| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,872,657 | G→T | 13.9% | intergenic (‑233/+75) | PP_3420 ← / ← PP_3421 | sensor histidine kinase/sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,872,657 | 0 | G | T | 13.9% | 84.8 / 6.0 | 36 | intergenic (‑233/+75) | PP_3420/PP_3421 | sensor histidine kinase/sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/18); new base T (2/3); total (15/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
CGCAGCTGCCATTTGTCGCGTGTCGCGCTTCACAAACTTCGCTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGAC > NC_002947/3872510‑3872794 | cGCAGCTGCCATTTGTCGCGTGTCGCGCTTCACAAACTTCGCTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGa < 2:155929/150‑1 (MQ=255)cGCAGCTGCCATTTGTCGCGTGTCGCGCTTCACAAACTTCGCTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGa < 2:1013184/150‑1 (MQ=255) cTGCCATTTGTCGCGTGTCGCGCTTCACAAACTTCGCTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATc < 1:1047436/150‑1 (MQ=255) tGCCATTTGTCGCGTGTCGCGCTTCACAAACTTCGCTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCa < 2:780790/150‑1 (MQ=255) gCCATTTGTCGCGTGTCGCGCTTCACAAACTTCGCTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGTGATAATccc > 2:606389/1‑148 (MQ=255) ccATTTGTCGCGTGTCGCGCTTCACAAACTTCGCTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCAcc < 1:154875/150‑1 (MQ=255) tgtcgcgtgtcgcgCTTCACAAACTTCGCTGCAAAAACTTGGCAAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACACTTGGGTGATAATCCCCCaaat < 2:943861/150‑2 (MQ=255) gcgtgtcgcgCTTCACAAACTTCGCTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAaca > 1:531331/1‑150 (MQ=255) gtgtcgcgCTTCACAAACTTCGCTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGTGATAATCCCCCaaatgtgggg < 1:606389/150‑8 (MQ=255) 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aaaCTTCGCTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTACAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCatat < 2:523527/150‑1 (MQ=255) cTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATGCCAAATTAAAAATGTTATTCTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGACGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCt < 1:345152/150‑1 (MQ=255) gCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGTGATAATCCCCCaaatgtggg > 1:1077729/1‑119 (MQ=255) gCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGTGATAATCCCCCaaatgtggg < 2:1077729/125‑7 (MQ=255) cAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTAc > 2:531909/1‑150 (MQ=255) aaaCTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTa > 2:849282/1‑146 (MQ=255) aaaCTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTa < 1:849282/146‑1 (MQ=255) aaCTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGaa < 1:803853/150‑1 (MQ=255) cagcagAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTg > 2:1128349/1‑150 (MQ=255) agcagAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGa < 2:272505/150‑1 (MQ=255) tCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGATGTCATTTAAc < 1:691446/150‑1 (MQ=255) aaaaaTGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGATGTCATTTAACGAATTCAc < 1:719806/150‑1 (MQ=255) aaaTGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGc > 1:960846/1‑150 (MQ=255) aaaTGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGATGTCATGTAACGAATTCACGc > 1:109139/1‑150 (MQ=255) ttATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAGCCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTc > 1:215519/1‑150 (MQ=255) ttGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGaaa < 1:1128349/150‑1 (MQ=255) attaGAGGATTAACCCCCACATTGGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATGAACATCTGACTGAACAATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCAATGGCCTTCAct > 2:618587/1‑150 (MQ=255) aaCCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGatcc > 2:159001/1‑147 (MQ=255) aCCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATc < 2:625201/71‑1 (MQ=255) aCCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATc > 1:625201/1‑71 (MQ=255) aCCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCg < 2:531331/150‑1 (MQ=255) cccACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGAc > 2:348672/1‑150 (MQ=255) | CGCAGCTGCCATTTGTCGCGTGTCGCGCTTCACAAACTTCGCTGCAAAAACTTGGCCAGCAGAAACATTCCAAATTAAAAATGTTATTTTTCAGTAGGTTGCCATAACTTATTAAGATTAATTAGAGGATTAACCCCCACATTTGGGGGATTATCACCCAAAAAACACAAATCCTTTTCATATCAACATCTTACTGAACAATCCTGATGTCATTTAACGAATTCACGCCAGTCGGAAACTTAACGAAACCCTTGTGCCATGGCCTTCACTGCTGCTGAGCCGGAC > NC_002947/3872510‑3872794 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |