| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,260,680 | C→G | 8.2% | G709A (GGC→GCC) | PP_3734 ← | ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,260,680 | 0 | C | G | 8.2% | 179.2 / 7.3 | 61 | G709A (GGC→GCC) | PP_3734 | ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/33); new base G (3/2); total (26/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
ACCAGGCCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGCTGTCATCCAG > NC_002947/4260534‑4260828 | accaggcCGGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGATGAGCATGACTGTCTGCCCACGCAACAATTATACGAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCa > 1:980719/1‑150 (MQ=255)accaggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCa > 2:609896/1‑150 (MQ=255) caggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTTCCCCAGGCTCATCAAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCTCCAGTTCGCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCacg < 1:570957/150‑3 (MQ=255) 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cATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt < 2:622807/150‑1 (MQ=255) cATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt > 2:127971/1‑150 (MQ=255) tCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTg > 1:542543/1‑150 (MQ=255) cTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATTCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGc < 2:595913/150‑1 (MQ=255) ggcccAGGCTCAACCAGACGAGTTGCACGCGCCGCCCCCCGCGTGCCCACAGCGGTGCGAACGGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTGGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTCAGGCTGTTGAGGGCTGCgg < 2:101586/148‑1 (MQ=255) cAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTggc < 2:967372/150‑1 (MQ=255) aGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCCCCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTggcg < 1:112028/150‑1 (MQ=255) ccagaccagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAgg > 1:311366/1‑73 (MQ=255) ccagaccagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAgg < 2:311366/73‑1 (MQ=255) cagaccagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt < 2:541460/125‑1 (MQ=255) cagaccagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt > 1:541460/1‑125 (MQ=255) gaccagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGNGCg < 2:700404/150‑1 (MQ=255) cagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCaaa < 1:1017222/141‑1 (MQ=255) cagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCaaa > 2:1017222/1‑141 (MQ=255) gTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGa < 2:902499/150‑1 (MQ=255) ttGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGaa < 2:673740/150‑1 (MQ=255) ttGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGGCAGCAGGTTGACGAAAAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGaa < 1:78380/150‑1 (MQ=255) ttGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGAGCCAACGGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGaa < 2:819228/150‑1 (MQ=255) aTGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCAAGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACg > 2:385449/1‑150 (MQ=255) tGCGCCGCACCCCCAGTGCCCAGAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACgt < 2:558803/150‑1 (MQ=255) cgccgcACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACgtcg < 2:571202/150‑1 (MQ=255) 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gCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTc < 2:300456/150‑1 (MQ=255) ccAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGGAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGCGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCt > 2:234963/1‑150 (MQ=255) ccTGGGCCAGGCGCGGCTGGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga > 1:1003958/2‑83 (MQ=37) ccTGGGCCAGGCGCGGCTGGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga < 2:1003958/82‑1 (MQ=38) aCTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGa < 1:385449/150‑1 (MQ=255) tGGGCCAGGCGCGGCTGGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGacc > 2:384716/1‑150 (MQ=255) 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cAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCg > 2:1099193/1‑150 (MQ=255) cTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGCTGTCATc > 1:785810/1‑150 (MQ=255) cTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGCTGTCATc > 1:918289/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGCTGTCATCCAg < 2:785810/150‑1 (MQ=255) | ACCAGGCCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCGGCTGTCATCCAG > NC_002947/4260534‑4260828 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |