Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 145,899 | T→A | 8.8% | L378Q (CTG→CAG) | gltP → | glutamate/aspartate‑proton DAACS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 145,899 | 0 | T | A | 8.8% | 124.3 / 3.9 | 46 | L378Q (CTG→CAG) | gltP | glutamate/aspartate‑proton DAACS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/21); new base A (2/2); total (23/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 |
TTGTACGGTATCGACCTGTCGTGGAGCCAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTGGGAAGGCATGTACGACGCGGTCAAGGGCGAGCAGTACTACGCCTCGCTGA > NC_002947/145751‑146045 | ttGTACGGTATCGACCTGTCGTGGAGCCAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACGGTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAggcctg > 2:181505/1‑150 (MQ=255) ttGTACGGTATCGACCTGTCGTGGAGCCAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAggcctg < 2:1105765/150‑1 (MQ=255) tACGGTATCGACCTGTCGTGGAGCCAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAggcctggcc < 2:550348/150‑1 (MQ=255) ggTATCGACCTGTCGTGGAGCCAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACTGGGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTTGCCTTc > 1:421185/1‑150 (MQ=255) ggTATCGACCTGTCGTGGAGCCAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTc > 1:591688/1‑150 (MQ=255) ggTATCGACCTGTCGTGGAGCCAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTc < 2:591688/150‑1 (MQ=255) aTCGACCTGTCGTGGAGCCAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGGCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATc > 1:577582/1‑150 (MQ=255) ccTGTCGTGGAGCCAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGCGATGAAGGCCAGGCCTTccagcgga < 2:433743/150‑8 (MQ=255) tGTCGTGGAGCCAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCg > 1:1216347/1‑150 (MQ=255) ccAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGAGGGTATGCAGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGACACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGACTTCATCGCGAGCGTGGACcacag > 2:568143/1‑149 (MQ=255) gcagcTGCTGCTGGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCAGC‑TGGAAGGCCGGGCCTTCATCTCGGGCGTGGACCGcatcat > 2:545185/1‑150 (MQ=255) ctgctgctgGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCgg < 1:1259451/130‑1 (MQ=255) ctgctgctgGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCgg > 2:1259451/1‑130 (MQ=255) ctgctgGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATg < 2:502506/150‑1 (MQ=255) gCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGc > 1:8971/1‑144 (MQ=255) gCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGc < 2:8971/144‑1 (MQ=255) gCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTAc < 2:606162/150‑1 (MQ=255) cccTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTg < 2:737560/119‑1 (MQ=255) cccTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTg > 1:737560/1‑119 (MQ=255) ggTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGt > 2:505156/1‑150 (MQ=255) tCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTtg < 2:1057154/150‑1 (MQ=255) aCTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTtgtg < 2:491971/150‑1 (MQ=255) cAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTgg > 2:17346/1‑146 (MQ=255) cAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTgg < 1:17346/146‑1 (MQ=255) aaGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACg > 1:866882/1‑150 (MQ=255) aGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGccc < 1:1106794/122‑1 (MQ=255) aGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGccc > 2:1106794/1‑122 (MQ=255) gtgtGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCAt < 2:1216347/150‑1 (MQ=255) gtgtGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCAt > 2:929116/1‑150 (MQ=255) ggCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCtt > 1:356128/1‑134 (MQ=255) ggCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCtt < 2:356128/134‑1 (MQ=255) ttcgtGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTgg > 1:771883/1‑150 (MQ=255) gtGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTgggca < 2:216781/150‑3 (MQ=255) ggTACTGCTGGCAACCTTGGGGCGCGTGAGCAGTCCGC‑TGGAAGGCGTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGAATCATGGACATGGTCCGTACTGCCCTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTGGGAAgg < 2:421185/150‑1 (MQ=255) tgctgGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTGGGAAGGCATGt > 2:293888/1‑150 (MQ=255) gctgGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTGGGAAGGCATGTa < 2:577582/150‑1 (MQ=255) cACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGaa > 2:400864/1‑90 (MQ=255) cACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGaa < 1:400864/90‑1 (MQ=255) cACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCAtt > 2:576738/1‑124 (MQ=255) cACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCAtt < 1:576738/124‑1 (MQ=255) ccTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTGGGAAGGCATGTACGACGCgg < 2:866882/150‑1 (MQ=255) gggCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTg < 1:82907/77‑1 (MQ=255) gggCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTg > 2:82907/1‑77 (MQ=255) cAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTGGGAAGGCATGTACGACGCGGTCAAggg < 1:181505/150‑1 (MQ=255) tGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTg < 1:91978/111‑1 (MQ=255) tGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTg > 2:91978/1‑111 (MQ=255) ccgcgatgAAGGCCAGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTGGGAAGGCATGTACGACGCGGTCAAGGGCGAGCAGtacta > 2:1118836/8‑150 (MQ=255) gatgAAGGCCAGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTGGGAAGGCATGTACGACGCGGTCAAg > 1:61718/4‑132 (MQ=255) gatgAAGGCCAGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTGGGAAGGCATGTACGACGCGGTCAAg < 2:61718/129‑1 (MQ=255) gcctggcctTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTGGGAAGGCATGTACGACGCGGTCAAGGGCGAGCAGTACTACGCCTCGCTGa > 2:122863/1‑150 (MQ=255) | TTGTACGGTATCGACCTGTCGTGGAGCCAGCAGCTGCTGCTGGTGCTGACCCTGATGGTCACTTCCAAAGGTATCGCGGGTGTGCCGGGCGTATCGTTCGTGGTACTGCTGGCCACCTTGGGCAGCGTGGGCATTCCGC‑TGGAAGGCCTGGCCTTCATCGCGGGCGTGGACCGCATCATGGACATGGCCCGTACTGCACTGAACGTTGTGGGCAACGCCTTGGCTGCATTGGTCATTGCTCGCTGGGAAGGCATGTACGACGCGGTCAAGGGCGAGCAGTACTACGCCTCGCTGA > NC_002947/145751‑146045 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |