| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,066,126 | C→A | 9.5% | P186Q (CCG→CAG) | PP_1842 → | class I glutamine amidotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,066,126 | 0 | C | A | 9.5% | 189.9 / 4.8 | 63 | P186Q (CCG→CAG) | PP_1842 | class I glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/26); new base A (3/3); total (34/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
CCGGAGGTGTCGGAGCTGACCTTGCTGATCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGATTTGGTAGGGGAGTGGATGTTGCGCTTTATC > NC_002947/2065978‑2066268 | ccGGAGGTGTCGGAGCTGACCTTGCTGATCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCAACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCg > 1:1052957/1‑150 (MQ=255) gtCGGAGCTGACCTTGCTGATCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGt < 1:1063179/150‑1 (MQ=255) ggAGCTGACCTTGCTGATCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCa > 2:746249/1‑150 (MQ=255) gCTGACCTTGCTGATCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGa > 1:307922/1‑150 (MQ=255) cTGACCTTGCTGATCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGac > 1:260541/1‑150 (MQ=255) gACCTTGCTGATCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGacta > 1:1123708/1‑150 (MQ=255) tGCTGATCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTccc < 1:746249/150‑1 (MQ=255) cTGATCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCcgc < 2:260541/150‑1 (MQ=255) aTCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCa > 1:1013857/1‑150 (MQ=255) aTCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCa < 2:1123708/150‑1 (MQ=255) aggTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCcgc < 1:50466/131‑1 (MQ=255) aggTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCcgc > 2:50466/1‑131 (MQ=255) gAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCTGAATTCGTGCATGACTACCCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATAc > 1:396730/1‑150 (MQ=255) aCTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCt > 2:737014/1‑150 (MQ=255) tGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTgg < 1:737014/150‑1 (MQ=255) ccTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTc < 1:1208821/113‑1 (MQ=255) ccTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTc > 2:1208821/1‑113 (MQ=255) ccTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTg > 1:236679/1‑147 (MQ=255) ccTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTg < 2:236679/147‑1 (MQ=255) tGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCTCCAGGAATACCTGGGTGa > 2:507480/1‑150 (MQ=255) ggCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAg > 1:254334/1‑150 (MQ=255) gcTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGt < 2:636772/141‑1 (MQ=255) gcTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGt > 1:636772/1‑141 (MQ=255) tACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCTACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTa < 2:570179/150‑1 (MQ=255) tACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTa > 1:1247796/1‑150 (MQ=255) gATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGCATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCTGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCGAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACaa > 2:101748/1‑150 (MQ=255) aTTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCcgc < 2:67179/99‑1 (MQ=255) aTTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCcgc > 1:67179/1‑99 (MQ=255) ttGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAgg > 1:255158/1‑150 (MQ=255) ccAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTAGACGGGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGGGTACCACAAGGACGTCg > 1:146138/1‑150 (MQ=255) cAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTccc > 2:1262197/1‑89 (MQ=255) cAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTccc < 1:1262197/89‑1 (MQ=255) gCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCa > 2:31645/1‑150 (MQ=255) gCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCACGACCAGGTGCTGTTTTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCa > 2:501800/1‑150 (MQ=255) tCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCAACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTgg < 2:1052957/150‑1 (MQ=255) tGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCAGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGcc < 2:130311/135‑1 (MQ=255) tGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCAGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGcc < 2:130314/135‑1 (MQ=255) tGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCAGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGcc < 2:130383/135‑1 (MQ=255) tGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCAGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGcc > 1:130383/1‑135 (MQ=255) tGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCAGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGcc > 1:130311/1‑135 (MQ=255) tGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCAGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGcc > 1:130314/1‑135 (MQ=255) gCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATAc < 1:872146/107‑1 (MQ=255) gCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATAc > 2:872146/1‑107 (MQ=255) cccGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGgtgt > 1:395448/1‑122 (MQ=255) cccGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGgtgt < 2:395448/122‑1 (MQ=255) gAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGa < 1:31645/150‑1 (MQ=255) gAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGACTGGACAccta < 2:1013857/150‑3 (MQ=255) aaTGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAg > 1:357298/1‑150 (MQ=255) ggcgTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAAGCGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCa > 1:139412/1‑150 (MQ=255) caTTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGAttt > 2:40951/1‑150 (MQ=255) gcgACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGATTTGGTAg < 2:255158/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACaa > 2:347708/1‑99 (MQ=255) ggTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACaa < 1:347708/99‑1 (MQ=255) ggTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGATTTGGTAGGGGAGTg < 2:254334/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGTGCTTCCAGGGCCAACCCGAATCCGTTTATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGATTTGGTAGGGGAGTg < 2:916468/150‑1 (MQ=255) gctgtgctTCCAGGGCCAACCTGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGAACTTCTCTAAATATTCAAGTAATACCTTGGTGATTATGTGTACCACAATTCCGTCTCCAGCCTGGGCACCGAGCACTAGGTTGATTTGGTAGGGGAGTGGAt < 2:146138/150‑1 (MQ=255) gtgctTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTgg < 2:277196/74‑1 (MQ=255) gtgctTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTgg > 1:277196/1‑74 (MQ=255) ttCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGAt < 1:64636/126‑1 (MQ=255) ttCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGAt > 2:64636/1‑126 (MQ=255) ccAGGGCCACGCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGATTTGGTAGGGGAGTGGATGTTGCGCtt < 2:307922/150‑1 (MQ=255) gggCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGATTTGGTAGGGGAGTGGATGTTGCGCTTTAt > 2:1144951/1‑150 (MQ=255) ggccggccGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGATTTGGTAGGGGAGTGGATGTTGCGCTTTATc < 1:73654/144‑1 (MQ=255) ggCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGATTTGGTAGGGGAGTGGATGTTGCGCTTTATc < 1:507480/150‑1 (MQ=255) | CCGGAGGTGTCGGAGCTGACCTTGCTGATCAGTCACCAGGACCAGGTGACCGAACTGCCTGAAGGCGCTACGGTGATTGCCTCCAGCGATTTCTGCCCGAATGCGGCGTACCACATTCGCGACCAGGTGCTGTGCTTCCAGGGCCACCCGGAATTCGTGCATGACTACTCCCGCGCACTGCTCGACGCGCGCCAGGAATACCTGGGTGACGAGGTGTACCACAAGGCCGTCGCCAGCCTGGCCACCGAGCACCAGGGTGATTTGGTAGGGGAGTGGATGTTGCGCTTTATC > NC_002947/2065978‑2066268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |