Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,916,404 | G→A | 8.7% | A160V (GCA→GTA) | argE ← | acetylornithine deacetylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,916,404 | 0 | G | A | 8.7% | 121.9 / 3.4 | 46 | A160V (GCA→GTA) | argE | acetylornithine deacetylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/20); new base A (2/2); total (24/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.51e-01 |
CATGACCGCATGCATGGCCTCCATGGCGCTGCGGCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCGGGATGACCGCTTCGATGACCAGGGCGAAGAAGCC > NC_002947/5916256‑5916552 | cATGACCGCATGCATGGCCTCCATGGCGCTGCGGCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGCGGATCGCTGc > 1:109092/1‑150 (MQ=255) gcatgcatGGCCTCCATGGCGCTGCGGCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGccc > 2:633217/1‑150 (MQ=255) catgGCCTCCATGGCGCTGCGGCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGtgg < 2:912612/150‑1 (MQ=255) catgGCCTCCATGGCGCTGCGGCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGtgg > 2:463052/1‑150 (MQ=255) gCCTCCATGGCGCTGCGGCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGtggctgg < 1:1105259/150‑1 (MQ=255) tCCATGGCGCTGCGGCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCCGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTggccg < 2:740319/150‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGCGGCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTggccggcc > 1:855324/1‑150 (MQ=255) aTGGCGCTGCGGCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTggccggcc < 1:495771/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGCGGCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTc > 2:928281/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGc > 1:1066532/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTCATTGGCCTGGCTCGGCCAGGGCAc < 2:375899/150‑1 (MQ=255) gTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGa > 2:85593/1‑150 (MQ=255) gacgaATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGtg > 1:1101802/1‑112 (MQ=255) gacgaATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGtg < 2:1101802/112‑1 (MQ=255) gacgaATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATg > 1:217634/1‑150 (MQ=255) aTGGCCGCTGCGCAAGAGGACATTGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCt < 2:255944/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTttct > 1:173711/1‑150 (MQ=255) cTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTtcg < 2:712673/150‑1 (MQ=255) tGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTtcgt < 1:926236/150‑1 (MQ=255) aCCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCa > 2:688363/1‑150 (MQ=255) atgATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTg > 2:21075/3‑150 (MQ=255) tCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGGATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAgg > 1:274404/1‑150 (MQ=255) cGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGa < 1:463052/150‑1 (MQ=255) aTGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATc < 1:83857/150‑1 (MQ=255) ggTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATcagca > 1:378250/1‑150 (MQ=255) aGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCggacac < 2:461298/150‑5 (MQ=255) gATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCtt < 1:633217/150‑1 (MQ=255) cTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTc < 2:82866/150‑1 (MQ=255) cATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTc < 1:85593/150‑1 (MQ=255) ggATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCcagca < 2:855324/150‑1 (MQ=255) tCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCg < 2:227594/150‑1 (MQ=255) gCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATg > 1:1044992/1‑83 (MQ=255) gCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATg < 2:1044992/83‑1 (MQ=255) gCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCGGGATGa < 2:685623/147‑1 (MQ=255) gCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCGGGATGa > 1:685623/1‑147 (MQ=255) gCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCGGGATGACCGCTTCGATGa > 1:1113132/1‑150 (MQ=255) cTCACCGAGGATCGCTACACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCaa > 2:53815/1‑92 (MQ=255) cTCACCGAGGATCGCTACACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCaa > 2:53742/1‑92 (MQ=255) cTCACCGAGGATCGCTACACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCaa < 1:53742/92‑1 (MQ=255) cTCACCGAGGATCGCTACACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCaa < 1:53815/92‑1 (MQ=255) tCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTAGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCGGGATGACCGCTTCGATGAcc > 1:244416/1‑150 (MQ=255) aCCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCGGGATGACCGCTTCGATGACCAg > 1:715876/1‑150 (MQ=255) cGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCGGGATGACCGCTTCGATGACCAggg > 1:1129008/1‑150 (MQ=255) gAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCGGGATGACCGCTTCGATGACCAGGGc > 1:188003/1‑150 (MQ=255) gATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCGGGATGACCGCTTCGATGACCAGGGCgaa < 2:173711/150‑1 (MQ=255) tGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCGGGATGACCGCTTCGATGACCAGGGCGAAGAAGcc > 2:957969/1‑150 (MQ=255) | CATGACCGCATGCATGGCCTCCATGGCGCTGCGGCCCAGGCTTGGGTCCGACGAATGGCCGCTGCGACCGAGGATGTCGATGCGGTCCATGAGGATGCCCTTGTGCATGCGGATCGGCCGCAGCCCGGTAGGCTCACCGAGGATCGCTGCACGGCCCAGTGGCTGGCCGGCCTCGGCCAGGGCACGGGCGCCGGACATGGAGCTTTCTTCGTCGCAGGTGGCAAGGATCAGCAGCGGCTCCTTGAAGTCGTGCTCCAGCAGCGGGATGACCGCTTCGATGACCAGGGCGAAGAAGCC > NC_002947/5916256‑5916552 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |