| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,936,163 | C→T | 15.0% | D158N (GAC→AAC) | flhA ← | flagellar export pore protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,936,163 | 0 | C | T | 15.0% | 133.4 / 16.0 | 60 | D158N (GAC→AAC) | flhA | flagellar export pore protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/25); new base T (4/5); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
GCACGAACTTGCTGGCACCGTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTAGTTACCGCCGATCACCACCTCACCGAAGGCCTGGATCACTTTAC > NC_002947/4936019‑4936312 | gcACGAACTTGCTGGCACCGTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCCCCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAggg > 1:709252/1‑150 (MQ=255) aCGAACTTGCTGGCACCGTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGa < 1:602407/145‑1 (MQ=255) aCGAACTTGCTGGCACCGTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCAGGGCGTCGa > 2:602407/1‑145 (MQ=255) gAACTTGCTGGCACCGTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGaa > 2:941731/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGCACCGTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTTGAg > 2:730844/1‑140 (MQ=255) ttGCTGGCACCGTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTTGAg < 1:730844/140‑1 (MQ=255) ttGCTGGCACCGTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAAcgc > 1:123916/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGCACCGTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGCCGATCAGCCCGGCATTGAGGGCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTTGAGGGTGAAAcgc < 2:617512/150‑1 (MQ=255) cTGGCACCGTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGTGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGca < 2:763246/150‑1 (MQ=255) gTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTc > 2:318506/1‑150 (MQ=255) gCCGTAGACCTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGACATCTCATTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACg > 2:203240/1‑150 (MQ=255) gTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGccc > 1:403555/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCCCAGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCAcc > 1:801783/1‑150 (MQ=255) ggCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCtt > 1:268429/1‑150 (MQ=255) gCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTg < 2:946065/150‑1 (MQ=255) ccctcctGCCCAACCTCGACCCGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGTTTTGAGGTCGGCGTCGATGCCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTg < 2:403555/149‑1 (MQ=255) ctcctGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGt < 1:318506/150‑1 (MQ=255) ctcctGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGt < 1:311013/150‑1 (MQ=255) tcctGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTc > 1:413753/1‑150 (MQ=255) tGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTcacc > 2:741890/1‑150 (MQ=255) cTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGaa > 2:990282/1‑150 (MQ=255) cTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGaa < 2:413753/150‑1 (MQ=255) tCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAg > 2:1100355/1‑150 (MQ=255) tCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAg > 1:491992/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGTCCATCTGATTGCCAGTTATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTtgat < 2:533964/150‑1 (MQ=255) aCGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCa < 1:1031096/124‑1 (MQ=255) aCGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCa > 2:1031096/1‑124 (MQ=255) cggcggTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCCCTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTtgatg < 1:28848/150‑1 (MQ=255) ggTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTgg > 1:1021860/1‑126 (MQ=255) ggTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTgg < 2:1021860/126‑1 (MQ=255) ttGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCCAGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAgg > 2:929629/1‑150 (MQ=255) ctgggcctggTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGc < 2:522717/150‑1 (MQ=255) ctgggcctggTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGc < 1:231117/150‑1 (MQ=255) ggcctggTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATTATCATGAGGATGGCGaa < 1:821716/150‑1 (MQ=255) ggcctggTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGCCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGaa < 2:225588/150‑1 (MQ=255) ggTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAAcacca < 2:676859/150‑1 (MQ=255) cGATCAGGCCGGCATTGAGGTGGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACgg < 2:986850/150‑1 (MQ=255) aTCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCa > 1:2673/1‑150 (MQ=255) aGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGcactcac < 1:530795/74‑1 (MQ=255) aGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGcaatcac > 2:530795/1‑74 (MQ=255) gCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGAc > 1:645701/1‑150 (MQ=255) ccGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGAcc < 1:1100355/150‑1 (MQ=255) cGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCa < 2:268429/150‑1 (MQ=255) aTTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTTGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGCTGGCGAACACCACGGCACCGACCACGtc > 1:508588/1‑149 (MQ=255) aTTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTa < 1:990282/150‑1 (MQ=255) ggCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTAGTTAccgcc > 2:304991/1‑150 (MQ=255) tCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTTGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACg > 1:959090/1‑135 (MQ=255) tCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTTGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACg < 2:959090/135‑1 (MQ=255) aTGGCCATCTGTTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAg > 1:429810/1‑90 (MQ=255) aTGGCCATCTGTTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAg < 2:429810/90‑1 (MQ=255) aTGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCga < 1:891912/56‑1 (MQ=255) aTGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCga > 2:891912/1‑56 (MQ=255) cATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTTGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACTAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCAGGGTGGAAGCGCCTATCACCACCTc > 1:1093489/1‑150 (MQ=255) cATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTAGTTACCGCCGATCACCACCTc > 1:417103/1‑150 (MQ=255) cATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTAGTTACCGCCGATCACCACCTc > 1:977057/1‑150 (MQ=255) cAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCGCGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTAGTTACCGCCGATCACCACCTCACCGAAGGCCt > 2:638878/1‑150 (MQ=255) gCATGGCGTTGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTAGTTACCGCCGATCACCACCTCACCGAAGGCCTGGa < 1:682085/150‑1 (MQ=255) gCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTAGTTACCGCCGATCACCACCTCACCGAAGGCCTGGa < 2:491992/150‑1 (MQ=255) tGGCGTTGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTAGTTACCGCCGATCACCTCCTCACCGAAGGCCTGGATCa < 1:34039/150‑1 (MQ=255) tCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTAGTTACCGCCGATCACCACCTCACCGAAGGCCTGGATCACTTTa < 2:2673/150‑1 (MQ=255) cGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTAGTTACCGCCGATCACCACCTCACCGAAGGCCTGGATCACTTTAc < 1:638878/150‑1 (MQ=255) | GCACGAACTTGCTGGCACCGTCCATCGAGCCGTAGAACTCGGCCTCCTGCGCCACCTCGGCACGGCGGTGCTTGGCCTGGGCCTGGTCGATCAGGCCGGCATTGAGGTCGGCGTCGATGGCCATCTGCTTGCCAGGCATGGCGTCGAGGGTGAAACGCGCACTCACTTCCGAGATACGCCCGGCACCCTTGGTCACCACCACGAAGTTGATGATCATGAGGATGGCGAACACCACGGCACCGACCACGTAGTTACCGCCGATCACCACCTCACCGAAGGCCTGGATCACTTTAC > NC_002947/4936019‑4936312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |