| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 557,191 | G→T | 6.1% | L79L (CTG→CTT) | rpsN → | 30S ribosomal protein S14 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 557,191 | 0 | G | T | 6.1% | 206.6 / 2.1 | 66 | L79L (CTG→CTT) | rpsN | 30S ribosomal protein S14 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/29); new base T (2/2); total (35/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.68e-01 | |||||||||||
CCATCGTCAACCTGAACGCCTCTCCAGAAGAGCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCTTCCGACCGCCGGTGACCTTGCCAACAAACAAGCCCCTATAT > NC_002947/557043‑557339 | ccATCGTCAACCTGAACGCCTCTCCAGAAGAGCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTgg < 1:122565/150‑1 (MQ=255) cATCGTCAACCTGAACGCCTCTCCAGAAGAGCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTggg > 1:931987/1‑150 (MQ=255) tCAACCTGAACGCCTCTCCAGAAGAGCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTa > 1:351023/1‑150 (MQ=255) cAACCGGAACGCCTCTCCAGAAGAGCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTaa < 2:726770/150‑1 (MQ=255) cTGAACGCCTCTCCAGAAGAGCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTgg > 1:1125904/1‑139 (MQ=255) cTGAACGCCTCTCCAGAAGAGCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTgg < 2:1125904/139‑1 (MQ=255) gCCTCTCCAGAAGAGCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGt > 2:521137/1‑150 (MQ=255) ctctCCAGAAGAGCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCa > 1:7688/1‑150 (MQ=255) agaagaGCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGc > 1:555740/1‑150 (MQ=255) agagCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAAt < 2:931987/150‑1 (MQ=255) tttCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCCGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCgg > 1:620814/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGt < 2:505785/150‑1 (MQ=255) gTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCa > 2:868179/1‑150 (MQ=255) gTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGt < 1:742945/150‑1 (MQ=255) gtagtGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTg < 2:905293/146‑1 (MQ=255) gCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTg < 1:868179/150‑1 (MQ=255) gCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACACTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTg > 2:754114/1‑150 (MQ=255) tGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCGGGTCa > 1:825822/1‑150 (MQ=255) 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aaGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGAc > 1:512372/1‑129 (MQ=255) aaGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGAc < 2:512372/129‑1 (MQ=255) gcagcGACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGcctc > 2:777238/1‑150 (MQ=255) gcCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTg > 2:866406/1‑150 (MQ=255) gcCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTg > 2:692264/1‑150 (MQ=255) ccACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTgg < 2:351023/150‑1 (MQ=255) cACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGcctcc < 2:293791/146‑1 (MQ=255) cACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGcctcc > 1:293791/1‑146 (MQ=255) cACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGt > 1:393665/1‑150 (MQ=255) aCGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTCAACGAAGCGGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTa > 2:870095/1‑150 (MQ=255) cgACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATc < 1:692264/150‑1 (MQ=255) 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ccTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAggg < 1:419586/141‑1 (MQ=255) ccTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCGCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCt > 2:30464/1‑150 (MQ=255) aCCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTg > 1:177008/1‑131 (MQ=255) aCCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTg < 2:177008/131‑1 (MQ=255) gtcntcCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCTTCCGAccg > 2:704457/1‑150 (MQ=255) tcCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCTTCCGACCGCCgg < 1:431581/150‑1 (MQ=255) cTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCTTCCGACCACCGGTg > 1:405398/1‑150 (MQ=255) aCGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTTGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTg < 1:492507/91‑1 (MQ=255) aCGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTTGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTg > 2:492287/1‑91 (MQ=255) aCGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTTGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTg > 2:492507/1‑91 (MQ=255) aCGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTTGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTg < 1:492287/91‑1 (MQ=255) cGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCtt > 2:276787/1‑133 (MQ=255) cGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCtt < 1:276787/133‑1 (MQ=255) 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ttCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCTTcc < 2:140600/119‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCTTcc > 1:140600/1‑119 (MQ=255) tCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCTTCCGACCGCCGGTGACCTTGCCAACAAACAAGccc < 2:925181/150‑1 (MQ=255) ccTGCGGCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCACTGCGCCGTGACGTACGAGGTCTCGTCAGGGCGTGCTCGTAATCGCTGCAGTCAAGGCGCGGGCGGTGGGGGAGCAACGTTCCGCCCGACGGTGACATTGCCAACAAACAAGCCCCtat > 2:173447/1‑150 (MQ=255) tGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCTTCCGACCGCCGGTGACCTTGCCAACAAACAAGccccatata > 2:435668/1‑145 (MQ=255) | CCATCGTCAACCTGAACGCCTCTCCAGAAGAGCGTTTCGCTGCCGTTGTCGCTCTGCAGAAGCAGCCACGCGACGCTAGCGCCTCGCGCCTGCGCAACCGTTGCCGCCTGACCGGTCGTCCTCACGGTGTATACCGTAAGTTCGGCCTGGGCCGTAACATGCTGCGTCAAGCTGCAATGCGCGGTGACGTACCAGGTCTGGTCAAGGCCTCCTGGTAATCGCTGCAGGCAAGGCGCGGGTGGAAGGGGAGCAATCTTCCGACCGCCGGTGACCTTGCCAACAAACAAGCCCCTATAT > NC_002947/557043‑557339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |