Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,818,531 | C→T | 10.7% | H211Y (CAT→TAT) | PP_1622 → | M23B subfamily metallopeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,818,531 | 0 | C | T | 10.7% | 138.9 / 8.0 | 56 | H211Y (CAT→TAT) | PP_1622 | M23B subfamily metallopeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/25); new base T (3/3); total (28/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.85e-01 |
TTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGTTCCTGC > NC_002947/1818394‑1818678 | ttGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTGCGGTTATGACCGTAGGc > 1:1166828/1‑150 (MQ=255) ttGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGc > 1:1105182/1‑150 (MQ=255) tGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTGCGGTTATGACCGTAGGca < 1:927585/150‑2 (MQ=255) tGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTGCGGTTATGACCGTAGGca < 2:1166828/150‑2 (MQ=255) tatCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGtt < 2:86092/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTgg > 2:816425/1‑150 (MQ=255) ccGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTCGCTGCGTATGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGGTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGAACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTc > 1:943465/1‑150 (MQ=255) cGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCg < 2:1185361/150‑1 (MQ=255) tGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTgggtttgta < 2:403750/150‑8 (MQ=255) tGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGa < 2:1119007/150‑1 (MQ=255) tGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGa < 1:254076/150‑1 (MQ=255) gATTTGGGTCAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATATCCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑g < 2:124/150‑1 (MQ=255) tttGGGACAGCCTGTTTTCGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑ggg < 1:888282/150‑1 (MQ=255) aCAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGgcagca > 1:572989/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑gg > 2:1213999/1‑138 (MQ=255) cTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑gg < 1:1213999/138‑1 (MQ=255) tgcGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAggcagggca > 1:1004235/1‑150 (MQ=255) tgcGTCTGATGGTGCGGCGGTTTATGCCGGGAGTGGCTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAggcagggca > 2:197780/1‑150 (MQ=255) tCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCg > 1:559673/1‑150 (MQ=255) tGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTg > 1:478937/1‑106 (MQ=255) tGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTg < 2:478937/106‑1 (MQ=255) cGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCCTCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAgg > 2:5316/1‑123 (MQ=255) cGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAgg < 1:5316/123‑1 (MQ=255) ggtggtTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTCCGGAGAGCGGATCATAATCAAGCACAGGGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAAt < 2:943465/150‑1 (MQ=255) gtTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATgggg < 1:735900/150‑1 (MQ=255) cGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACggg < 2:552501/150‑1 (MQ=255) gTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACg < 1:890412/143‑1 (MQ=255) gTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACg > 2:890412/1‑143 (MQ=255) tttGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCACGCACCGCAACACCTTCGGCAGTGCCTGCGGTCATAACTGCAGCACGGTCG‑CCGACATTTCGTTGCTGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACGAATCg > 1:292489/1‑150 (MQ=255) gAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGt < 2:1004235/150‑1 (MQ=255) gggCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGaa < 1:816425/150‑1 (MQ=255) atcatcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTcgc > 1:701807/1‑150 (MQ=255) atcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTcgccgc > 1:1021367/1‑150 (MQ=255) atcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTcgccgc < 2:559673/150‑1 (MQ=255) atcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTc < 2:233087/145‑1 (MQ=255) atcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTc > 1:233087/1‑145 (MQ=255) tcaAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCgccgcc > 1:66751/1‑150 (MQ=255) aGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGATCGTTGGTTG‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACTGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCaaa > 1:234705/1‑150 (MQ=255) acacCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCg < 2:292489/150‑1 (MQ=255) cacCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGt < 2:66751/150‑1 (MQ=255) cTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGa < 2:572989/150‑1 (MQ=255) cTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAAGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTTGAGATTCGCCGCTAGGGCAAACCGGTcca > 2:7102/1‑148 (MQ=255) tACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGcac < 2:1280855/98‑1 (MQ=255) tACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGcac > 1:1280855/1‑98 (MQ=255) tACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGAt > 1:1169835/1‑150 (MQ=255) tACGTCAGTGACTACGGTCAAAAACGCAGGCTGTTGGTTCGGTA‑GGGGTAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGAt < 2:1105182/150‑1 (MQ=255) aacagCCTGCGGTTATGACCGTAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACt > 1:58590/5‑150 (MQ=255) tGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGt > 2:148984/1‑80 (MQ=255) tGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGt < 1:148984/80‑1 (MQ=255) agCCTGCGGTTATGACCGTAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCa < 1:1238724/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGTTATGACCGTAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGt > 1:555032/1‑150 (MQ=255) ccTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGt > 1:570055/1‑150 (MQ=255) ccTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGt > 1:736163/1‑150 (MQ=255) gTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGTTCCTGc > 2:1199836/1‑150 (MQ=255) tCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTcgc < 2:639777/112‑1 (MQ=255) tCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTcgc > 1:639777/1‑112 (MQ=255) | TTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGA‑GGGGCAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGTTCCTGC > NC_002947/1818394‑1818678 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |