| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,671,746 | T→C | 8.5% | L10P (CTC→CCC) | PP_4133 → | transcriptional regulator‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,671,746 | 0 | T | C | 8.5% | 126.7 / 3.1 | 47 | L10P (CTC→CCC) | PP_4133 | transcriptional regulator‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/19); new base C (2/2); total (26/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
TCAATTTGATGGTTCTCATTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCAAAAAGCATGCA > NC_002947/4671609‑4671891 | tcAATTTGATGGTTCTCATTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTaa < 1:220443/150‑1 (MQ=255) aaTTTGATGGTTCTCATTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGc > 2:83975/1‑150 (MQ=255) tGATGGTTCTCATTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGcttct > 2:939271/1‑150 (MQ=255) aTTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCaa > 1:1032363/1‑150 (MQ=255) ttGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTGTTACTGGCGCaaa > 1:389961/1‑150 (MQ=255) ttGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCaaa < 2:90543/150‑1 (MQ=255) tCCTTAAAACGCAGGGCGGGATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGa > 2:243934/1‑150 (MQ=255) ccTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAg < 1:555512/150‑1 (MQ=255) cTTAAGACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGc > 2:836779/1‑150 (MQ=255) 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gCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCAAAAAg > 2:395032/1‑150 (MQ=255) tGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCAAAAAgca > 2:541254/1‑150 (MQ=255) gAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCaa < 2:1095825/143‑1 (MQ=255) gAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCaa > 1:1095825/1‑143 (MQ=255) gTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCAAAAAgcatgca > 1:906015/1‑150 (MQ=255) | TCAATTTGATGGTTCTCATTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCAAAAAGCATGCA > NC_002947/4671609‑4671891 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |