Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,183,372 | A→C | 7.3% | E330A (GAG→GCG) ‡ | PP_2793 → | acyl‑CoA dehydrogenase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,183,372 | 0 | A | C | 7.3% | 144.3 / 4.5 | 55 | E330A (GAG→GCG) ‡ | PP_2793 | acyl‑CoA dehydrogenase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/28); new base C (2/2); total (25/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.39e-01 |
GGGCGAGCACCAGGGCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGA > NC_002947/3183223‑3183512 | gggCGAGCACCAGGGCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGa > 2:865287/1‑150 (MQ=255) aCCAGGGCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCtgt < 1:620958/150‑1 (MQ=255) cAGGGCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTgg > 2:131943/1‑150 (MQ=255) ggggCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGCCCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCTCGGCGCtgatca < 2:153930/149‑5 (MQ=255) ggCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCgg < 1:54023/150‑1 (MQ=255) cgggggTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTAGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGggt < 2:531766/147‑1 (MQ=255) gTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGggtg < 1:931946/150‑1 (MQ=255) tGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGggtgg < 1:245255/150‑1 (MQ=255) tttCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTAGa > 2:1110461/1‑150 (MQ=255) ttCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGAt > 2:390498/1‑150 (MQ=255) aTGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACTAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGt < 1:131943/150‑1 (MQ=255) gCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGAATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGtt < 2:47893/145‑1 (MQ=255) gCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGAATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGtt > 1:47893/1‑145 (MQ=255) cGACAACATGCTCGAGCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCa > 2:1123299/1‑150 (MQ=255) aacaTGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTa > 2:722162/1‑150 (MQ=255) acaTGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTAt < 1:1090586/150‑1 (MQ=255) caTGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTAtt > 1:170576/1‑150 (MQ=255) atgatgGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTg < 2:170576/150‑1 (MQ=255) tgatgGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGGCCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTgg < 1:968476/150‑1 (MQ=255) gatgGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCACGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGGGGTCCATCGTTGCGTCCAGGCATTggg > 2:194546/1‑150 (MQ=255) atgGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGt < 2:377057/150‑1 (MQ=255) aCCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGAc > 1:835023/1‑150 (MQ=255) cTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCTCGGCGCtga < 2:213273/109‑2 (MQ=255) cTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCTCGGCGCtga > 1:213273/1‑108 (MQ=255) cTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGgc < 2:114100/104‑1 (MQ=255) cTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGgc > 1:114100/1‑104 (MQ=255) cACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCggg < 1:15254/150‑1 (MQ=255) cGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCTGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCTGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTAGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGt < 2:583720/150‑1 (MQ=255) gTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCgtg < 1:548850/150‑1 (MQ=255) tCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGCCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCgtgg > 2:764466/1‑150 (MQ=255) tGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCgtggtg > 1:709410/1‑150 (MQ=255) gCAGTGCGCCTGGGTGCTCGCCCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGa < 2:1082416/150‑1 (MQ=255) aCTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCACGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGNCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGc < 1:194546/150‑1 (MQ=255) cTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCg < 1:678607/150‑1 (MQ=255) tCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCgtgg > 2:396671/1‑129 (MQ=255) tCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCgtgg < 1:396671/129‑1 (MQ=255) aCCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCggg > 2:86150/1‑116 (MQ=255) aCCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCggg < 1:86150/116‑1 (MQ=255) cAGGGCCGGCGCGCCCATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGCTCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGCCCGGGGCCACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGCCATTCGc < 2:220317/150‑1 (MQ=255) cAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGAGGGGTGCCCGGGGAAACCGTTGTTGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGc < 1:865287/150‑1 (MQ=255) aGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGGGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTTGAGCGGCTCTTCCGCGAAATTCGcc > 2:292909/1‑150 (MQ=255) tGTCGATTCGAGCCTGGCCAAGGTGATCAGCGTCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTGTTGGGTGGACGCGGTGTGACCGGGGACACCGTGGTGGTGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGa < 2:111411/150‑1 (MQ=255) aTTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTAt > 2:589168/1‑143 (MQ=255) aTTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTAt < 1:589168/143‑1 (MQ=255) aTGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGaa < 1:635448/150‑1 (MQ=255) gCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTg > 2:1105478/1‑150 (MQ=255) ccAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGGCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGc > 2:107959/1‑150 (MQ=255) aaGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGtt > 1:286010/1‑43 (MQ=255) aaGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGtt < 2:286010/43‑1 (MQ=255) ccacAGCGCCTCGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCAt > 2:365036/4‑150 (MQ=255) aTCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGCGCGGATCTTCCCCCACGCCCACTGGCTGCGGATCGAGGACTTCCCGAGCGAAGTGAACCGCATg > 2:851685/1‑150 (MQ=255) aTCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATg > 1:718143/1‑150 (MQ=255) tCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGa > 2:421417/1‑150 (MQ=255) tCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGa < 1:722162/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGccc > 2:653770/1‑128 (MQ=255) aGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGccc < 1:653770/128‑1 (MQ=255) | GGGCGAGCACCAGGGCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGA > NC_002947/3183223‑3183512 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |