Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,476,149 | T→C | 9.3% | Y111H (TAT→CAT) | PP_4813 → | PAP2 family protein/DedA family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,476,149 | 0 | T | C | 9.3% | 113.3 / 2.9 | 43 | Y111H (TAT→CAT) | PP_4813 | PAP2 family protein/DedA family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/20); new base C (2/2); total (21/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.21e-01 |
AAACGCTGCTCCTCGGCTTTCTCGGCGGCCTGCTGGGCGACGCCATGTCTTACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGCCGTCAGCCTGCTGGCGGGCGCCGGCTGGTCGGTCGCCTAC > NC_002947/5476000‑5476292 | aaaCGCTGCTCCTCGGCTTTCTCGGCGGCCTGCTGGGCGACGCCATGTCTTACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGtt < 2:810580/150‑1 (MQ=255) aaCGCTGCTCCTCGGCTTTCTCGGCGGCCTGCTGGGCGACGCCATGTCTTACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTa > 1:453479/1‑150 (MQ=255) aCGCTGCTCCTCGGCTTTCTCGGCGGCCTGCTGGGCGACGCCATGTCTTACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAAGATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTAt < 2:808708/150‑1 (MQ=255) cGCTGCTCCTCGGCTTTCTCGTCGGCCTGCTGGGCGACGCCATGTCTTACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCTCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATg < 1:162516/150‑1 (MQ=255) ctgctCCTCGGCTTTCTCGGCGGCCTGCTGGGCGACGCCATGTCTTACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGc > 1:872716/1‑150 (MQ=255) tcGGCTTTCTCGGCGGCCTGCTGGGCGACGCCATGTCTTACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCa < 1:816573/150‑1 (MQ=255) tctcGGCGGCCTGCTGGGCGACGCCATGTCTTACGCATGTCGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCctgct < 1:607904/150‑1 (MQ=255) tcGGCGGCCTGCTGGGCGACGCCATGTCTTACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCAGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCGACTTCCAGGGTTATGGCATCGCCATCctgctga > 2:607904/1‑149 (MQ=255) cATGTCTTACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCAGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCAAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCt > 2:571760/1‑150 (MQ=255) ttACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGcc > 1:203533/1‑128 (MQ=255) ttACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCtt < 1:534730/132‑1 (MQ=255) ttACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCtt > 2:534730/1‑132 (MQ=255) ttACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGcc > 2:1098826/1‑150 (MQ=255) ttACGCAGTGGGCAAGTACTTCAACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGcc < 2:203533/128‑1 (MQ=255) aCGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGa < 1:371601/150‑1 (MQ=255) gggCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCCGCGGCCGATGCTGcc > 2:687526/1‑150 (MQ=255) gTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGt < 1:453464/150‑1 (MQ=255) tACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTc < 1:494705/150‑1 (MQ=255) ttCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAGGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGcc > 2:370982/1‑150 (MQ=255) caccaGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGAtgctgc < 2:724879/136‑1 (MQ=255) caccaGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGAtgctgc > 1:724879/1‑136 (MQ=255) ccaGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCAt < 1:9947/150‑1 (MQ=255) ccaGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCAt < 2:180290/150‑1 (MQ=255) caGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATg < 1:282582/150‑1 (MQ=255) aTTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGAc > 2:664445/1‑150 (MQ=255) tGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGc > 2:12969/1‑150 (MQ=255) gCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGcc > 1:655358/1‑150 (MQ=255) cGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCcgc < 1:12969/150‑1 (MQ=255) gctgctACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGACAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCcgcg < 2:655358/150‑1 (MQ=255) caccaTCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGcc > 1:264449/1‑150 (MQ=255) aTCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTCATGGCATCGCTAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGAt < 1:56820/94‑1 (MQ=255) aTCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTCATGGCATCGCTAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGAt < 1:56661/94‑1 (MQ=255) aTCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTCATGGCATCGCTAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGAt > 2:56661/1‑94 (MQ=255) aTCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTCATGGCATCGCTAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGAt > 2:56820/1‑94 (MQ=255) aaTGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGCCGTCAGCctgc > 2:781150/1‑150 (MQ=255) aaTGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGCCGTCAGCctgc < 1:664445/150‑1 (MQ=255) gATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGATTGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGCCGTCAGCCTGCTggc > 1:1049216/1‑150 (MQ=255) tCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGcc < 2:442941/134‑1 (MQ=255) tCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGcc > 1:442941/1‑134 (MQ=255) aaGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCCGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGCCGTCAGCCTGCTGGCGGGCGCCGGCTggtc < 1:687526/150‑1 (MQ=255) tACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGCCGt < 2:939491/119‑1 (MQ=255) tACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGCCGt > 1:939491/1‑119 (MQ=255) ttCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGAGGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGCCGTCAGCCTGCTGGCGGGCGCCGGCTGGTCGGTCGcc < 1:1098826/150‑1 (MQ=255) cAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGACACCGTCATGTTCGACATGCCCCTGAGGAGCTGCATCCCCGTCATCCTGCTGGCGGGCGCCGGCTGGTCGGTCGCCTAc > 1:248293/1‑150 (MQ=255) | AAACGCTGCTCCTCGGCTTTCTCGGCGGCCTGCTGGGCGACGCCATGTCTTACGCAGTGGGCAAGTACTTCCACCAGAACATTCGCCGGCTGCCGCTGCTACGCCACCATCCGGAATGGATCGGCAGCGCCGAAAGCTACTTCCAGCGTTATGGCATCGCCAGCCTGCTGGTAGGCCGCTTCATCGGCCCGCTGCGGCCGATGCTGCCAATGGTCGCCGGCATGTTCGACATGCCCCTGCCGCGCTTCATCGCCGTCAGCCTGCTGGCGGGCGCCGGCTGGTCGGTCGCCTAC > NC_002947/5476000‑5476292 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |