| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,776,725 | C→G | 13.2% | S343S (TCC→TCG) | sotB → | sugar efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,776,725 | 0 | C | G | 13.2% | 149.2 / 14.8 | 53 | S343S (TCC→TCG) | sotB | sugar efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/23); new base G (4/3); total (27/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
GGTTCGATCGGGGTACTCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGCCTGGTGGGCGGCAGCGTGGCAGTGGTCGGGCT > NC_002947/2776576‑2776871 | ggTTCGATCGGGGTACTCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTcc < 2:71877/150‑1 (MQ=255)ggTTCGATCGGGGTACTCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTcc > 2:625880/1‑150 (MQ=255) ttCGATCGGGGTACTCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGa < 2:1018761/150‑1 (MQ=255) gATCGGGGTACTCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGc > 1:847070/1‑150 (MQ=255) gATCGGGGTACTCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGc > 2:372968/1‑150 (MQ=255) gggTACTCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTTTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCGGACGCCagct > 1:410986/1‑147 (MQ=255) aCTCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCGGACGCCagcttcag < 2:410986/150‑8 (MQ=255) cTCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGTCGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGAtgtg < 1:11978/150‑1 (MQ=255) cTCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTATCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCATTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGAtgtg < 1:291214/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCTTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTgg > 2:768767/1‑150 (MQ=255) gCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGgcgc < 1:625880/150‑1 (MQ=255) gCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTtctc > 1:793996/1‑150 (MQ=255) gCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTtctc > 2:146310/1‑150 (MQ=255) gATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCa > 1:963591/1‑134 (MQ=255) gATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCa < 2:963591/134‑1 (MQ=255) tGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTa < 1:522082/150‑1 (MQ=255) ccGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTCGAGAAGCTAATTATTTTCTGGGTCCTCGCAGTTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTac < 2:88654/150‑1 (MQ=255) tCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATc < 2:358870/150‑1 (MQ=255) cGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCg < 1:737877/150‑1 (MQ=255) cTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTgg > 1:778807/1‑150 (MQ=255) tgtTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGgtggtg > 2:405502/1‑150 (MQ=255) tgtTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGgtggtg < 2:973454/150‑1 (MQ=255) tGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCgct > 1:137410/1‑150 (MQ=255) aGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCgctgct > 2:1096025/1‑150 (MQ=255) tGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCa < 1:405502/150‑1 (MQ=255) aTGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTGTc > 2:54006/1‑150 (MQ=255) ttCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTc > 2:780025/1‑150 (MQ=255) tCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTca < 1:775976/150‑1 (MQ=255) cTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTcag < 2:847070/150‑1 (MQ=255) gCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCAtt > 1:1047160/1‑108 (MQ=255) gCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCAtt < 2:1047160/108‑1 (MQ=255) ttCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCggtg > 1:1111308/1‑111 (MQ=255) ttCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCggtg < 2:1111308/111‑1 (MQ=255) ttCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCgg < 1:832941/76‑1 (MQ=255) ttCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCgg > 2:832941/1‑76 (MQ=255) ttCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGat > 2:740949/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGGCTGCGCTGGTGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCg > 2:1062174/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCCCCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCGGCTGGGCAGTATCGGCCGCCACCCGATGGGTGTGGCGGATATCgg > 2:58525/1‑150 (MQ=255) aGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGCCTGGTGggcg < 1:740949/150‑1 (MQ=255) tCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGATGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGCCTGGTGggcggc > 1:29077/1‑150 (MQ=255) ccAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGCCTGGTGGGCGGCa < 1:780025/150‑1 (MQ=255) aaGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATg > 2:497381/1‑42 (MQ=255) aaGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATg < 1:497381/42‑1 (MQ=255) ccTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCa > 2:847109/1‑92 (MQ=255) ccTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCa < 1:847109/92‑1 (MQ=255) cTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGc > 2:116901/1‑129 (MQ=255) cTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGc < 1:116901/129‑1 (MQ=255) tcggtGGCGTCGGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCTCCGAGATGGATGTGGCGGATATCGGCCTGGTGGGCGGCAGCGTGGCAGTg > 1:618635/5‑150 (MQ=255) ggtGGCGTCGGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTcagca > 1:924073/3‑98 (MQ=255) ggtGGCGTCGGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTcagca < 2:924073/96‑1 (MQ=255) gtGGCGTCGGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGCCTGGTGggc > 1:385962/2‑132 (MQ=255) gtGGCGTCGGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGCCTGGTGggc < 2:385962/131‑1 (MQ=255) cTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGCCTGGTGGGCGGCAGCGTGGCAGTGGTc < 1:372968/150‑1 (MQ=255) ggCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGCCTGGTGGGCGGCAGCGTGGCAGTGGTCgg < 1:1096025/150‑1 (MQ=255) gTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCGGTTACAACGGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGCCTGGTGGGCGGCAGCGTGGCAGTGGTCGTGCt > 1:68862/1‑150 (MQ=255) | GGTTCGATCGGGGTACTCGCCGCGTGCCTGTTGCTGATGTTGCCGCTGTCGGGCAACTTCTATGTGTTTGCAGTGCTGAGCATGTTCTGGGGCGTGGCAATTCTCAGCTTCAGCCTGGCGCTGCAGTCCAAGACCCTGAAGCTGGCGTCCGACGCCACCGATGTGGCCATGGCGCTGTTCTCGGGTATCTACAACATCGGCATTGGCGGTGGTGCGCTGCTGGGCAGTATCGTCAGCAGCCAGATGGATGTGGCGGATATCGGCCTGGTGGGCGGCAGCGTGGCAGTGGTCGGGCT > NC_002947/2776576‑2776871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |