Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,258,880 | G→A | 7.1% | S452L (TCG→TTG) | PP_2856 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,258,880 | 0 | G | A | 7.1% | 154.5 / 3.0 | 56 | S452L (TCG→TTG) | PP_2856 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/29); new base A (2/2); total (25/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 |
CTTACGGTGTGTTGAAGAAAGGCCCCCCGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGAAACGTCGTTCGAGGATTGTTTTGATTGCTCGCCA > NC_002947/3258732‑3259029 | cTTACGGTGTGTTGAAGAAAGGCCCCCCGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGa > 2:431339/1‑150 (MQ=255) gtTGAAGAAAGGCCCCCCGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAgg > 1:654782/1‑150 (MQ=255) ttGAAGAAAGGCCCCCCGAAGGGGGCCTCCAGCGCAGCCTGCACAACGAAGGGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAggg < 2:675195/150‑1 (MQ=255) ttGAAGAAAGGCCCCCCGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAggg > 1:675195/1‑150 (MQ=255) gaagaaAGGCCCCCCGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGtt > 2:141906/1‑150 (MQ=255) gaagaaAGGCCCCCCGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGtt < 1:994765/150‑1 (MQ=255) gaagaaAGGCCCCCCGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTGCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGtt > 1:910025/1‑150 (MQ=255) gaaAGGCCCCCCGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCa < 1:431339/150‑1 (MQ=255) ccccccGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTg < 2:393818/150‑1 (MQ=255) ccccccGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTg < 1:396119/150‑1 (MQ=255) ccccGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCCGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGt > 1:337342/1‑150 (MQ=255) cccGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGTTTGCAGTGTTGGTa > 1:1076787/1‑150 (MQ=255) cccGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCAAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTa > 2:1066075/1‑150 (MQ=255) cccGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCAAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTa > 2:1068665/1‑150 (MQ=255) gggCCTAAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTTTGGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGtt > 2:911400/1‑150 (MQ=255) cTCCAGCATAGTAGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGTCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGcc < 2:614837/150‑1 (MQ=255) tCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGccc > 1:365306/1‑150 (MQ=255) gCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCAAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCg < 1:1066075/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) agaTGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGa‑ca < 1:17830/150‑1 (MQ=255) ccAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTAt > 1:401003/1‑150 (MQ=255) cGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGtt < 1:764109/93‑1 (MQ=255) cGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGtt > 2:764109/1‑93 (MQ=255) gTTGCTTTGGTGGTTGCCCACAACAGCTGATACGTTCCAGTCCATGTTACCGCAACAACTGGTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCaa < 1:562007/150‑1 (MQ=255) ttgctGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTa < 2:727296/150‑1 (MQ=255) 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ggCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTa < 2:650808/150‑1 (MQ=255) ctACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGa‑c < 1:890735/107‑1 (MQ=255) ctACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGa‑c > 2:890735/1‑107 (MQ=255) tACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCTCCGATCCTCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCtt < 2:365306/150‑1 (MQ=255) aCGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTc < 2:910025/150‑1 (MQ=255) ttCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTGGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGCCGGGGGCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGaa > 1:261275/1‑150 (MQ=255) cccAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGAAAcgtcg > 1:540903/1‑150 (MQ=255) gTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGAAACGTCGTTCGa < 1:141906/150‑1 (MQ=255) cTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGAAGCT‑CAAGCATTAAATTAGTACTCAATTCTTAGGCGATGCTTTCACTGAAGTATATTTAAACGTCGTTCGAGGATTGt > 1:570326/1‑150 (MQ=255) tGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGAAACGTCGTTCGAGGATTGtt < 2:737885/150‑1 (MQ=255) gCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CCAGGTAGTGCTCAAGTCGTATGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGAAACGTCGTTCGAGGATTGttt < 2:267423/150‑1 (MQ=255) aCCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGAAACGTCGTTCGAGGATTGTTTTGa < 1:215952/150‑1 (MQ=255) aCCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGAAACGTCGTTCGAGGATTGTTTTGa < 1:685135/150‑1 (MQ=255) cGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGAAACGTCGTTCGAGGATTGTTTTGAtt < 1:92723/150‑1 (MQ=255) aCCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGAAACGTCGTTCGAGGATTGTTTTGATTGCTCg > 2:734093/1‑150 (MQ=255) gAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGAAACGTCGTTCGAGGATTGTTTTGATTGCTCGCCa < 2:540903/150‑1 (MQ=255) | CTTACGGTGTGTTGAAGAAAGGCCCCCCGAAGGGGGCCTCAAGCACAGCGGTCAGAACGAAGTGTTGGAGATGGCCAGCGAGTTGCTTTGCTGGTTGCCCACACCGGCTGCTACGTTCACGCCCAGGTTACCGCTGCCACCGTTCACCGAACCGCTAAGGGTTGCAGTGTTGGTAACTGGGTTGGCCCAGCCGGTCGGGGTCAGCACTTGGAAGGA‑CACAGTATTGCTCAAGTCGTAGGCGCTGCTTTCGCTGTAGCTCTTCGAAACGTCGTTCGAGGATTGTTTTGATTGCTCGCCA > NC_002947/3258732‑3259029 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |