| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,269,946 | G→T | 8.0% | L64M (CTG→ATG) | PP_2868 ← | Cro/CI family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,269,946 | 0 | G | T | 8.0% | 153.6 / 3.5 | 50 | L64M (CTG→ATG) | PP_2868 | Cro/CI family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/22); new base T (2/2); total (26/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
GCAGTTGATCGACGATGCCATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAACCACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTG‑AACAGCGCCGGGATCGACGGGTAGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCCGCGGATGCGGGTGCCGAGGAACTGCGGCGCGGC > NC_002947/3269799‑3270093 | gCAGTTGATCGACGATGCCATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAACCACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTG‑AACAgcg > 1:122592/1‑150 (MQ=255) cAGTTGATCGACGATGCCATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAACCACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTG‑AACAgcgc > 1:430197/1‑150 (MQ=255) ttGATCGACGATGCCATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAACCACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTG‑AACAGCGCCgg > 2:1025290/1‑150 (MQ=255) 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ttG‑AACAGCGCCGGGATCGACGGGTAGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCCGCGGATGCGGGTGCCGAGGAACTgcggc < 2:152586/150‑1 (MQ=255) tcaaCATCGCCCGGATCGACGGGTAGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCa < 2:159114/64‑1 (MQ=255) tcaaCATCGCCCGGATCGACGGGTAGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCa > 1:159114/3‑66 (MQ=255) cAGCGCCGGGATCGACGGGTAGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCa < 1:977213/62‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGGATCGACGGGTAGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCa > 2:977213/1‑62 (MQ=255) cAGCGCCGGGATCGACGGGTAGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCCGCGGATGCGGGTGCCGAGGAACTgcggcgcggc < 1:886194/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGGATCGACGGGTAGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCCGCGGATGCGGGTGCCGAGGAACTgcggcgcggc < 1:43898/150‑1 (MQ=255) | GCAGTTGATCGACGATGCCATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAACCACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTG‑AACAGCGCCGGGATCGACGGGTAGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCCGCGGATGCGGGTGCCGAGGAACTGCGGCGCGGC > NC_002947/3269799‑3270093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |