Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 503,835 | A→T | 10.9% | intergenic (+35/‑116) | PP_0414 → / → rpe | polyamine ABC transporter permease/ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 503,835 | 0 | A | T | 10.9% | 150.3 / 7.0 | 54 | intergenic (+35/‑116) | PP_0414/rpe | polyamine ABC transporter permease/ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/24); new base T (4/2); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCC > NC_002947/503687‑503977 | ccGATCATTGCCGCGGTGGCGACCTTGGTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTaaa < 2:489310/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑Gaa < 1:197077/150‑1 (MQ=255) ccGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAagag < 1:70488/150‑1 (MQ=255) tGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGTCGGCACAGGTTGCGTTGGTc < 2:454255/150‑1 (MQ=255) tGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTc < 1:1233977/150‑1 (MQ=255) tGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTACTGGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTc < 1:1030708/150‑1 (MQ=255) cGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAATGCCG‑TAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGa < 1:887250/150‑1 (MQ=255) gTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGtt < 2:371042/143‑1 (MQ=255) gTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGtt > 1:371042/1‑143 (MQ=255) gtgtTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAAtt < 2:54617/150‑1 (MQ=255) gttgCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATAc < 2:953157/150‑1 (MQ=255) tgtctgctgACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATAcc > 2:320691/4‑150 (MQ=255) ctgctgACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGCCTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAAt < 2:793069/150‑1 (MQ=255) gACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGGGCAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATTAGcc > 1:1135582/1‑150 (MQ=255) ggAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATc > 2:1124454/1‑150 (MQ=255) gTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGa > 2:569722/1‑150 (MQ=255) gTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGa < 1:320691/150‑1 (MQ=255) catctcGAGAATCTTAGGACTCAACAGCCGGCTTCATGATGTCGTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCCGCTAAAGCCT‑TAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCTACACCACTTACTGCCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTAc < 1:1066639/145‑1 (MQ=255) gTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGACGGCTTGATGATGGCTTGCCTTTACCGGCCACTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGGACAGGTTGCGTTGATCGACACCAACTGCAACAAATTAACGCTCATCGCTTACCCTGAGATACa > 1:301734/1‑150 (MQ=255) gagaAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGaca > 2:1209363/1‑102 (MQ=255) gagaAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGaca < 1:1209363/102‑1 (MQ=255) gagaAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATAGCAATGTGCGTTAATCGCTTTCCCTGAGTTACaagatt > 2:1066639/1‑146 (MQ=255) gagaAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCaa > 2:217654/1‑116 (MQ=255) gagaAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCaa < 1:217654/116‑1 (MQ=255) gagaAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATgcg > 2:328790/1‑150 (MQ=255) agaAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATgcgc < 1:328790/150‑1 (MQ=255) agaAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATgcgc < 2:181935/150‑1 (MQ=255) cTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAAt < 1:569722/150‑1 (MQ=255) tCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTg < 2:68229/81‑1 (MQ=255) tCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAAtt > 1:951818/1‑150 (MQ=255) tCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCAAAGGTTGCGTTg > 1:68229/1‑81 (MQ=255) cAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAAttt < 2:691225/150‑1 (MQ=255) gacggtgggCTTGATGATGGCGTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCAG‑CGAGAGGTCGGTACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGTTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTg < 2:301734/143‑1 (MQ=255) cGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACa > 2:1088383/1‑150 (MQ=255) gCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCg < 1:1198374/105‑1 (MQ=255) gCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCg > 2:1198374/1‑105 (MQ=255) tatgGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCa > 1:936098/2‑150 (MQ=255) aacgcaaccTGTGCAGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATg > 2:212274/8‑150 (MQ=25) gCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATAGCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACa < 2:815735/137‑1 (MQ=255) gCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACa > 1:815735/1‑137 (MQ=255) cgcaaccTGTGCCGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATACa > 2:80891/6‑150 (MQ=25) gCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGt > 1:474111/1‑120 (MQ=255) gCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGt < 2:474111/120‑1 (MQ=255) ccTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTTCCAACAGTTTCGCCATGCAGCCCt > 2:133485/1‑150 (MQ=255) ccTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCt > 1:871274/1‑150 (MQ=255) cTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTa > 1:502633/1‑150 (MQ=255) tGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTAc > 1:935705/1‑150 (MQ=255) tACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGc > 1:749665/1‑150 (MQ=255) ggCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTAtt < 1:212274/150‑1 (MQ=38) gCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAAt < 2:730177/98‑1 (MQ=25) gCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAAt > 1:730177/1‑98 (MQ=25) gCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTg > 1:501310/1‑150 (MQ=38) ttCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGACTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGccccc > 1:341015/1‑150 (MQ=255) tCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCt < 2:749665/150‑1 (MQ=255) gcgGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTcc > 1:475183/1‑150 (MQ=255) | CCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCC > NC_002947/503687‑503977 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |