New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 922749 = | 48 (0.980) | 3 (0.060) | 4/248 | NT | 6.3% | coding (282/1185 nt) | PP_0803 | protein secretion ABC transporter permease |
? | NC_002947 | 922788 = | 42 (0.860) | coding (243/1185 nt) | PP_0803 | protein secretion ABC transporter permease |
GTTTCGGCATCGATCAGGTCAGGAGAGTCGCGCAGGCTCTCCGGGAAGGTCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGCCTGTGCCGGTGGATACCTCG > NC_002947/922600‑922893 | gTTTCGGTATCGATCAGGTCAGGAGAGTCGCGCAGGCTCTCCGGGAAGGTCAGTGCCTTGCCGGTCTCCTCTGCCTGCAGGTGGGCCTGGCTGGCCCGGGCAGCTCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCCCGCTGGAAGCCGCCTTggtc < 2:72094/150‑1 (MQ=255) tttCGGCATCGATCAGGTCAGGACAAGTGCTCAGGCTCTCCGGGAAGGTCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTggtcg < 1:668/150‑1 (MQ=255) aTCAGGTCAGGAGAGTCGCGCAGGCTCTCCGGGAAGGTCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTgg < 2:323768/150‑1 (MQ=255) gtcaggAGAGTCGCGCAGGCTCTCCGGGAAGGTCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCGCGGCCAg > 2:928906/1‑150 (MQ=255) gtcaggAGAGTCGCGCAGGCTCTCCGGGAAGGTCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTGTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCGCGGCCAg > 2:928208/1‑150 (MQ=255) gtcaggAGAGTCGCGCAGGCTCTCCGGGAAGCCCAGTGGCTTGCGGGGGCACTCTGCCTGCCGGCGGGCCTGGCTGGCTCGGCCAGCCCGGCACTTGGCCTGGCTTTCACCAACGCTTGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTTGGCCac > 2:216024/1‑149 (MQ=255) tcaggAGAGTCGCGCAGGCTCTCCGGGAAGGTCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGc < 1:512131/150‑1 (MQ=255) gagTCGCGCAGGCTCTCCGGGAAGGTCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTgg < 2:1112188/150‑1 (MQ=255) tctcCGGGAAGGTCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCa > 1:913732/1‑150 (MQ=255) cGGGAAGGTCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTCCAGGAGGGTTAGTGCCGCCCTGGCGGCTCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTc < 1:1249990/150‑1 (MQ=255) tCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTg < 2:175819/112‑1 (MQ=255) tCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTg > 1:175819/1‑112 (MQ=255) tCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCgg < 1:523649/150‑1 (MQ=255) tCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGAAATCTTCGTGGGCCTGCCCTGGGCTAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCgg > 1:926611/1‑150 (MQ=255) gTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCCCGCTATTAGGCCTCGCTGTGTTGGATGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCa > 1:1120539/1‑150 (MQ=255) accggcacaggcaaggtcattccaagttcgcgagagcaggtcattcagtcgttcgagggcggtatcgtcgcgcagatgagcgtggccgaaggtgacCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGt < 1:878958‑M1/41‑1 (MQ=255) gCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGc > 2:806573/1‑150 (MQ=255) gTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCAc < 1:1272515/107‑1 (MQ=255) gTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCAc > 2:1272515/1‑107 (MQ=255) ctctGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGcgac > 1:289975/1‑150 (MQ=255) ctctGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTAGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGcgac > 1:500708/1‑150 (MQ=255) tctGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGcgacg > 2:560816/1‑150 (MQ=255) tgcctgcAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGAt < 2:342448/150‑1 (MQ=255) cctgcAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCAc > 1:1280540/1‑120 (MQ=255) cctgcAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCAc < 2:1280540/120‑1 (MQ=255) ctgcAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGAGGGTAcc > 1:512282/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTgg < 1:1212588/78‑1 (MQ=255) gCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTgg > 2:1212588/1‑78 (MQ=255) ggctggcCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACt < 2:289975/150‑1 (MQ=255) gcgGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGTAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTcg < 1:216024/150‑1 (MQ=255) cgGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTAGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTcgc < 2:500708/150‑1 (MQ=255) tGGCCTCGTTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGTTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGACCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTg < 1:387409/150‑1 (MQ=255) tGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATATCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTg < 2:905547/150‑1 (MQ=255) gCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTc < 2:115760/116‑1 (MQ=255) gCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTc > 1:115760/1‑116 (MQ=255) ccTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGaa < 1:806573/150‑1 (MQ=255) cTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAAt > 1:496221/1‑150 (MQ=255) cTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTAGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAAt < 2:926611/150‑1 (MQ=255) cTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGAcc < 2:1256184/150‑1 (MQ=255) cTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGAcc < 1:275871/150‑1 (MQ=255) aCCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAAc > 2:296607/1‑109 (MQ=255) aCCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAAc < 1:296607/109‑1 (MQ=255) aCCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGcc > 2:1223906/1‑150 (MQ=255) cccACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGCCt < 2:1263825/150‑1 (MQ=255) ccACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGCCtg > 2:705401/1‑150 (MQ=255) cACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGaa > 2:783386/1‑130 (MQ=255) cACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGaa < 1:783386/130‑1 (MQ=255) aCGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGCCtgtg > 2:811603/1‑150 (MQ=255) gAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGCCTGTGCCGGTg < 1:1223906/150‑1 (MQ=255) ccGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACtt > 2:706476/1‑122 (MQ=255) ccGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACtt < 1:706476/122‑1 (MQ=255) gaaggtgacCTGGTCGAGCGCGGCCAGGTGCTGGCCCAGCTCGACCCGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGCCTGTGCCGGTGGa > 2:1078233‑M1/10‑147 (MQ=255) gaaggtgacCTGGTCGAGCGCGGCCAGGTGCTGGCCCAGCTCGACCCGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGCCTGTGCCGGTGGa < 1:1078233‑M1/138‑1 (MQ=255) ttGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGCCTGTGCCGGTGGATACCTCg > 2:186722/1‑150 (MQ=255) ctGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCCCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGCCTGTGCCGGTGGATACCTCg < 1:182022/149‑1 (MQ=255) acCTGGTCGAGCGCGGCCAGGTGCTGGCCCAGCTCGACCCGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGCCTGTGCCGGt < 2:878958‑M1/135‑1 (MQ=255) | GTTTCGGCATCGATCAGGTCAGGAGAGTCGCGCAGGCTCTCCGGGAAGGTCAGTGGCTTGCCGGTCACCTCTGCCTGCAGGCGGGCCTGGCTGGCCCTGGCAGCGCGGTACTTGGCCTCGCTTTCACCCACGCTGGAAGCCGTCTTGGTCGGGTCGAGCTGGGCCAGCACCTGGCCGCGCTCGACCAGGTCACCTTCGGCCACGCTCATCTGCGCGACGATACCGCCCTCGAACGACTGAATGACCTGCTCTCGCGAACTTGGAATGACCTTGCCTGTGCCGGTGGATACCTCG > NC_002947/922600‑922893 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |