Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,638,290 | A→T | 8.1% | Q81H (CAA→CAT) | PP_3205 → | fumarylacetoacetate hydrolase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,638,290 | 0 | A | T | 8.1% | 141.2 / 3.6 | 49 | Q81H (CAA→CAT) | PP_3205 | fumarylacetoacetate hydrolase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/23); new base T (2/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 |
GCCACCAGCTTGCAGGTCGCGCTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAGGTGCCAGCGATGACTTTCTCGGGCCACTCGCGGACATACCCTTGC > NC_002947/3638141‑3638438 | gCCACCAGCTTGCAGGTCGCGCTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCaa > 2:777755/1‑150 (MQ=255) gCCACCAGCTTGCAGGTCGCGCTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCaa < 1:700161/150‑1 (MQ=255) caccaGCTTGCAGGTCGCGCTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATg > 1:701659/1‑150 (MQ=255) caccaGCTTGCAGGTCGCGCTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATg > 1:668571/1‑150 (MQ=255) aGCTTGCAGGTCGCGCTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTg < 1:997952/150‑1 (MQ=255) tGCAGGTCGCGCTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCATTGGCTggcac < 2:1003716/150‑4 (MQ=255) ggTCGCGCTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTc > 1:964482/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGc > 1:154784/1‑150 (MQ=255) gcTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCtt < 1:695276/150‑1 (MQ=255) cTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTc < 2:36257/150‑1 (MQ=255) gAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTc > 2:667647/1‑150 (MQ=255) cccAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGgcg > 2:858472/1‑150 (MQ=255) ccAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGgcgc < 2:200434/150‑1 (MQ=255) aGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGt < 1:799460/150‑1 (MQ=255) ggTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGtt > 1:705762/1‑150 (MQ=255) cGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGAt < 2:991641/150‑1 (MQ=255) cccGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTCGATGGATCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGa > 1:120058/1‑150 (MQ=255) ttGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGcc < 1:906457/150‑1 (MQ=255) gcgcTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAAc > 2:27982/1‑150 (MQ=255) gcTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCt < 1:701396/150‑1 (MQ=255) tATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCTACCTCGCTAGACATTCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCATAAGGCCTTCAACCTGGAc > 2:588012/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGAccc > 2:59994/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGAccc > 2:59454/1‑150 (MQ=255) agcagcTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGa < 1:27982/150‑1 (MQ=255) cTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGCCCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGaa < 1:880217/150‑1 (MQ=255) cTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCTACCGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGaa < 1:674458/150‑1 (MQ=255) cTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGaa < 2:705762/150‑1 (MQ=255) tCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAg < 1:828350/150‑1 (MQ=255) aaCGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTc > 2:613919/1‑129 (MQ=255) aaCGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTc < 1:613919/129‑1 (MQ=255) cgaTGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGa < 1:777755/150‑1 (MQ=255) cgaTGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGNCGa < 2:701659/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCa > 1:1004941/1‑89 (MQ=255) ggTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCa < 2:1004941/89‑1 (MQ=255) gggTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGca > 2:189845/1‑141 (MQ=255) gggTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGca < 1:189845/141‑1 (MQ=255) gCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGAtt < 2:964482/150‑1 (MQ=255) gCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGCGCCTAGTCAGCCATGGCGCGCTTTTGCAGTAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGAtt < 1:412167/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGCGCTCGACCTCGCTCGACGGGCTGCGGCCCTGCCGCGTGCCAGCCGATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCCTGGCGCGTTGATGCAGAAGGCGTTCAACCTGGACCCGATCGTAGGCGTCGAGCCCACCCCACTGAtt < 2:493093/150‑1 (MQ=255) cgcTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAg < 2:668571/150‑1 (MQ=255) gcTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCTGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAgg > 2:825335/1‑150 (MQ=255) gcTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGc > 1:1000089/1‑121 (MQ=255) gcTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGc < 2:1000089/121‑1 (MQ=255) gcTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAgg > 2:174183/1‑150 (MQ=255) ctcgctcgACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACACCACTGATTTACCAAGGTGCCAGc > 1:66335/1‑150 (MQ=255) cTGCCGCGTGCCAGCCCATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGAATTACCAAGGCGCCAGCGATGACTTTCTCGGGCCACTc > 2:7508/1‑150 (MQ=255) atccagccaTTGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAGGTGCCAGCGATGa < 1:951852/124‑1 (MQ=255) atccagccaTTGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAGGTGCCAGCGATGa > 2:951852/3‑126 (MQ=255) atccagccaTTGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAGGTGCCAGCGATGACTTTCTCGGGCCACTCGCGGACAt > 1:245548/3‑150 (MQ=255) cagccaATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATCGCGCGTTGATGCAGAATGCCGTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAGGTGCCAGCGATGACTTTCTCGGGCCAATCTCGGACATAcc > 1:1017875/1‑150 (MQ=255) agccaATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAGGTGCCAGCGATGACTTTCTCGGGCCACTCGCGGACATAccc > 2:1114834/1‑150 (MQ=255) aaTGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAGGTGCCAGCGATGACTTTCTCGGGCCACTCGCGGACATACCCTTGc < 1:59454/150‑1 (MQ=255) aaTGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAGGTGCCAGCGATGACTTTCTCGGGCCACTCGCGGACATACCCTTGc < 1:59994/150‑1 (MQ=255) | GCCACCAGCTTGCAGGTCGCGCTGGAAAACTGGCCCCAGGTCGAAGCCCGCTTGCAGGCGCTGTATCAGCAGCTCAACGACGATGCGGTTGCGGGTGCCTTCGCGCTCGACCTCGCTCGACTGGCTGCGCCCCTGCCGCGTGCCAGCCAATGGCTGGATGGCTCGTGCTTCCTCAGCCATGGCGCGTTGATGCAGAAGGCCTTCAACCTGGACCCGATCGAAGGCGTCGAGCACACCCCACTGATTTACCAAGGTGCCAGCGATGACTTTCTCGGGCCACTCGCGGACATACCCTTGC > NC_002947/3638141‑3638438 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |