGACTGAGCActgct < 1:752047/150‑1 (MQ=255) cTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCCCCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCGACTGACTGAGCACTGCTGGCACggg < 2:161543/150‑1 (MQ=255) cgcTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCGACTGACTGAGCACTGCTGGCACGGgttcgt > 1:612483/1‑150 (MQ=255) cgcTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCGACTGACTGAGCACTGCTGGCACGGgttcgt > 2:933071/1‑150 (MQ=255) ggtgCGCCAGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGc > 2:694279/2‑105 (MQ=255) ggtgCGCCAGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGc < 1:694279/104‑1 (MQ=255) ggtgCGCCAGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCGACTGACTGAGCACTGCTGGCACGGGTTCGTTCa > 2:841366/2‑150 (MQ=255) gcCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCGACTGACTGAGCACTGCTGGCACGGGTTCGTTCACCAtc > 2:43764/1‑150 (MQ=255) gcCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCGACTGACTGAGCACTGCTGGCACGGGTTCGTTCACCAtc < 1:301942/150‑1 (MQ=255) | AACACCACCGGCAGGCGGGGATACCGTTCGCGGGCAGCCAGCGCCAGTTGTGCACCATTGAACTCGGGCATGGCGAAATCAGTCAGCAGCAGGTCAATGTCGTCATCCAGCAAGGCCAATGCCTGCTCGCCGCTGTGCGCCTGGCGCACCTGGTAGCCGTATTGGCGTAACACATCGCCTAGCATGTCGCGCACCAGGTGGTCGTCGTCCACCAGCAGTACCGTGCGGTTATGGCCGCTTTCGCTGATCGACTGACTGAGCACTGCTGGCACGGGTTCGTTCACCATC > NC_002947/2685498‑2685785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |