Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,972,365 | C→T | 8.0% | D518N (GAT→AAT) | PP_2600 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,972,365 | 0 | C | T | 8.0% | 137.2 / 2.9 | 50 | D518N (GAT→AAT) | PP_2600 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/24); new base T (2/2); total (24/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
CTGCACCCCGGCAATGTGCCGCCCGGCGACATAGCCAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGGCGCCACGCAAGGGTTAGGGCCCTTGTGCTGTGGGTCACCCTGCTTGCGGTTG > NC_002947/2972216‑2972513 | cTGCACCCCGGCAATGTGCCGCCCGGCGACATAGCCAAGGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATc > 1:808163/1‑150 (MQ=255) cTGCACCCCGGCAATGTGCCGCCCGGCGACAGAGCCAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATc > 1:471350/1‑150 (MQ=255) gCACCCCGGCAATGTGCCGCCCGGCGACATAGCCAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCa < 1:509102/150‑1 (MQ=255) aCCCCGGCAATGTGCCGCCCGGCGACATAGCCAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGt < 1:177562/150‑1 (MQ=255) ccGGCAATGTGCCGCCCGGCGACATAGCCAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTaca > 1:940792/1‑150 (MQ=255) aTGTGCCGCCCGGCGACATAGCCAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGGAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCa < 2:690495/150‑1 (MQ=255) gccCGGCGACATAGCCAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGATGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGt > 1:53665/1‑150 (MQ=255) cGGCGACATAGCCAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCgg > 2:828690/1‑150 (MQ=255) cGACATAGCCAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTgc < 1:1090371/150‑1 (MQ=255) gCCAACGGTACGCGCCTGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAAccc > 2:596398/1‑150 (MQ=255) ccAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCg > 2:941324/1‑150 (MQ=255) ccAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGATGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCg < 2:53665/150‑1 (MQ=255) cAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATTCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCgg > 1:228639/1‑150 (MQ=255) cAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATTCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCgg > 1:228615/1‑150 (MQ=255) aaaGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGc > 2:791112/1‑150 (MQ=255) aaaGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGc > 1:115764/1‑150 (MQ=255) tCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAgg > 2:296236/1‑150 (MQ=255) cAGCTCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCATCAAACACGCGGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCCCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGt < 1:509717/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATTCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGt < 2:228639/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATTCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGt < 2:228615/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGt < 1:133618/150‑1 (MQ=255) ccGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCaa > 1:48926/1‑150 (MQ=255) ccAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGACGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGc > 1:5370/1‑150 (MQ=255) cAGGTGGATGCCGCCCGCCGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGcc < 1:149727/150‑1 (MQ=255) cgccCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACtt > 1:589040/1‑150 (MQ=255) cGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCAc > 1:143231/1‑150 (MQ=255) ccAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGaa < 2:940792/150‑1 (MQ=255) cAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAAc > 2:791056/1‑150 (MQ=255) cAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAAc > 2:1062753/1‑150 (MQ=255) ccaccaAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑Gc < 2:897970/150‑1 (MQ=255) ccaccaAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑Gc > 2:239760/1‑150 (MQ=255) accaAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCaaa > 1:116247/1‑105 (MQ=255) accaAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCaaa < 2:116247/105‑1 (MQ=255) accaAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑Gccc > 2:709810/1‑150 (MQ=255) acacGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCt < 1:941324/150‑1 (MQ=255) cacGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTc < 1:709810/150‑1 (MQ=255) cTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATg < 1:952201/150‑1 (MQ=255) cTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATg < 1:828690/150‑1 (MQ=255) gCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGgc < 1:1062753/150‑1 (MQ=255) cATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGgcgc < 1:596398/150‑1 (MQ=255) tACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGGCGCCAc > 2:142229/1‑134 (MQ=255) tACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGGCGCCAc < 1:142229/134‑1 (MQ=255) gCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTgc < 1:832058/53‑1 (MQ=255) gCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTgc > 2:832058/1‑53 (MQ=255) gCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACTGCCGGGCATTACATAC‑CCGAAGAGCACACGTCTGAGCTCGAGTGGCGCCACGCAAGGGTTAGGGCCCTtgtg > 1:805760/1‑150 (MQ=255) gCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGGCGCCACGCAAGGGTTAGGGCCCTtgtg < 1:791112/150‑1 (MQ=255) cAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGGCGCCACGCAAGGGTTAGGGCCCTTGTGCtgtg < 2:471350/150‑1 (MQ=255) aaaTCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGGCGCCACGCAAGGGTTAGGGCCCTTGTGCtgtg < 1:296236/149‑1 (MQ=255) ccGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGGCGCCACGCAAGGGTTAGGGCCCTTGTGCTGTGGGTCACCCTGCt > 1:164077/1‑150 (MQ=255) cGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGGCGCCACGCAAGGGTTAGGGCCCTTGTGCTGTGGGTCACCCTGCtt < 1:430207/150‑1 (MQ=255) gCCGCATCCAGGACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGGCGCCACGCAAGGGTTAGGGCCCTTGTGCTGTGGGTCACCCTGCTTg < 2:808163/150‑1 (MQ=255) tCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAAACCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGGCGCCACGCAAGGGTTAGGGCCCTTGTGCTGTGGGTCACCCTGCTTGCGGTTg > 2:138732/1‑150 (MQ=255) | CTGCACCCCGGCAATGTGCCGCCCGGCGACATAGCCAAAGGTCAGCGCCGGCCCCAGGTTGATGCCGCCCGACGGGTACCAGCCACCAAACACGCTGGCCATGTCGGTACCTGCTGCATACAGGCCTGCAATCGGTTGCCCCGCCTCATCCAGTACACGGGCATTGCCGTCGGTGCGCAACCCGGCAAAGGTGCCAAAACAGCCGGGCTTTACTTTCACCGCATAGAACG‑GCCCGTGCTCGATGGGCGCCACGCAAGGGTTAGGGCCCTTGTGCTGTGGGTCACCCTGCTTGCGGTTG > NC_002947/2972216‑2972513 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |