| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,216,734 | C→G | 10.9% | A869G (GCC→GGC) | mexD → | multidrug RND transporter MexD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,216,734 | 0 | C | G | 10.9% | 125.1 / 8.6 | 46 | A869G (GCC→GGC) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/21); new base G (2/3); total (22/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
ATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGTGTGGGCGGTGACGCTCACCGGCATGCCCAAC > NC_002947/3216586‑3216882 | aTCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGcc > 2:817518/1‑150 (MQ=255) aTCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATAGGCTACCCCTGGCCGGGCCCTCCCTACCGGCACACGGCCTCCAGCGGCGAGGCTGCCAGCCTg > 2:68053/1‑150 (MQ=255) tCGCCGGCGACGTCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGt < 2:959861/150‑1 (MQ=255) cGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGGCAGCCTggc < 1:974435/150‑3 (MQ=255) cGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGGCAGCCTggc < 1:974377/150‑3 (MQ=255) gCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGCAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTc < 2:627141/150‑1 (MQ=255) gCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGccc > 2:1044651/1‑150 (MQ=255) aCGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTgg < 1:190500/150‑1 (MQ=255) 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caATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCtggtgg < 1:969595/150‑1 (MQ=255) aaaTGGCGGGGATGGGTCGCCGGGTCGGCGGGCGCCCGCCAGGTATCGGCTCCGCCGGGAGGGGCCTTCCCTCCCGGGGGAGGGTCCCCGGCGGCCGGGCGCCCGGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCGGGTGGTGTTCCGGCTGCgggtgg < 2:757149/149‑1 (MQ=255) aaTGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGgc > 2:1012109/1‑150 (MQ=255) gCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTg > 1:418940/1‑150 (MQ=255) tGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGaaa < 2:482885/150‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCa < 2:607342/91‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCa > 1:607342/1‑91 (MQ=255) cAGGGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATccc < 1:462068/150‑1 (MQ=255) cgccAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGa < 2:725410/150‑1 (MQ=255) gTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTAAAGATCCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGa < 1:68053/150‑1 (MQ=255) tCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCg > 1:234864/1‑150 (MQ=255) gCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTAc < 1:659451/150‑1 (MQ=255) gCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTAc > 2:853572/1‑150 (MQ=255) tACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCg > 1:376432/1‑150 (MQ=255) cGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGAt > 2:40388/1‑150 (MQ=255) cTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCt < 1:831283/99‑1 (MQ=255) cTGGACGGGCCTTTAATACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCt > 2:831283/1‑99 (MQ=255) gCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTgg > 1:462826/1‑150 (MQ=255) tACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGgtg > 1:1016552/1‑150 (MQ=255) ccAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGtgtg > 1:144954/1‑150 (MQ=255) ccAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGtgtg < 1:486118/150‑1 (MQ=255) agaAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGTGTGGGCgg < 2:489021/150‑1 (MQ=255) aaGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGTGTGGGCGGTg > 2:306739/1‑150 (MQ=255) 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gaacAGGCTGGCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGTGTGGGCGGTGACGCTCACCGGc > 2:486637/4‑150 (MQ=255) gCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTAGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGTGTGGGCGGTGACGCTCACCGGCa > 1:488265/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGTGTGGGCGGTGACGCTCACCGGCATg > 1:1026763/1‑150 (MQ=255) ggCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGTGTGGGCGGTGACGCTCACCGGCATGcc < 2:462826/150‑1 (MQ=255) gCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGTGTGGGCGGTGACGCTCACCGGCATGCCCAac < 2:1016552/150‑1 (MQ=255) gCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGTGTGCACGGTTAGGCTCTCCTGCGTGCCCAac < 2:376432/150‑1 (MQ=255) | ATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTGGTGTTCCTGCTGCTGGTGGCGCTGTACGAAAGCTGGGCGATCCCGCTGACGGTGATGCTGATCGTACCGATCGGTGCCCTGGGCGCGGTGTGGGCGGTGACGCTCACCGGCATGCCCAAC > NC_002947/3216586‑3216882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |