Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,875,278 | G→T | 9.1% | Q165H (CAG→CAT) | PP_1680 → | alpha‑ribazole‑5'‑phosphate phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,875,278 | 0 | G | T | 9.1% | 130.1 / 2.5 | 44 | Q165H (CAG→CAT) | PP_1680 | alpha‑ribazole‑5'‑phosphate phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/23); new base T (2/2); total (19/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.20e-01 |
CGTTTGCCGAACGGGTGCTGGCGGCTGTCGAGCGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGTGAGCCTGCCGGGCATGCCGGCACCGC > NC_002947/1875136‑1875424 | cGTTTGCCGAACGGGTGCTGGCGGCTGTCGAGCGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAgg < 1:773535/150‑1 (MQ=255) ttGCCGAACGGGTGCGGGCGGCTGTCGAGCGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTg < 1:301025/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCTGTCGAGCGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGa < 2:1015482/150‑1 (MQ=255) tGTCGAGCGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGt < 2:572214/140‑1 (MQ=255) tGTCGAGCGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGt > 1:572214/1‑140 (MQ=255) tCGAGCGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTgg > 1:753201/1‑150 (MQ=255) gAGCGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAg > 1:1232179/1‑114 (MQ=255) gAGCGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAg < 2:1232179/114‑1 (MQ=255) gAGCGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGAGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGGTGGAGGTCGAGGTTGGCCATGGAGCGTTGATGCGGCTGGTg > 2:332067/1‑150 (MQ=255) cGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCTCGTGCTGCTTGTGACCCATGGCGGCGTTATGCGGCTGTTACTGGCCCGTTCCCGTGGCTTGCCCAGCGAGCATTTGCTGAAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCg < 1:465423/150‑1 (MQ=255) tGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTg < 1:830480/150‑1 (MQ=255) ttCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATg > 1:489945/1‑150 (MQ=255) cggcgtGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCGTGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGGCCGTGCGCGGGGCGTGCCCAGGGAGTAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGACCATGACGCGCTCCTGCGGCAGGTGCCGGGTGGCGATgtg < 2:402916/145‑3 (MQ=255) aGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGc < 1:1169897/150‑1 (MQ=255) cGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGt < 1:17722/150‑1 (MQ=255) cGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGt < 1:876894/150‑1 (MQ=255) gccggcatgctgcTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAg < 1:298874/143‑1 (MQ=255) aaGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAg < 1:957770/150‑1 (MQ=255) gcgTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGt > 1:374042/1‑125 (MQ=255) gcgTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGt < 2:374042/125‑1 (MQ=255) gcgTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGgcgc < 1:555528/150‑1 (MQ=255) tgctgGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTgag > 1:979216/1‑150 (MQ=255) tgGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATg > 1:399226/1‑150 (MQ=255) ccATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCATGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGcc > 2:777105/1‑105 (MQ=255) ccATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCATGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGcc < 1:777105/105‑1 (MQ=255) ccATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCATGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGcc < 1:777076/105‑1 (MQ=255) ccATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCATGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGcc > 2:777076/1‑105 (MQ=255) ccATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTAGCTTGCACAGCCAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTAGCCACGGCGAGCTGATGCGGCTGGTCCCGGCTGGCGATGGGCAACTGGTCTAGACGCACTGAGCGGTTGCCGt > 2:419272/1‑150 (MQ=255) tGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCt < 2:1154953/150‑1 (MQ=255) gcgTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATc > 2:1234358/1‑150 (MQ=255) aTGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCtt < 1:1090651/150‑1 (MQ=255) ggCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTcagca < 1:274571/150‑1 (MQ=255) cgtgcccgtgGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCt < 1:459456/150‑1 (MQ=255) cgtgcccgtgGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCt > 1:239190/1‑150 (MQ=255) cgtgGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGt < 2:995392/150‑1 (MQ=255) gtgGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATggg > 2:1057915/1‑80 (MQ=255) gtgGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATggg < 1:1057915/80‑1 (MQ=255) gCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGTGAGc > 2:360243/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGTGAGCCTGc < 1:332067/150‑1 (MQ=255) gCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGTGAGCCTGc < 1:1234358/150‑1 (MQ=255) ccAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGTGAGCCTGCCg > 2:666582/1‑150 (MQ=255) cAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGGGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGTGGGCCTGCCgg > 1:922418/1‑150 (MQ=255) aGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGTGAGCCTGCCGGGCATGCCg > 2:24790/1‑150 (MQ=255) gTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGTGAGCCTGCCGGGCATGCCgg > 1:580369/1‑150 (MQ=255) ctgcAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGTGAGCCTGCCGGGCATGCCGGCAcc < 1:671504/150‑1 (MQ=255) gcAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGTGAGCCTGCCGGGCATGCCGGCACcgc > 2:311608/1‑150 (MQ=255) | CGTTTGCCGAACGGGTGCTGGCGGCTGTCGAGCGTTTGCGCCTTCAGCATGCCGGCAAGCGCGTGCTGCTGGTGACCCATGGCGGCGTGATGCGGCTGTTACTGGCCCGTGCCCGTGGCTTGCCCAGGGAGCAGTTGCTGCAGGTCGAGGTTGGCCATGGCGCGTTGATGCGGCTGGTGCCGGGTGGCGATGGGCAACTGGTCGAGGCGCCCTGAGATGTTGCCGTTCTGGATCGCCTTGCAGTTTCTCAGCAGCCTGCCGGTGAGCCTGCCGGGCATGCCGGCACCGC > NC_002947/1875136‑1875424 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |