| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 409,755 | G→A | 7.4% | A304A (GCC→GCT) | aceE ← | pyruvate dehydrogenase E1 component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 409,755 | 0 | G | A | 7.4% | 147.9 / 3.1 | 54 | A304A (GCC→GCT) | aceE | pyruvate dehydrogenase E1 component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/24); new base A (2/2); total (28/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
TTCCAGATCTCTTCGTCGGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCTTGCCGTTGCCGCGAACCGGGCCGTCGAGGCGCTGC > NC_002947/409612‑409899 | ttCCAGATCTCTTCGTCGGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCg > 1:648642/1‑150 (MQ=255) ccAGATCTCTTCGTCGGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGtt > 2:19978/1‑150 (MQ=255) ccAGATCTCTTCGTCGGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGtt > 1:329650/1‑150 (MQ=255) cAGATCTCTTCGTCGGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTg < 2:17553/150‑1 (MQ=255) aTCTCTTCGTCGGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGgtg > 1:767717/1‑150 (MQ=255) ttCGTCGGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGgtg < 1:864484/145‑1 (MQ=255) ttCGTCGGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGgtg > 2:864484/1‑145 (MQ=255) ttCGTCGGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCtt > 2:1026315/1‑150 (MQ=255) cgtcgGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTgg < 1:125651/150‑1 (MQ=255) cgtcgGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTgg < 2:952675/150‑1 (MQ=255) gACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCcagc > 1:588940/1‑150 (MQ=255) cAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCcagcag < 1:388992/150‑1 (MQ=255) aGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGt < 1:354244/150‑1 (MQ=255) ggTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAATATTTGAATTAAAAGACGATGACTTTTTTGATGTGGAGCTGCAGGTCCCCGTTTGTGTCCGTGGCCAGCAGTg > 1:860863/1‑150 (MQ=255) gTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTgg > 1:277505/1‑150 (MQ=255) gTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTgg > 2:438222/1‑150 (MQ=255) gTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTGTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTgg < 1:19978/150‑1 (MQ=255) aTGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGaaa < 1:104680/150‑1 (MQ=255) gAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGgtg > 2:38737/1‑115 (MQ=255) gAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGgtc < 1:38737/115‑2 (MQ=255) ttCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCCTGCGGCGCGGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAgac > 1:183415/1‑150 (MQ=255) cGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAgacgac > 2:621173/1‑150 (MQ=255) tgtTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTttgt < 1:682739/150‑1 (MQ=255) tgtTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGCTGGGCGTCGCGCTGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTttgt < 2:579013/150‑1 (MQ=255) gtTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTttgtt < 2:691949/150‑1 (MQ=255) ttGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTttgttg > 2:776265/1‑150 (MQ=255) agTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTcc > 2:1080186/1‑150 (MQ=255) gTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCa < 2:837982/150‑1 (MQ=255) gcgAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTttgtt < 1:236298/135‑1 (MQ=255) gcgAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTttgtt > 2:236298/1‑135 (MQ=255) gcgAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCAcc > 1:554956/1‑150 (MQ=255) gAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCa < 2:368259/109‑1 (MQ=255) gAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCa > 1:368259/1‑109 (MQ=255) cgcCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAAGGAGACCCTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAaca < 1:346998/150‑1 (MQ=255) tttGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGCCTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTAACGTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTc < 1:623493/150‑1 (MQ=255) tttGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTc > 2:665598/1‑150 (MQ=255) gCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGt < 2:329650/150‑1 (MQ=255) gTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGAGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTAGCGTGCGAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTg > 2:1112716/1‑150 (MQ=255) gTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGAGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTATTCAAGTATTAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTg > 2:1112720/1‑150 (MQ=255) gTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGgat > 1:384703/1‑150 (MQ=255) tGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATc > 2:186679/1‑150 (MQ=255) gTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCtt > 2:191283/1‑150 (MQ=255) aTTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCttgc < 1:438222/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGAGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAATCGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACATTACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCttgccgtt < 1:1112720/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGAGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGTTATACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCttgccgtt < 1:1112716/150‑1 (MQ=255) gATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTCACGTTCCAGCAGACTCCACGGAACAAGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCTTGCGGTTGCcgcg > 1:68484/1‑150 (MQ=255) ttCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGGTCTTGCCGTTGCCGCGAACCga > 1:52804/1‑149 (MQ=255) ttCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCTTGCCGTTGCCGCGAACCgg < 2:978731/150‑1 (MQ=255) ttCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCTTGCCGTTGCCGCGAACCgg < 2:384703/150‑1 (MQ=255) ttCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCTTGCCGTTGCCGCGAACCgg < 1:359356/150‑1 (MQ=255) gTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCTTGCCGTTGCCGCGAACCGGGcc < 1:1075119/150‑1 (MQ=255) tCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAacac > 2:201387/1‑104 (MQ=255) tCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAacac < 1:201387/104‑1 (MQ=255) tGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGCCGACTTTGTTGACGTTGCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCTTGCCGTTGCCGCGAACCGGGCCGCAGAGGCGCTgt > 2:213691/1‑149 (MQ=255) | TTCCAGATCTCTTCGTCGGACAGGTCTTCGACCATGGCCTTGAGTTCCGGGGTGTTGAAGAAGTGCTCGCGAACGTACGCGCCGTCTTTGGCTTTGTAGTTCTGGTATTCGCCGTCGATGACTTCGTCCATGCGGCGCTGCAGGGCACCGTTGGTGTCCTTGGCCAGCAGTGGGTCCCAGAAACGGCCCCAGACGACTTTGTTGACGTTCCAGCCACCGCCACGGAACACGCCTTCGAGTTCCTGGATGATCTTGCCGTTGCCGCGAACCGGGCCGTCGAGGCGCTGC > NC_002947/409612‑409899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |