| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | = 6001022 | 49 (1.280) | intergenic (+73/+36) | PP_5256/amaA | cyclic nucleotide‑binding protein/L‑pipecolate oxidase | |||||
CGGCGTTGAGCAAATTGCAGCGGTTCCGGCGGCAGAGCCGGGAGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCTGTGGTGAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTGTCCGCAGCGAAG > NC_002947/6000840‑6001134 | cGGCGTTGAGCAAATTGCAGCGGTTCCGGCGGCAGAGCCGGGAGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑aa < 2:201000/150‑1 (MQ=255) gTTGAGCAAATTGCAGCGGTTCCGGCGGCAGAGCCGGGAGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑Aggttc > 2:428242‑M1/1‑145 (MQ=255) tGAGCAAATTGCAGCGGTTCCGGCGGCAGAGCCGGGAGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑Aggttcac < 2:252472‑M1/150‑8 (MQ=255) gTTCCGGCGGCAGAGCCGGGAGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGc > 1:142632/1‑150 (MQ=255) ttCCGGCGGCAGAGCCGGGAGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCt > 1:1056320/1‑150 (MQ=255) cggcggCAGAGCCGGGAGTCGTCGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCtgtg < 2:331698/150‑1 (MQ=255) ccGGGAGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCTGTGGTGAACCtgta > 2:268754‑M2/1‑146 (MQ=255) gatctgtcgttGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCTGTGGTGAACCtgtag > 1:773864‑M2/6‑145 (MQ=255) cGGGAGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCtgtg > 1:1162919/1‑138 (MQ=255) cGGGAGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCtgtg < 2:1162919/138‑1 (MQ=255) aGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCTGTGGTGAACCtgtaggagc < 1:1166620‑M2/150‑10 (MQ=255) tCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑Aggttcaccacagccctctcaggcggtgcactacttgtaggagcgg < 1:428242‑M1/150‑46 (MQ=255) tCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGAATTACTGAGATACTTGCAAAGGTCAGCACCACACGCCCACGTCTCTGATAAACCCGCTCCGTC‑AAGTAGTTCACCGCCTGAGAGGGCTGTGGTGAACCTGTAGGAgatc > 2:773864/1‑147 (MQ=255) gttgttgttGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑Aggttcaccacagccctctcaggcggtgcactacttgtaggagc < 2:1236472‑M1/146‑44 (MQ=255) gttgttgttGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑Aggttcaccacagccctctcaggcggtgcactacttgtaggagc > 1:1236472‑M1/1‑103 (MQ=255) gttgttgttGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑Aggttcaccacagccctctcaggcggtgcactac > 1:1252841‑M1/1‑103 (MQ=255) gttgttgttGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑Aggttcaccacagccctctcaggcggtgcactac < 2:1252841‑M1/136‑34 (MQ=255) ttgttgttgCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑Aggttcaccacagccctctcaggcggtgcactacttgtaggagcggg < 1:793361‑M1/148‑47 (MQ=255) ttgttgttgCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑Aggttcaccacagccctctcaggcggtgcactacttgtaggagcggg > 2:793361‑M1/1‑102 (MQ=255) ttgttgttgCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCTGTGGTGAACCtgtaggagcgggtt < 2:1007722‑M2/150‑15 (MQ=255) tgttgCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCTGTGGTGAACCtgtaggagctggtttacc < 1:87001‑M2/150‑19 (MQ=255) ccGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCTGTGGTGAACCtgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc > 2:1166620‑M2/1‑121 (MQ=255) ccGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑AAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCTGTGGTGAACCtgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc > 2:142632‑M2/1‑121 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |