Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,416,940 | A→C | 12.3% | H61P (CAC→CCC) | PP_1239 → | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,416,940 | 0 | A | C | 12.3% | 105.5 / 11.8 | 49 | H61P (CAC→CCC) | PP_1239 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/21); new base C (3/3); total (25/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.40e-01 |
GGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGAA > NC_002947/1416798‑1417082 | ggCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCCTCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCAt > 1:1259712/1‑150 (MQ=255) gCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATg < 1:345995/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTg < 1:653949/150‑1 (MQ=255) gtggtgACGCGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGt > 1:579066/1‑150 (MQ=255) acGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCCCATGCACGTGGTCGGca < 2:1197863/136‑2 (MQ=255) acGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCCCATGCACGTGGTCGGca > 1:1197863/1‑135 (MQ=255) ttCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTAc < 2:1119797/150‑1 (MQ=255) aaTCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACaa < 1:217409/149‑1 (MQ=255) tGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCATCCCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTAc > 2:109186/1‑150 (MQ=255) tGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCAGATCGAGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTAc > 2:314806/1‑150 (MQ=255) ttGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTa > 2:1116379/1‑150 (MQ=255) gCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCa > 1:996621/1‑150 (MQ=255) cTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAg > 1:221920/1‑150 (MQ=255) ttttCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAAt < 2:1040012/132‑1 (MQ=255) ttttCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCGCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAAt > 1:1040012/1‑132 (MQ=255) ccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAgg < 1:1251112/150‑1 (MQ=255) cTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAggg > 1:596699/1‑150 (MQ=255) gTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACtt > 1:804800/1‑150 (MQ=255) aaCCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgcg > 1:233391/1‑150 (MQ=255) ccGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAgg < 2:234866/139‑1 (MQ=255) ccGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCGGGGCTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAgg > 1:234866/1‑139 (MQ=255) gAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGc > 2:414869/1‑150 (MQ=255) gctgctCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGt > 1:198876/1‑150 (MQ=255) gctCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGa < 1:1116379/150‑1 (MQ=255) tCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAgg > 1:7775/1‑150 (MQ=255) gTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTTGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGcc < 1:245394/150‑1 (MQ=255) ttCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCgg < 1:173594/150‑1 (MQ=255) cTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTc > 1:890086/1‑62 (MQ=255) cTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTc < 2:890086/62‑1 (MQ=255) tGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGttt < 1:1267052/150‑1 (MQ=255) agctcagTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCgt < 2:7775/150‑1 (MQ=255) cagtgcagtgCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTgg < 2:221920/150‑1 (MQ=255) gcagtgcTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCg > 1:761983/1‑75 (MQ=255) gcagtgcTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCg < 2:761983/75‑1 (MQ=255) agtgcTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCAGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAg < 2:804800/150‑1 (MQ=255) gtgcTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGc < 1:420136/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGc > 2:5372/1‑150 (MQ=255) ggTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCa > 1:253601/1‑150 (MQ=255) gTCACCCACGAACATACCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCat > 1:709940/1‑150 (MQ=255) aCCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCTTGCATATc < 2:442763/150‑1 (MQ=255) agcaagCCGACCCCATGCACGTGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGtgtg > 2:471043/6‑126 (MQ=255) agcaagCCGACCCCATGCACGTGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGtgtg < 1:471043/121‑1 (MQ=255) aagCCGACCCCATGCACGTGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCg < 2:1019398/106‑1 (MQ=255) aagCCGACCCCATGCACGTGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCg > 1:1019398/3‑108 (MQ=255) aTGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTtc > 1:1022095/1‑114 (MQ=255) aTGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTtc < 2:1022095/114‑1 (MQ=255) tGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCaaa < 1:94462/128‑1 (MQ=255) tGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCaaa > 2:94462/1‑128 (MQ=255) gCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGaa < 2:996621/150‑1 (MQ=255) | GGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGAA > NC_002947/1416798‑1417082 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |