| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | 5477237 = | 18 (0.530) | intergenic (+102/+10) | PP_4813/PP_4814 | PAP2 family protein/DedA family protein/ATP‑dependent protease La domain‑containing protein | |||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAG > NC_002947/5476993‑5477282 | gCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCC > 1:643648‑M1/1‑150 (MQ=255) ccaatcagctggcgtacctgttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCt > 1:75212‑M1/145‑150 (MQ=255) ccTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCT > 2:303050‑M1/1‑150 (MQ=255) aatcagctggcgtacctgttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCtgt < 2:862732‑M1/8‑1 (MQ=255) tcagctggcgtacctgttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGc > 1:751180‑M1/141‑150 (MQ=255) tcagctggcgtacctgttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctggacgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGc < 1:331129‑M1/10‑1 (MQ=255) aTTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGTGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCG > 2:1009154‑M1/1‑150 (MQ=255) aTTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCG > 2:478584‑M1/1‑150 (MQ=255) gTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCT > 2:297594‑M1/1‑150 (MQ=255) gtacctgttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTAtt < 2:904001‑M1/19‑1 (MQ=255) gtacctgttgccgttcatggaagaggacaagctggacctgctgaccctcgattcgccacagcagcggctgggcgagatccagaagctgctggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTAtt < 1:702530‑M1/19‑1 (MQ=255) aaCGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTC > 1:627663‑M1/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGTGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGC < 1:1009154‑M1/150‑1 (MQ=255) 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tggagcggattcagggggagttgttcgcctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCgg > 1:1067931‑M1/43‑111 (MQ=255) ttGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGc > 2:248896/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAAt > 2:641229/1‑131 (MQ=255) cGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAAt < 1:641229/131‑1 (MQ=255) gTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTccc < 1:248896/150‑1 (MQ=255) ggTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCt < 1:430960/150‑1 (MQ=255) tCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGa > 2:331129/1‑150 (MQ=255) aGGTATCAATATTGATGCTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAAt > 2:648176/1‑150 (MQ=255) gTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATcc > 2:886755/1‑150 (MQ=255) cctgatggttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTcgcg > 2:938358‑M1/16‑38 (MQ=255) ttctgtaTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGc < 2:824350‑M1/87‑1 (MQ=255) atTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGTGGGTAAACCCGCTCCTACT‑‑C‑A‑‑CCAGATCGGGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCCCGAATAGGCCTGCACAGGCAAGACAGAACCATCGGGCGACCAACTCCCCCTGAATCCGCTCcagc > 1:337592/1‑150 (MQ=37) gTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGcacgggatcgcgcttatcgtaggagcgggtttacccgcgaataggccggcacaggcaacatcaatattgatacctgaccaacgcctgcggcaacgcatgcatggcgaa < 2:1213241‑M1/150‑109 (MQ=255) ttGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGataagcgcgatcccgtgcgtaggagcgggtttacccgcgaataggccggcacaggcaacatcaatattgatacctgaccaacgcctgcggcaacgcaaacatgtcgaag > 1:684557‑M1/1‑41 (MQ=255) | GCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTGCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑‑C‑A‑‑CGGGATCGCGCTTATCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAATACAGAACCATCAGGCGAACAACTCCCCCTGAATCCGCTCCAGCAG > NC_002947/5476993‑5477282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |