Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,581,699 | C→T | 8.5% | L591L (CTG→CTA) | treSB ← | bifunctional trehalose synthase B/maltokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,581,699 | 0 | C | T | 8.5% | 128.4 / 2.7 | 47 | L591L (CTG→CTA) | treSB | bifunctional trehalose synthase B/maltokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/20); new base T (2/2); total (25/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 |
ACACCGGCGTGGTGGCGGTGCCGAAACGCACGCCGTAGCACAGGCGCACGGCATCGATCGGCCCTTCCTTGCCGGCGAACCAGCGGCGCTTGGGCAGGTACTGCGGCAGGATGGTGCTTTGCAGCGTATCGCTTGCGGGGGCTTGCAGCAGTTCTTCCATGCGCTTGCGCAGTACCAATGTGGTCAATTCGGGTAACCCCTCGGTGGGCTGGATGTGCCAGCTGGGCATGCGATCGCGGCTGGCCAGCAGGAACCAGTAGAACGCATAAGGTGGCAAGGTCAGCAGAAACGGCA > NC_002947/4581554‑4581847 | acacCGGCGTGGTGGCGGTGCCGAAACGCACGCCGTAGCACAGGCGCACGGCATCGATCGGCCCTTCCTTGCCGGCGAACCAGCGGCGCTTGGGCAGGTACTGCGGCAGGATGGTGCTTTGCAGCGTATCGCTTGCGGGGGCTTgcagca > 1:7867/1‑150 (MQ=255) cGGCGTGGTGGCGGTGCCGAAACGCACGCCGTAGCACAGGCGCACGGCATCGATCGGCCCTTCCTTGCCGGCGAACCAGCGGCGCTTGGGCAGGTACTGCGGCAGGATGGTGCTTTGCAGCGTATCGCTTGCGGGGGCTTGCAGCAGttc > 1:245557/1‑150 (MQ=255) ggtggCGGTGCCGAATCTCCCCCCGTAGCACAGGCCCACGGCATCGATCGGCCCTTCCTTGCCGGCGAACCAGCGGCGCTTGGGCAGGTACTGCGGCAGGATGGTGCTTTGCAGCGTATCGCTTGCGGGGGCTTGCAGCAGTTCTTCCAt < 2:373452/150‑1 (MQ=255) 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1:292962/1‑150 (MQ=255) ttGCAGCAGTTCTTCCGTGCGCTTGCGCAGTACCAATGTGGTCAATTCGGGTAACCCCTCGGTGGGCTGGATGTGCCAGCTGGGCATGCGATCGCGGCTGGCCAGCAGGAACCAGTAGAACGCATAAGGTGGCAAGGTCAGCAGAAACgg > 2:711351/1‑150 (MQ=255) gcagcaGTTCTTCCATGCGCTTGCGCAGTACCAATGTGGTCAATTCGGGTAACCCCTCGGTGGGCTGGATGTGCCAGCTGGGCATGCGATCGCGGCTGGCCAGCAGGAACCAGTAGAACGCATAAGGTGGCAAGGTCAGCAGAAACGGCa > 2:646395/1‑150 (MQ=255) | ACACCGGCGTGGTGGCGGTGCCGAAACGCACGCCGTAGCACAGGCGCACGGCATCGATCGGCCCTTCCTTGCCGGCGAACCAGCGGCGCTTGGGCAGGTACTGCGGCAGGATGGTGCTTTGCAGCGTATCGCTTGCGGGGGCTTGCAGCAGTTCTTCCATGCGCTTGCGCAGTACCAATGTGGTCAATTCGGGTAACCCCTCGGTGGGCTGGATGTGCCAGCTGGGCATGCGATCGCGGCTGGCCAGCAGGAACCAGTAGAACGCATAAGGTGGCAAGGTCAGCAGAAACGGCA > NC_002947/4581554‑4581847 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |