Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,731,726 | T→C | 8.5% | N361D (AAT→GAT) | sucB ← | 2‑oxoglutarate dehydrogenase dihydrolipoyltranssuccinylase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,731,726 | 0 | T | C | 8.5% | 131.3 / 2.8 | 47 | N361D (AAT→GAT) | sucB | 2‑oxoglutarate dehydrogenase dihydrolipoyltranssuccinylase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/21); new base C (2/2); total (24/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.19e-01 |
AGAGGGTTAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACAGTTTGC > NC_002947/4731577‑4731875 | agagGGTTAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATAACGACCTGGCCAtt > 1:189823/1‑150 (MQ=255) gggTTAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGAt < 2:454425/150‑1 (MQ=255) gggTCAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGAt < 1:1073842/150‑1 (MQ=255) 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ccTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGAca > 1:693566/1‑150 (MQ=255) cTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGAcat > 2:1094435/1‑150 (MQ=255) aTCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATg < 1:266369/105‑1 (MQ=255) aTCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATg > 2:266369/1‑105 (MQ=255) aTCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCg > 1:530216/1‑150 (MQ=255) tCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGa > 1:1054982/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGaa < 2:693566/150‑1 (MQ=255) gATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCAc > 2:713954/1‑150 (MQ=255) tCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCg > 1:1107501/1‑150 (MQ=255) aCGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTtgg > 1:432746/1‑150 (MQ=255) gACNGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTtggtg > 2:701814/1‑150 (MQ=255) 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ggCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCAACATCATCGAACCGAAGGGGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACa > 1:860262/1‑150 (MQ=255) tGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACAGTTTGc < 1:215047/150‑1 (MQ=255) | AGAGGGTTAGATGTCCAGCAGCAGGCGGGACGGATCTTCCAGCAGGTTCTTGATAGTGACCAGGAAGGTTACCGCTTCCTTGCCGTCGATCAGGCGGTGATCGTACGACAGCGCCAGGTACATCATCGGGCGAATCACGACCTGGCCATTGATGGCCATCGGGCGCTGGATGATGTTGTGCATGCCGAGAATGGCGGCCTGCGGCGGGTTGACGATCGGGGTCGACATCATCGAACCGAAGGTGCCACCGTTGGTGATGGTGAAGGTGCCACCGGTCATCTCTTCGATGGACAGTTTGC > NC_002947/4731577‑4731875 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |