| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,741,280 | C→T | intergenic (+471/+281) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,280 | 0 | C | T | 80.0% | 46.7 / 5.0 | 25 | intergenic (+471/+281) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/2); new base T (9/11); total (12/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAC > NC_002947/4741170‑4741404 | gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGac > 2:480646/1‑150 (MQ=255) tcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACg > 1:51634/1‑150 (MQ=255) ttGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGGATCACGCGCCGTTTGCACCCGTGGCATATCGGACCTGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCCG‑CATCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TACAGCGACAGGCCCGGGACATGtcc < 2:1221130/150‑1 (MQ=255) ttGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcc < 1:480646/150‑1 (MQ=255) tCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa < 1:1223189/150‑1 (MQ=255) caCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCtt > 1:1051455/1‑150 (MQ=255) cGGAATCACGCGGCGGCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGCTATAGTGCCAGCTCTGGTCACCTTAGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACTTTgg < 2:482803/150‑1 (MQ=255) tCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgc > 1:175268/1‑150 (MQ=255) cACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcg < 2:1051455/150‑1 (MQ=255) cGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCAc > 1:1080954/1‑150 (MQ=255) gCGAATTGAAATGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGGCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 2:398542/1‑150 (MQ=255) tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 2:856799/150‑1 (MQ=255) tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGCCAAACcgc < 2:1159322/150‑1 (MQ=255) tGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc < 2:175268/150‑1 (MQ=255) taGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTAc < 2:1148244/150‑1 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACt < 2:504778/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt > 2:1125569/1‑150 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt > 2:1009584/1‑150 (MQ=255) gtacAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg > 1:48926/4‑150 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCAc < 1:1165990/122‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCAc > 2:1165990/1‑122 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTgg < 1:1009584/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:61301/138‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 2:574392/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt > 2:61301/1‑138 (MQ=255) | GCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAC > NC_002947/4741170‑4741404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |