| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5520681 = | 52 (1.060) | 4 (0.090) | 4/238 | NT | 7.4% | coding (679/882 nt) | PP_4853 | DMT superfamily permease |
| ? | NC_002947 | 5520727 = | 50 (1.070) | coding (725/882 nt) | PP_4853 | DMT superfamily permease | |||||
GCCAATGCAGCTGCTGTACCTGCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCA > NC_002947/5520533‑5520802 | gccAATGCAGCTGCTGTACCTGCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGgt > 1:1006794/1‑150 (MQ=255) cggcggatcggcgtggtccagcgttcggccagcactacgccggccaaggtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGtgtg > 1:548328‑M1/146‑150 (MQ=255) cggcggatcggcgtggtccagcgttcggccagcactacgccggccaaggtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGtgtg > 2:131412‑M1/146‑150 (MQ=255) gtggtccagcgttcggccagcactacgccggccaaggtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGtgtg < 2:156675‑M1/5‑1 (MQ=255) gtggtccagcgttcggccagcactacgccggccaaggtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGtgtg > 1:156675‑M1/134‑138 (MQ=255) cTGGTGGCCATCGTCCTGTCGCTGCCGCTGCTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTgggg < 2:1212134/150‑1 (MQ=255) gtggCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGccc < 2:664351/150‑1 (MQ=255) gCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCCGCTACCGATCTCACCG‑TCTTGCACAACATCGGCCTGGTCCTTTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGc < 1:287797/150‑1 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCCGGCA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCATGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCg > 1:1066923/1‑150 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGtgtg > 2:860344/1‑117 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGtgtg < 1:860344/117‑1 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCg < 1:1240007/150‑1 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCg > 1:60310/1‑150 (MQ=255) aTCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGc > 2:693794/1‑150 (MQ=255) gtgtTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGTATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACcaca < 1:864920/150‑1 (MQ=255) tgtTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCacac > 2:1084178/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATTCAGGCCGTGCGCGGCCTGGGGCCCAGCCGCACTACACTg > 1:344556/1‑150 (MQ=255) gctgcCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGtt < 2:60310/150‑1 (MQ=255) ctgcCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGttc < 2:1023650/150‑1 (MQ=255) ctgcCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGttc > 1:442069/1‑150 (MQ=255) gtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgtccagcggcagcaagttgaagaacaGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGtt > 2:369077‑M1/98‑147 (MQ=255) gtcagcaagccgccgaccaggtggtaactggccagttgttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGtt < 1:369077‑M1/50‑1 (MQ=255) ccGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGAAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGttcttc > 2:926199/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCaa < 1:1084178/150‑1 (MQ=255) ctgctgTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGTGTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTtgctg < 2:1138210/150‑1 (MQ=255) tactgTCAGAAA‑AGACCGGCATGAACAGTCACAACATGGGCGTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCTATGATCGGGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGACTGGGGCCCAGCCGGATCACACTGTTCTTCTCCTtgctga > 2:461463/3‑149 (MQ=255) gctgTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGcc > 2:76774/1‑150 (MQ=255) tgTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGc < 1:76774/150‑1 (MQ=255) gTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAAc < 2:418979/139‑1 (MQ=255) gTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAAc > 1:418979/1‑139 (MQ=255) tCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTgggg > 1:1203120/1‑111 (MQ=255) tCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTgggg < 2:1203120/111‑1 (MQ=255) gACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTc > 2:325271/1‑150 (MQ=255) aCA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTgg > 2:1182491/1‑83 (MQ=255) aCA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTgg < 1:1182491/83‑1 (MQ=255) aCA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCacac > 2:824951/1‑123 (MQ=255) aCA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCacac < 1:824951/123‑1 (MQ=255) aCA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCa < 2:442069/150‑1 (MQ=255) a‑aGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCAcc > 2:783475/1‑150 (MQ=255) cTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGCTc < 1:1258362/150‑1 (MQ=255) cTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATc < 1:783475/150‑1 (MQ=255) ttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAAc < 2:875842‑M1/57‑1 (MQ=255) ttcgtcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAAc > 1:875842‑M1/60‑116 (MQ=255) ccACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGttct < 2:1274689/110‑1 (MQ=255) ccACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGttct > 1:1274689/1‑110 (MQ=255) ccACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgt > 1:876371/1‑150 (MQ=255) cacaACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgtg < 1:693794/150‑1 (MQ=255) cacaACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgtg > 2:573632/1‑150 (MQ=255) acaacaTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTTTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgcgg > 2:347631/1‑150 (MQ=255) caacaTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgtg > 1:662331/1‑148 (MQ=255) caacaTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgtg < 2:662331/148‑1 (MQ=255) caacaTCGGCCTGGTCCTGTACGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTggg > 2:775859/1‑84 (MQ=255) caacaTCGGCCTGGTCCTGTACGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTggg < 1:775859/84‑1 (MQ=255) acaTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGc < 1:325271/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTcgacga > 1:747520/1‑150 (MQ=255) gTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCCCTGTTGGGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGc < 2:1066923/150‑1 (MQ=255) gTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGAAGACGGCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGc > 1:998172/1‑150 (MQ=255) cTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTa > 2:852829/1‑150 (MQ=255) cTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCAGCTGGTGTGGATTCAGGCCGTGCTGCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTa > 1:162014/1‑150 (MQ=255) tGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTac < 2:867399/150‑1 (MQ=255) cGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTacca < 2:162014/150‑1 (MQ=255) tACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCgcgc < 2:926124/105‑1 (MQ=255) tACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCgcgc > 1:926124/1‑105 (MQ=255) | GCCAATGCAGCTGCTGTACCTGCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACA‑AGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCA > NC_002947/5520533‑5520802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |