Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 838,006 | Δ1 bp | 9.5% | intergenic (‑39/+41) | pth ← / ← rplY | peptidyl‑tRNA hydrolase/50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 838,006 | 0 | G | . | 9.5% | 191.6 / 15.8 | 63 | intergenic (‑39/+41) | pth/rplY | peptidyl‑tRNA hydrolase/50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/32); new base . (4/2); total (28/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.44e-01 |
ACGCTGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCG > NC_002947/837857‑838150 | acGCTGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTgcg > 1:703616/1‑150 (MQ=255) gCTGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTgcgcg > 1:580075/1‑150 (MQ=255) tGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGt < 2:1002913/150‑1 (MQ=255) tGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGt > 2:1213700/1‑150 (MQ=255) gCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTaa < 1:40365/150‑1 (MQ=255) gCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTaa < 1:264569/150‑1 (MQ=255) aaGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAAcc < 1:115675/150‑1 (MQ=255) aGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAAccc > 1:1033393/1‑150 (MQ=255) aaCGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACg > 1:537285/1‑150 (MQ=255) gAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCg < 2:525108/150‑1 (MQ=255) aaaGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGc > 2:1007357/1‑150 (MQ=255) aaaGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGc > 1:55592/1‑150 (MQ=255) agagCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTCTATTGA‑TCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGt < 1:1043012/150‑1 (MQ=255) cccTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAg < 2:722455/150‑1 (MQ=255) tGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTgg > 2:442773/1‑150 (MQ=255) gCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATGAACGCCGGCGTGCGAGTGGa < 2:172162/150‑1 (MQ=255) gCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGa < 2:834466/150‑1 (MQ=255) cGTCATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTCGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GAACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGAt < 1:340533/150‑1 (MQ=255) gCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGGTCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGGGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTGTCGCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCg < 2:250911/150‑1 (MQ=255) tGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGcc < 2:537285/150‑1 (MQ=255) cGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttct > 1:451914/1‑150 (MQ=255) tATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttctgc < 2:55592/150‑1 (MQ=255) ggggCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttctgcttctg > 2:297486/1‑150 (MQ=255) ccGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttctgcttctg > 2:109627/1‑146 (MQ=255) ccGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCcttctgcttctg < 1:109627/146‑1 (MQ=255) aCCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTg < 1:819006/150‑1 (MQ=255) cccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTGAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTgg > 1:353465/1‑150 (MQ=255) cccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTgg > 1:412331/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGa > 1:810207/1‑138 (MQ=255) ccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGa < 2:810207/138‑1 (MQ=255) ccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGa > 1:1030113/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGa < 1:442773/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGa > 2:1031661/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGC‑CGCGCGCACTGTaa > 1:20735/1‑83 (MQ=38) 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gCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCttt < 1:1031661/150‑1 (MQ=255) tCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGa > 2:526830/1‑111 (MQ=255) tCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGa < 1:526830/111‑1 (MQ=255) cACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGtcat < 2:1121883/150‑1 (MQ=255) gTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTgg < 1:182251/78‑1 (MQ=255) gTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTgg > 2:182251/1‑78 (MQ=255) gTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCAc > 2:789278/1‑150 (MQ=255) tctTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCa > 2:687137/1‑150 (MQ=255) ttCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCaga < 2:412331/150‑1 (MQ=255) ttCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACACGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCaga > 1:159127/1‑150 (MQ=255) aGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGaa < 2:1033393/150‑1 (MQ=255) ttGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTACGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAAct > 2:1089859/1‑150 (MQ=255) tggGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTAc < 1:297486/150‑1 (MQ=255) ggTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGaa > 2:757401/1‑142 (MQ=255) ggTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGaa < 1:757401/142‑1 (MQ=255) ggTTACAGTGC‑CGCGCGCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGc > 1:777314/1‑150 (MQ=255) gTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGcc > 1:558106/1‑150 (MQ=255) gTTACAGTGC‑CGCGCGCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGt < 2:746901/125‑1 (MQ=255) gTTACAGTGC‑CGCGCGCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGt > 1:746901/1‑125 (MQ=255) gTTACAGTGC‑CGCGCGCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGcc > 2:397483/1‑150 (MQ=255) ttACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCt > 1:344900/1‑150 (MQ=255) cAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGc > 1:264511/1‑131 (MQ=255) cAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGc < 2:264511/131‑1 (MQ=255) cAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTc < 1:776893/150‑1 (MQ=255) aGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCg < 1:1122650/150‑1 (MQ=255) | ACGCTGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGT‑TACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGTGGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCG > NC_002947/837857‑838150 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |