Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,614,757 | G→T | 7.4% | A272A (GCC→GCA) | hldE ← | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,614,757 | 0 | G | T | 7.4% | 196.7 / 4.1 | 67 | A272A (GCC→GCA) | hldE | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/32); new base T (3/2); total (33/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 |
AGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTC > NC_002947/5614608‑5614906 | aGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATg > 2:955840/1‑150 (MQ=255) aGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATg < 1:546740/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGcc > 2:830291/1‑150 (MQ=255) gccgcGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCcgc > 1:70302/1‑150 (MQ=255) gccgcGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCcgc > 1:870773/1‑150 (MQ=255) gTTCGGAGACTTCCTCACGCTGGATGGCACGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTGGCCGAACACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCCATGGCCGCGGCaa > 2:376938/1‑150 (MQ=255) ctCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAg < 1:242376/149‑1 (MQ=255) ggAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTCGCCCGCGCCACCGCATGGGGCAGTGCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAggag > 2:242376/1‑148 (MQ=255) ggAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGt < 2:408392/150‑1 (MQ=255) ccTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGaa > 2:131937/1‑150 (MQ=255) ttCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAAt < 1:131937/150‑1 (MQ=255) ttCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAAt < 2:801767/150‑1 (MQ=255) ccTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCGGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGa < 2:690236/150‑1 (MQ=255) ccTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGa < 1:465521/150‑1 (MQ=255) ccTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGACCCGGGGCGACGCCTTGTCTCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGa < 1:804870/150‑1 (MQ=255) tCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCCATTGCCGCgg > 1:893548/1‑133 (MQ=255) tCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCCATTGCCGCgg < 2:893548/133‑1 (MQ=255) tCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACa < 2:1084960/150‑1 (MQ=255) tCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACa < 2:266329/150‑1 (MQ=255) tCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACa < 2:558785/150‑1 (MQ=255) aCGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGTCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGt < 2:1118168/150‑1 (MQ=255) gATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGcc > 1:872226/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCAcc > 2:434923/1‑150 (MQ=255) 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gggCGCTGATGGCAGCCGGACCCCGCTTGCCGACCAAAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCACGGCCACCGCATGGGGGAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAacc < 2:453108/150‑2 (MQ=255) gcTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTc > 1:610561/1‑150 (MQ=255) ggCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCCCCCGCGGGATTGGCCGCGGCAAGGGGGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCGCATCGAACACTTCGCGTGc > 2:34950/1‑150 (MQ=255) gCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCaa > 1:275038/1‑97 (MQ=255) gCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCaa < 2:275038/97‑1 (MQ=255) aGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCcg > 2:28225/1‑150 (MQ=255) aGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCcg > 2:203944/1‑150 (MQ=255) gCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGGCACATCGAACACTTCGCGTGCCcgc > 1:231847/1‑150 (MQ=255) ccAGCTTGCAGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGTGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCgcaggca > 1:348727/1‑150 (MQ=255) cAGCTTGCCGAGCACTTGGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAAGGGCCGCGGCAGGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCgcaggcag < 2:340322/150‑1 (MQ=255) cAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTcac < 1:935377/120‑1 (MQ=255) cAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTcac > 2:935377/1‑120 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aCCGCATGGGGCAGGTCCTCACACGCGGCAATGGCCGCGACAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCACGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTAACCGACACACAATAAGGTaatgccatgc > 2:508202/1‑150 (MQ=255) ccGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCt > 1:18808/1‑150 (MQ=255) aTGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGccc > 1:599149/1‑92 (MQ=255) aTGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGccc < 2:599149/92‑1 (MQ=255) ggCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCgg < 1:537919/150‑1 (MQ=255) aGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTg > 1:600335/1‑150 (MQ=255) 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ggCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCccaggtc < 2:823992/150‑1 (MQ=255) | AGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCCCAGGTC > NC_002947/5614608‑5614906 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |