| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,027,194 | T→A | 7.2% | D427V (GAC→GTC) | PP_3552 ← | two‑component system sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,027,194 | 0 | T | A | 7.2% | 201.3 / 5.9 | 69 | D427V (GAC→GTC) | PP_3552 | two‑component system sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/29); new base A (2/3); total (37/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
TTGCTTGCAACACTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGCCGCTCCCCCTGCT > NC_002947/4027045‑4027338 | ttgcttgcAACACTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGt < 1:185571/150‑1 (MQ=255) cttgcAACACTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCATGCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCgg > 1:77974/1‑150 (MQ=255) cttgcAACACTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCgg > 1:211127/1‑150 (MQ=255) ttgcAACACTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGc > 1:528899/1‑150 (MQ=255) aaCACTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTg > 1:600780/1‑150 (MQ=255) aaCACTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTg > 1:423480/1‑150 (MQ=255) aaCACTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCAGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTg > 2:689282/1‑150 (MQ=255) acacTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGc < 1:320169/150‑1 (MQ=255) acTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCtg > 1:216448/1‑150 (MQ=255) cTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGACGGCCtgggctt < 2:622131/150‑7 (MQ=255) tGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCtggt < 1:393572/150‑1 (MQ=255) tGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGACGGCCtgggcttg < 2:942449/150‑8 (MQ=255) cgCCTTCCCATATTCCCTGCTGGCTGCCAGCCCGCAGCACAGTACCGGCCCGCCGTTGTCACCCGACCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCCGCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCATGGCCAAGCCCAGGCCGTCTGCCTTGCtggt < 2:330416/149‑1 (MQ=255) tATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGc < 1:211047/150‑1 (MQ=255) tATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGAAAAGTACCAGATAGTTGTAGTCCCCCGCCCGCGGCCGCGGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCACCCCCCCGCCCTGGCCGTCGGAGTTGCTGGGGGTATAGGGc < 2:1092512/150‑1 (MQ=255) ttCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGt > 2:106301/1‑150 (MQ=255) ctgctgACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCtgg < 2:586500/133‑1 (MQ=255) ctgctgACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCtgg > 1:586500/1‑133 (MQ=255) 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cgccgTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCAAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGc > 1:163728/1‑150 (MQ=255) tGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGt < 1:23442/150‑1 (MQ=255) gTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCtggt < 1:192166/93‑1 (MQ=255) gTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCtggt > 2:192166/1‑93 (MQ=255) tCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCtggtg < 2:726920/93‑1 (MQ=255) tCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCtggtg > 1:726920/1‑93 (MQ=255) cccgcccgCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCt > 2:448255/1‑150 (MQ=255) gcgcCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATc > 1:62249/1‑106 (MQ=255) gcgcCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATc < 2:62249/106‑1 (MQ=255) cgcCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGAc < 1:106301/150‑1 (MQ=255) cgcCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGAc < 1:241397/150‑1 (MQ=255) cccACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCa < 1:1052072/150‑1 (MQ=255) ccACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAg < 2:107825/150‑1 (MQ=255) ccACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAg > 1:152824/1‑150 (MQ=255) aGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGAcc < 2:600780/150‑1 (MQ=255) tGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGAc > 1:280064/1‑139 (MQ=255) tGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGAc < 2:280064/139‑1 (MQ=255) gCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCccatc < 2:211127/150‑1 (MQ=255) aCCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCccatcgcc > 1:416498/1‑150 (MQ=255) aTCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGcgcgccgcg > 1:133176/1‑150 (MQ=255) tCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGcgcgccgcgc > 1:118979/1‑150 (MQ=255) gCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCagag > 2:482049/1‑150 (MQ=255) tGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCa > 1:173687/1‑150 (MQ=255) tGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCa < 2:1109915/150‑1 (MQ=255) gCTCATTCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGTCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGAt < 2:877011/150‑1 (MQ=255) tCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCaga > 1:913205/1‑141 (MQ=255) tCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCaga < 2:913205/141‑1 (MQ=255) tCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGAcc > 1:23204/1‑149 (MQ=255) tCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCACCGCTCGGCTGACTGAGCAGGATACGTGACg > 1:899590/1‑150 (MQ=255) caagcccaagccCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACgg < 2:423480/150‑1 (MQ=255) gcccaagcccaGGCCGTCGGCCTTGCTGCCGACAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGCCg > 1:214021/1‑150 (MQ=255) cccaagcccaGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGCCGc < 2:478543/150‑1 (MQ=255) cccaagcccaGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGGAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGCCGc > 1:204659/1‑150 (MQ=255) caagcccaGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGCCGCTc > 1:884558/1‑150 (MQ=255) aagcccaGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGCCGCtgc > 2:560126/1‑148 (MQ=255) gcccaGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGCCGCTcccc < 1:999158/150‑1 (MQ=255) gcccaGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGACGCTcccc > 2:610169/1‑150 (MQ=255) gcaaGGCCGACGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGCCGCTccccc > 2:391435/4‑150 (MQ=255) ccaGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGCCGCTCCCCct > 2:874743/1‑150 (MQ=255) ggCCGACGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGAt < 1:281785/37‑1 (MQ=255) ggCCGACGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGAt > 2:281785/1‑37 (MQ=255) gcccGTCGGCCCTGCTGGTGGTAAACGGCGTTAAGATTTCATGCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCAGGCCCTGGTCCGCTACCTCGGCAATGCTCCGATCGCCATCTCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGCCGCTCCCCctgct < 2:163728/148‑1 (MQ=255) | TTGCTTGCAACACTGCCTCCCCTTATTCCCTGCTGACTGCCAGCCGGCAGCACAGTACCAGACCGCCGTTGTCACCCGCCCGCGCCCACAGGCTGCCACCGAAGCCTTCGATCAGGCTGCGGCTCATGCTCAAGCCCAAGCCCAGGCCGTCGGCCTTGCTGGTGGTAAACGGCGTGAAGATTTCATCCAGCCGCTCGGGTGCCACGCCCGGGCCCTGGTCAGCTACCTCGACCAGGACCCCATCGCCATCGCGCGCCGCGCAGAGCAGGATACGTGACGGCCGCTCCCCCTGCT > NC_002947/4027045‑4027338 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |