| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,123,227 | G→C | 13.7% | G207R (GGG→CGG) ‡ | PP_2740 → | MerR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,123,227 | 0 | G | C | 13.7% | 140.7 / 11.8 | 51 | G207R (GGG→CGG) ‡ | PP_2740 | MerR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/20); new base C (3/4); total (27/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGTCCGCTGGC > NC_002947/3123082‑3123366 | ccGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGCGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCa > 2:193393/1‑150 (MQ=255) tgctgctgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGc < 2:234303/150‑1 (MQ=255) tgctgctgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCCCGCAGCCga < 2:493929/150‑2 (MQ=255) gctgctgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCt > 1:611973/1‑150 (MQ=255) gctgctgcGCTGGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCCCGCAGCCgag < 1:506747/150‑3 (MQ=255) ctgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGaa > 1:143797/1‑150 (MQ=255) ctgcGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGaa < 1:762195/150‑1 (MQ=255) cgcTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGCCGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAagag > 2:453642/1‑150 (MQ=255) gCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTccc < 2:5437/150‑1 (MQ=255) aTGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCgctg > 1:905650/1‑150 (MQ=255) cAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCtgtgt > 1:219964/1‑150 (MQ=255) cAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCtgt > 2:717244/1‑148 (MQ=255) cAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCtgt < 1:717244/148‑1 (MQ=255) tgctgGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCAc > 2:54434/1‑150 (MQ=255) tgctgGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCAc > 2:52500/1‑150 (MQ=255) tgGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTgg > 2:753284/1‑150 (MQ=255) gggTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCCCGCAGCCgagcac < 2:956388/102‑6 (MQ=255) gggTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCCCGCAGCCgagcac > 1:956388/1‑97 (MQ=255) ggTACCGACGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATc < 2:611973/150‑1 (MQ=255) aGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGc < 1:926865/150‑1 (MQ=255) gggTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCa < 1:164125/150‑1 (MQ=255) gTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGc > 2:215683/1‑150 (MQ=255) tCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCa < 1:269641/147‑1 (MQ=255) tCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCa > 2:269641/1‑147 (MQ=255) tCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGcc > 1:775324/1‑150 (MQ=255) gCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCg > 2:372558/1‑150 (MQ=255) gCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCg > 2:372525/1‑150 (MQ=255) tgttgtGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCt > 2:64623/1‑150 (MQ=255) tgtgCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCCCCCCGCTGCACTTGGGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTgg < 1:193393/150‑1 (MQ=255) cgcCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCaa < 1:210155/150‑1 (MQ=255) ccGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAgc < 1:64623/150‑1 (MQ=255) gctgctGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTTATCGCGCGGCAGCCACCGGTGCGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCt < 1:453642/150‑1 (MQ=255) tgTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCa < 2:1045072/116‑1 (MQ=255) tgTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCa > 1:1045072/1‑116 (MQ=255) agcagcGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAaga > 2:317562/1‑53 (MQ=255) agcagcGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAaga < 1:317562/53‑1 (MQ=255) gcgaCAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCACGCGCCTGCGCTGGCTGCAGGTggg > 1:51136/1‑149 (MQ=255) gcgaCAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGa < 1:372525/150‑1 (MQ=255) gcgaCAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGa < 1:372558/150‑1 (MQ=255) gCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAattgatt > 2:331414/1‑150 (MQ=255) gCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAattgact > 2:957586/1‑148 (MQ=255) aTCGACTTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGTGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGt > 2:502068/1‑150 (MQ=255) aTCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGcc < 2:97060/121‑1 (MQ=255) aTCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGcc > 1:97060/1‑121 (MQ=255) ttccagcGGCTGCCCGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCAATGGAGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTCCAGATGGAAAGTGATTGTCCGCt > 2:519207/7‑150 (MQ=255) cGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGTCCGCt < 1:215683/150‑1 (MQ=255) gCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGTCCGCTGGc < 2:219964/150‑1 (MQ=255) gcGGCTGCCCGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAattga > 2:744789/2‑136 (MQ=255) gcGGCTGCCCGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAattga < 1:744789/135‑1 (MQ=255) tGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGATGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCAc < 2:1029496/79‑1 (MQ=255) tGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGATGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCAc > 1:1029496/1‑79 (MQ=255) | CCGGCTGCTGCTGCGCTTGCAGATGAACCAGGTCGATGCGCCGCGGGTGCTGCTGGCGGGTACCGAGGGTCAAGCCGAATGCCAGGTGTTGTGCGCCGGGCTGCTGTTGAGCAGCGAGCGACAACGCATCGACGTGCTCGGCTGCGGGCAGCCGCTGGAAGAGCTCCCGCTGCTGTGTGCAGCGGTGCAGCCTGCGGCACTGGTGATCGCGCTGCAGCCACCGGTGAGCCCTGCCTTGGCCAAGCGCCTGCGCTCGCTGCAGATGGAAATTGATTGTCCGCTGGC > NC_002947/3123082‑3123366 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |