| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,000,085 | C→T | 6.8% | T242T (ACC→ACT) | PP_3528 → | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,000,085 | 0 | C | T | 6.8% | 165.9 / 2.9 | 60 | T242T (ACC→ACT) | PP_3528 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/26); new base T (2/2); total (31/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
GTGACCCTTTGGGACCCGTTCCTCGCCGCCGCAGAAAGCCAGCCAGGGCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATC > NC_002947/3999939‑4000229 | gTGACCCTTTGGGACCCGTTCCTCGCCGCCGCAGAAAGCCAGCCAGGGCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACcttc < 2:826481/150‑1 (MQ=255) ccTTTGGGACCCGTTCCTCGCCGCCGCAGAAAGCCAGCCAGGGCTGAGGTATCTTCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGc > 1:29218/1‑150 (MQ=255) gggACCCGTTCCTCGCCGCCGCAGAAAGCCAGCCAGGGCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGc > 1:1117968/1‑150 (MQ=255) ggACCCGTTCCTCGCCGCCGCAGAAAGCCAGCCAGGGCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCt > 2:586065/1‑150 (MQ=255) gACCCGTTCCTCGCCGCCGCAGAAAGCCAGCCAGGGCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTg > 1:292139/1‑150 (MQ=255) aCCCTTTCCTCACCGCCGCAGAAAGCCAGCCAGGGCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGACGCTTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACATACAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTTTGCGTAAAACCTTCTTTGCCGTGCTgt < 2:216515/150‑2 (MQ=255) ccGTTCCTCGCCGCCGCAGGAAGCCAGCCAGTGCTGAAGAACCTGCGTGACGGCAGCGGCCTGTCCAACGACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTATGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGc > 2:570656/1‑150 (MQ=255) ccGTTCCTCGCCGCCGCAGAAAGCCAGCCAGGGCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGc > 1:52699/1‑150 (MQ=255) gcAGAAAGCCAGCCAGGGCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTgg < 2:52699/150‑1 (MQ=255) agccagccAGGGCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAAc < 2:327817/150‑1 (MQ=255) gccagTGCTGAAGAACCTGCGCGCCGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGACGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAATTGTTCGTTTCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCaa < 1:570656/150‑1 (MQ=255) gccagGGCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCCCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCaa > 2:263523/1‑150 (MQ=255) ggCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTg > 2:762301/1‑150 (MQ=255) tGAAAAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCCTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGTGCCAACGCCAAGCCTGCCg > 2:299575/1‑150 (MQ=255) aagaaCCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCTCCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTT‑CTGCGCTGTCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGaa < 1:466338/150‑1 (MQ=255) aagaaCCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGc < 1:575306/123‑1 (MQ=255) aagaaCCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGc > 2:575306/1‑123 (MQ=255) agaaCCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAg < 2:1091314/150‑1 (MQ=255) gaaCCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGt > 1:264807/1‑150 (MQ=255) gaaCCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACAACAACTTAAACCTGGCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTCACATGTCCAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCCAGCCTGCCGAAGt > 1:523312/1‑150 (MQ=255) ctgagcgACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCt < 1:354093/134‑1 (MQ=255) cTGAGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCt > 2:354093/1‑138 (MQ=255) tGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCcg > 2:538282/1‑150 (MQ=255) gcgACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCgcgc > 2:686577/1‑150 (MQ=255) actgCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCgctgc < 1:43491/147‑1 (MQ=255) cGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCAcc < 1:686577/150‑1 (MQ=255) ggCCTGTCTAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCGAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCg > 2:504255/1‑150 (MQ=255) ccTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTgg > 1:1080307/1‑106 (MQ=255) ccTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTgg < 2:1080307/106‑1 (MQ=255) ccTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCa < 2:323777/150‑1 (MQ=255) aacaacCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACTTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTgggg > 1:272944/1‑150 (MQ=255) aacaacCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACTTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTgggg > 1:272975/1‑150 (MQ=255) aacaacCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCAAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTgggg > 1:421524/1‑150 (MQ=255) acaacCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGa < 2:482670/150‑1 (MQ=255) ccGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGc > 1:1083586/1‑107 (MQ=255) ccGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGc < 2:1083586/107‑1 (MQ=255) cTTATACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCa > 1:714317/1‑150 (MQ=255) ttCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACTTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAg < 2:272944/150‑1 (MQ=255) ttCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACTTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAg < 2:272975/150‑1 (MQ=255) tACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTg < 1:803675/150‑1 (MQ=255) cTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTg < 1:212623/150‑1 (MQ=255) gTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCTGGGTGCTgat < 1:586065/150‑3 (MQ=255) cacaGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGt > 2:115524/1‑150 (MQ=255) acaGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGc > 1:268908/1‑77 (MQ=255) acaGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGc < 2:268908/77‑1 (MQ=255) acaGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGc < 2:368688/142‑1 (MQ=255) acaGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGc > 1:368688/1‑142 (MQ=255) cagcTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTg > 1:618559/1‑69 (MQ=255) cagcTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGCGCAAGGTCAGCCAGTg < 2:618559/69‑1 (MQ=255) ttGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAAc < 1:762301/150‑1 (MQ=255) gCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACgg < 1:707067/150‑1 (MQ=255) ccAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCaa < 2:421524/150‑1 (MQ=255) cAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGt > 2:983052/1‑80 (MQ=255) cAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGt < 1:983052/80‑1 (MQ=255) cGTGCTCTGCTGCAACCCCTCTTTGCCGAGCTTGGTGGGGGCAGCCAGTGTGCCAACGCCAAGATACACTCAAGGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCGCCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAAc < 1:299575/150‑1 (MQ=255) ctgctgAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCTGGGTGCTgat > 1:880847/1‑114 (MQ=255) ctgctgAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCTGGGTGCTgat < 2:880847/116‑3 (MQ=255) tgAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTa > 1:685751/1‑150 (MQ=255) tgAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTa > 2:755725/1‑150 (MQ=255) aaaaCCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATc < 2:1117968/150‑1 (MQ=255) aaaaCCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCGGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGCAAGTGGCCAGCGCACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATc > 2:229911/1‑150 (MQ=255) | GTGACCCTTTGGGACCCGTTCCTCGCCGCCGCAGAAAGCCAGCCAGGGCTGAAGAACCTGCGCGACGGCAGCGGCCTGTCCAACAACCGCACCTTCTACCTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAG‑CACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGCTGGGCAAGGTCAGCCAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATC > NC_002947/3999939‑4000229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |